全自動(dòng)數(shù)字PCR高階多重檢測在乳腺癌ESR1單孔12重基因突變定量的應(yīng)用
應(yīng)用背景
乳腺癌是全球高發(fā)的癌癥之一，女性中，每6例癌癥死亡病例就有1例乳腺癌患者。大多數(shù)乳腺癌的特征是激素受體過表達(dá)（HR+乳腺癌），內(nèi)分泌激素剝奪治療方案是該類患者的一線治療方案。內(nèi)分泌治療的原發(fā)性和獲得性耐藥是疾病進(jìn)展的拐點(diǎn)，導(dǎo)致復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移。
內(nèi)分泌治療的常見耐藥機(jī)制的特征是雌激素受體 α 的蛋白構(gòu)象改變，通常是由于編碼該受體的雌激素受體 1（ESR1）基因突變所致。ESR1 突變會(huì)大大降低對內(nèi)分泌治療的敏感，尤其是對芳香化酶抑制類藥物的反應(yīng)。ESR1 突變是轉(zhuǎn)移性激素陽性乳腺癌中新興的臨床生物標(biāo)志物。最近的臨床研究表明，在一線治療期間跟蹤液體活檢樣本中的 ESR1 突變非常重要，因?yàn)樗梢宰屌R床醫(yī)生能夠及時(shí)將患者的治療藥物從芳香化酶抑制劑轉(zhuǎn)變?yōu)?ESR1受體拮抗藥物。
應(yīng)用亮點(diǎn)：
1、ESR1 12-plex高階多重dPCR檢測：
采用革命性的熒光組合-ESR1 12-plex數(shù)字PCR方法，NioTM+全自動(dòng)數(shù)字PCR一體機(jī)系統(tǒng)和Ruby芯片聯(lián)合，實(shí)現(xiàn)單個(gè)樣本中12個(gè)靶標(biāo)進(jìn)行絕對定量檢測，可實(shí)現(xiàn)單孔12靶點(diǎn)檢測。詳細(xì)信息如下：
2、高靈敏度
參考CLSI EP17-A2進(jìn)行LOB和LOD分析，該檢測方法中11種ESR1突變的LoB 單個(gè)和3孔合并檢測范圍分別為0至0.27cp/μL和0至0.18cp/μL，LoD范圍分別為0.99至1.38cp/μL和0.47至0.80cp/μL。
3、血漿和FFPE樣本中ESR1-12plex突變檢測方法驗(yàn)證：
法國Eugène Marquis中心在Ruby芯片和NioTM+全自動(dòng)數(shù)字PCR一體機(jī)系統(tǒng)平臺上，驗(yàn)證了ESR1 12-plex在乳腺癌患者血漿和 FFPE樣本的檢測靈敏度和定量能力，與之前檢測結(jié)果高度相關(guān)，同時(shí)兼具特異性和準(zhǔn)確性。
6個(gè)FFPE樣品中， 3個(gè)含有突變，均通過ESR1 12-plex成功檢出并定量。使用ESR1 12-plex測定獲得的MAF與Eugène Marquis中心之前檢測結(jié)果，具有良好的相關(guān)性，R2為0.9489（圖5）。在血漿和FFPE樣品上未檢測到假陽性事件。
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高階多重?cái)?shù)字PCR檢測方法：
NioTM+全自動(dòng)數(shù)字PCR一體機(jī)系統(tǒng)具有7個(gè)檢測通道，兼容染料組合標(biāo)記的高階多重策略，在染料組合策略中，每個(gè)靶標(biāo)都由2個(gè)或多個(gè)不同的熒光基團(tuán)，同時(shí)可使用單色染料標(biāo)記單個(gè)靶標(biāo)，在2D分析空間多重靶標(biāo)分簇，為7色通道多重級別擴(kuò)展至少28重靶標(biāo)提供可能。
▲ NIO™+全自動(dòng)數(shù)字PCR一體機(jī)系統(tǒng)
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