液體活檢作為一種新興的癌癥診斷和監(jiān)測技術(shù),主要樣本類型包括全血、血漿、胸腔積液、腹腔積液、尿液、腦脊液以及唾液等。該技術(shù)在腫瘤的早期篩查、早期診斷、治療監(jiān)測及預(yù)后評估等多個環(huán)節(jié)展現(xiàn)出巨大潛力,有望為腫瘤全周期的診斷和治療提供解決方案。
01 液體活檢現(xiàn)有的挑戰(zhàn)
Fig. 1 液體活檢示例
1.1 需要靈活多樣的檢測方法
液體活檢技術(shù)能夠提供一系列豐富的生物標志物,包括循環(huán)游離DNA(cfDNA)、循環(huán)游離RNA(cfRNA)以及甲基化DNA等,需要靈活多樣的檢測方法對這些標志物進行深入的檢測與分析。
1.2 需要更高靈敏度
循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的濃度在不同個體和腫瘤類型中表現(xiàn)出顯著的差異性,最小等位基因頻率(Minor Allele Frequency, MAF)跨度從0.1%到10%。鑒于這種廣泛的濃度差異,為了準確捕捉和分析這些微小的遺傳變化,對檢測則需要更高的靈敏度。
1.3 需要覆蓋更多的檢測信息
液體活檢的樣本彌足珍貴,因此在檢測過程中,希望利用最小的樣本量來盡可能的獲取更豐富的樣本檢測信息。
02 Crystal Digital PCR®為液體活檢提供精準便捷的解決方案
Fig. 2 Crystal Digital PCR®的工作流程
2.1 讓基因突變檢測更加簡單高效
全流程時間(Total Time of Testing, ToT)僅需3小時,即可全面覆蓋各類基因突變,檢測靈敏度達0.1%。同時,檢測方案兼具多重檢測的高效性和超高性價比。操作流程簡潔明了,單一設(shè)備、單一耗材,單次加樣,極大簡化了檢測過程。
Fig. 3 Crystal Digital PCR®基因突變檢測
2.2 提供兩種檢測策略滿足不同檢測需求
針對大規(guī)模樣本檢測:例如,在檢測ESR1基因時,采用Ruby芯片,能夠?qū)崿F(xiàn)單次檢測384個樣本,提供高樣本通量解決方案。
針對多基因組合檢測:單個樣本檢測,能夠同時檢測超過100種基因靶標,實現(xiàn)高效的多重基因檢測。
Fig. 4 Crystal Digital PCR®兩種檢測策略
2.3 對低濃度、稀有突變有高靈敏檢出(MAF 0.05%)
在常規(guī)條件下,液體活檢樣本的濃度通常為0.5至3ng/ul。測試樣本濃度分別為0.4ng/ul、0.8ng/ul和1.75ng/ul,對應(yīng)的最小等位基因頻率(MAF)覆蓋了從0%到2%,包括0.05%、0.1%、0.5%、1%等關(guān)鍵點。無論樣本濃度如何,都能夠?qū)崿F(xiàn)至少0.05%最小等位基因頻率(MAF)高靈敏度檢測,并且在低濃度樣本中也展現(xiàn)出卓越的重復性和穩(wěn)定性。
Fig. 5 BRAF,KRAS,NRAS突變檢測結(jié)果
2.4 Crystal高階多重技術(shù)確保了多重靶標檢測結(jié)果的一致性
7色熒光*,可實現(xiàn)單孔高達21種靶標的多重檢測。結(jié)合軟件的自動化分析,有效降低了熒光信號間的干擾,使得單次檢測能夠提供更為豐富和精確的信息。
采用熒光多重組合,ESR-1突變檢測試劑實現(xiàn)了對18個靶標(17種ESR-1突變靶標和1個參考基因靶標)的高效檢測。檢測結(jié)果表明,與較低多重檢測方法相比,高階多重檢測展現(xiàn)了良好的結(jié)果一致性和MAF相關(guān)性。
Fig. 6 ESR-1高階多重檢測結(jié)果
“所見即所得”——可視化質(zhì)控系統(tǒng)能夠全面追蹤微滴的數(shù)量、分布和體積,軟件自動化功能有效識別并排除假陽性微滴,從而大幅提升檢測結(jié)果的可信度和可靠性。在三次重復實驗中,我們以0.05%的變異等位基因頻率(VAF)成功確認了Y537N突變的存在。.
Fig. 7 ESR-1 Y537N 0.05%的變異等位基因頻率(VAF)
2.5 與NGS比有更高的靈敏性和精準性
對于低MAF的樣本,Crystal Digital PCR®比下一代測序(NGS)展現(xiàn)出更高的靈敏性和定量精準性。
Fig. 8 ESR-1 D538G dPCR對比NGS檢測結(jié)果
2.6 Flex探針技術(shù)極大降低熒光串擾及開發(fā)成本
Fig. 9 通用熒光報告系統(tǒng)
通用熒光報告系統(tǒng)由兩部分組成——引物和通用報告基團。與Taqman探針系統(tǒng)相比,通用熒光報告系統(tǒng)在不同檢測panel的研發(fā)與生產(chǎn)過程中,無需合成新的探針,從而大幅節(jié)省了研發(fā)和生產(chǎn)成本。
03 Crystal Digital PCR®系統(tǒng)提供的解決方案及其卓越價值
• Crystal Digital PCR®實現(xiàn)對低濃度樣本和稀有突變的高靈敏度檢測。
• Crystal Digital PCR®的超高通量檢測最大程度地從珍稀樣本中提取更豐富的樣本信息。
• Crystal Digital PCR®簡化的工作流程和最少的操作時間,顯著降低了實驗的可變性。
• Crystal Digital PCR®的靈活樣本通量使您能夠選擇合適的技術(shù),以達到所需的靈敏度和精準度。
• 相較于其他技術(shù)或dPCR系統(tǒng),Crystal Digital PCR®在液體活檢應(yīng)用中極大的節(jié)約檢測時間和成本。