導讀 
基因調(diào)控區(qū)的DNA甲基化狀態(tài)的改變可導致多種癌癥的發(fā)生。這種表觀遺傳學改變在生物學上是穩(wěn)定的，并存在于循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）中，使其適合于早期檢測和無創(chuàng)動態(tài)監(jiān)測腫瘤負荷。數(shù)字PCR技術(shù)憑借其較高的靈敏度、精度、準確度以及對抑制劑的耐受度，針對低濃度樣本檢測時優(yōu)勢顯著。 
文獻解讀： 
法國貝桑松大學醫(yī)院腫瘤生物學系的研究者在BMC Cancer（IF：3.8）發(fā)表了題為The detection of specific hypermethylated WIF1 and NPY genes in circulating DNA by crystal digital PCR™ is a powerful new tool for colorectal cancer diagnosis and screening的文章。在轉(zhuǎn)移性和II/III期結(jié)直腸癌（CRC）患者中，WNT inhibitor因子1（WIF1）和神經(jīng)肽T（NPY）的甲基化程度較高，作者評估是否可以使用WIF1和NPY的甲基化程度作為一種結(jié)直腸癌標志物，該研究建立了一種將亞硫酸氫鹽法（bisulfite-將未甲基胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶）與數(shù)字PCR相結(jié)合的方法。  
文章相關(guān)結(jié)果：  
A、Naica Crystal Miner分析軟件給出的 3D點圖，用于檢測超甲基化WIF1和NPY和參考基因ALB。 
B、通過測量在未甲基化DNA的背景下甲基化DNA的系列稀釋液獲得的標準曲線。為了確定觀察到的突變體數(shù)量是否顯著高于LOB，使用了基于假陽性概率的貝葉斯方法。對于每個結(jié)果，通過減去最終的假陽性分區(qū)（通過其概率分布加權(quán)）來校正陽性分區(qū)的數(shù)量。當校正后的95％置信區(qū)間的下限包括零時，該樣本被視為陰性。
 
3色Naica Crystal Digital PCR檢測WIF1和NPY
 
分別檢測了10個來自III期或IV期CRC患者和5個健康個體的血漿樣品。來自CRC患者的所有血漿DNA樣本的高甲基化WIF1和NPY得分均為陽性，而在健康個體中未檢測到高甲基化的WIF1和NPY。通過將WIF1和NPY濃度與ALB參考濃度對比評估，血漿DNA中的高甲基化WIF1比例范圍為8％至93％，而高甲基化NPY的比例范圍為0.1％至78％。血漿樣品中檢測到的檢測限甲基化WIF1和NPY量分別為5.1和1.2cp/μL。
   
通過上述方法，即經(jīng)亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化后再進行3色數(shù)字PCR方法，能夠在每25μL體系中可靠的檢測低至25和5個拷貝的高甲基化WIF1和NPY，并且該檢測結(jié)果可以用作通用的結(jié)直腸癌標志物和腫瘤特異性突變的替代物。使用3色Naica Crystal Digital PCR檢測WIF1和NPY，結(jié)果和理論值一致，未出假陰性和假陽性結(jié)果。
 
該研究的結(jié)論是使用naica系統(tǒng)檢測結(jié)直腸癌（CRC）中特定超甲基化的WIF1和NPY基因可以作為CRC診斷和篩查的強大新工具。研究發(fā)現(xiàn)，與鄰近非腫瘤組織相比，腫瘤組織中的NPY和WIF1基因顯著超甲基化（WIF1的p值<0.001; NPY的p值<0.001）。此外，研究發(fā)現(xiàn)NPY或WIF1在液體活檢中的超甲基化具有95.5%的敏感性[95%CI 77–100%]和100%的特異性[95%CI 69–100%]。研究結(jié)果表明，NPY和WIF1的超甲基化是CRC的恒定特異性生物標志物，與它們在致癌過程中的潛在作用無關(guān)。 
 
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