導(dǎo)讀
非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）是全球范圍內(nèi)發(fā)病率和死亡率最高的癌癥之一，表皮生長(zhǎng)因子受體（EGFR）是NSCLC進(jìn)展重要的驅(qū)動(dòng)基因，其突變狀態(tài)與患者療效和預(yù)后監(jiān)測(cè)評(píng)估密切相關(guān)。準(zhǔn)確、快速地檢測(cè)EGFR突變對(duì)于NSCLC的精準(zhǔn)治療至關(guān)重要。傳統(tǒng)的檢測(cè)方法如Sanger測(cè)序、ARMS-PCR、NGS等存在靈敏度不足、通量較低或患者負(fù)擔(dān)較重等局限性問題。

Stilla Technologies研究人員在Lung Cancer Methods and Protocols這本書中編寫了題為“6-Color Crystal Digital PCR™ for the High-Plex Detection of EGFR Mutations in Non-Small Cell Lung Cancer ”的文章。詳細(xì)介紹新型的高階多重?cái)?shù)字PCR技術(shù)用于高通量檢測(cè)非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）中的EGFR基因突變，描述了實(shí)驗(yàn)流程、材料、方法和結(jié)果，展示了多重?cái)?shù)字PCR系統(tǒng)在快速獲得大量突變信息方面的優(yōu)勢(shì)，凸顯了其在腫瘤基因分型和液體活檢監(jiān)測(cè)中的潛力。

 研究亮點(diǎn)：
本研究采用了先進(jìn)的6-Color Crystal Digital PCR™技術(shù)，實(shí)現(xiàn)了EGFR突變的高通量、高靈敏度和高階多重檢測(cè)。與傳統(tǒng)技術(shù)相比，在檢測(cè)精度和多重突變分析能力方面展現(xiàn)出顯著優(yōu)勢(shì)，能夠同時(shí)精準(zhǔn)定量檢測(cè)19種EGFR突變，極大提高了檢測(cè)的可靠性和效率，為臨床的決策提供更有效的數(shù)據(jù)。

 研究結(jié)果：
作者優(yōu)化的高階多重檢測(cè)方案（見下圖）能夠單孔內(nèi)同時(shí)檢測(cè)五種藥物敏感突變（p.L858R，p.L861Q，p.G719S，p.G719A，p.G719C），12種不同的19號(hào)外顯子插入缺失變異，以及兩種耐藥突變（p.T790M和p.C797S），檢測(cè)樣本適用于NSCLC患者的腫瘤組織和cfDNA (cell-free DNA)。

▲EGFR 6-Color Crystal Digital PCR™檢測(cè)中引物和探針的基因組定位以及擴(kuò)增子的大小。該6色EGFR檢測(cè)試劑包括七個(gè)探針，分別針對(duì)G719A/C/S、L858R和L861Q敏感性突變以及T790M和C797S耐藥突變。EGFR 19號(hào)外顯子插入缺失變異具有可變的基因組序列，采用了drop-off檢測(cè)方法。該方法包括一個(gè)參考探針，該探針與突變型和野生型等位基因均具有互補(bǔ)性；以及一個(gè)drop-off探針，該探針跨越突變位點(diǎn)，但僅與野生型序列互補(bǔ)。在存在野生型等位基因的情況下，兩個(gè)探針與其靶標(biāo)雜交，產(chǎn)生雙陽性信號(hào)。然而，在存在突變型等位基因的情況下，只有參考探針而非drop-off探針會(huì)與其靶標(biāo)退火，產(chǎn)生單陽性信號(hào)。關(guān)于drop-off檢測(cè)的更多細(xì)節(jié)，請(qǐng)參見：https://www.stillatechnologies.com/application-notes/。

作者對(duì)9種DNA標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行梯度稀釋，每種DNA攜帶一種EGFR突變，背景為WT DNA。通過對(duì)該高階多重檢測(cè)方案進(jìn)行測(cè)試，檢測(cè)到突變頻率在2.5%到0.1%之間時(shí)，均具有極好的線性關(guān)系（見下圖）。

▲EGFR 6-Color Crystal Digital PCR™檢測(cè)的性能。在每25μL反應(yīng)中含有104拷貝野生型DNA和400拷貝內(nèi)部陽性對(duì)照DNA的背景下，對(duì)突變型DNA進(jìn)行2.5%到0.1%的系列稀釋，每個(gè)反應(yīng)拷貝數(shù)的理論和檢測(cè)值之間進(jìn)行線性回歸，得到的R²范圍為0.9917到1。

每個(gè)熒光通道陰陽性微滴的熒光閾值設(shè)置如下圖所示。設(shè)置閾值時(shí)，應(yīng)將陽性和陰性對(duì)照的點(diǎn)圖與樣本的點(diǎn)圖一起合并分析。確保在閾值設(shè)置后，陽性對(duì)照中的陽性微滴可以被正確統(tǒng)計(jì)。

▲使用FAM通道（x軸）進(jìn)行閾值設(shè)置：（A）野生型DNA和外顯子19缺失（ATTOTM700通道），（B）L858R、L861Q和G719X突變（Cy®5通道），（C）T790M突變（YY®通道），（D）C797S突變（ROX通道），以及（E）內(nèi)參（Cy®3通道）。

結(jié)論：
6-Color Crystal Digital PCR™技術(shù)為非小細(xì)胞肺癌患者EGFR突變的檢測(cè)提供了一個(gè)高效、精準(zhǔn)和經(jīng)濟(jì)性的解決方案。其高靈敏度、多重檢測(cè)能力和定值準(zhǔn)確性，為臨床提供了更可靠的診斷工具，也為患者個(gè)性化治療策略的制定提供了堅(jiān)實(shí)的數(shù)據(jù)支持。隨著技術(shù)的進(jìn)一步優(yōu)化和推廣，高階多重?cái)?shù)字PCR有望成為腫瘤分子診斷領(lǐng)域的重要工具，推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)在癌癥治療中的應(yīng)用，幫助醫(yī)生更好地實(shí)現(xiàn)對(duì)患者的全病程管理，為他們制定個(gè)性化的治療方案。

參考文獻(xiàn)：
Madic, Jordan, et al. "6-Color Crystal Digital PCR™ for the High-Plex Detection of EGFR Mutations in Non-Small Cell Lung Cancer." Lung Cancer: Methods and Protocols, edited by Pedro G. Santiago-Cardona, vol. 2279, Methods in Molecular Biology, Springer Science+Business Media, 2021, pp. 127-144. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1278-1_10

實(shí)體瘤突變檢測(cè)可用于患者全病程管理（基因分型、靶向藥檢測(cè)、療效和預(yù)后評(píng)估、復(fù)發(fā)監(jiān)測(cè)），艾普拜生物已開發(fā)測(cè)試針對(duì)多種樣本類型（體液、新鮮冰凍組織、FFPE）的常見突變數(shù)字PCR檢測(cè)試劑盒，詳情見下表。