1復(fù)溶溶劑對檢測到的峰的影響

首先是LB培養(yǎng)基的結(jié)果。

Figure 1. Total number of detected metabolite features (y-axis) as a function of (top) the MeOH/H2O ratio expressed in % MeOH (x-axis) .

第一個(gè)圖是色譜圖的峰數(shù)量隨甲醇比例的變化，第二個(gè)是根據(jù)定性出來的代謝物峰面積做了個(gè)PCA模型，果然，明晃晃的數(shù)據(jù)顯示復(fù)溶試劑中甲醇的比例與代謝物的檢測具有明顯的關(guān)系，隨著甲醇比例的升高，可以檢測到的峰的數(shù)量在減少。

再看pH。

Figure 2. Total number of detected metabolite features (y-axis) as a function of (top) the MeOH/H2O ratio expressed in different pH.

這個(gè)數(shù)據(jù)就沒有那么明晃晃了，檢測出來的峰數(shù)量沒有肉眼可見的明顯差異，代謝物的峰面積雖然有個(gè)趨勢卻又有一些混亂看不清楚，所以大神決定將這個(gè)條件放棄，專心研究甲醇的比例。

百趣代謝組學(xué)文獻(xiàn)分享，接下來，大神將10種標(biāo)準(zhǔn)品加到LB培養(yǎng)基里，研究復(fù)溶溶劑與物質(zhì)極性有沒有關(guān)系。他在這里使用指數(shù)log P來表示物質(zhì)極性的大小，log P越大，極性越小。

雖然不知道為什么，但是感覺很厲害的樣子。結(jié)果發(fā)現(xiàn)log P小于5的物質(zhì)的響應(yīng)，如ATP、亞精胺都隨著甲醇比例的減小而增加，而log P為7的棕櫚酸則隨著甲醇比例的減小而減小，由此可見復(fù)溶溶劑的極性與物質(zhì)的極性是相關(guān)的。

Figure 3. Examples of EICs for selected spiked in metabolites in different MeOH ratios, as indicated by orange and blue.

最后，根據(jù)log P來預(yù)測了一下HMDB中的人血清的數(shù)據(jù)，這是一個(gè)預(yù)測的數(shù)據(jù)。

Figure 4. The predicted log P distribution (x-axis) of all known metabolites in human blood as listed in the Human Metabolome Database (HMDB).

對HMDB里面的大約13000中物質(zhì)按照極性進(jìn)行分類，也就是給每個(gè)物質(zhì)一個(gè)預(yù)測的log P值，結(jié)果顯示log P小于5的有74%，也就是說極性大的物質(zhì)比較多，因此做血清實(shí)驗(yàn)的時(shí)候，使用親水的溶劑更好。百趣代謝組學(xué)文獻(xiàn)分享，log P大于7的只占19%，表明使用親水的復(fù)溶溶劑可能難以將這些物質(zhì)檢測出來。

2不同比例甲醇復(fù)溶得到的代謝物的量的變化

Figure 5. Effect of reconstitution solvent composition on metabolome coverage.

首先非靶標(biāo)檢測。用100%水和100%甲醇復(fù)溶，分別得到了檢測到的物質(zhì)列表，并作為接下來靶標(biāo)實(shí)驗(yàn)的目標(biāo)物質(zhì)。

其次，用0%甲醇、50%甲醇、100%甲醇復(fù)溶，分別檢測非靶中得到的物質(zhì)。結(jié)果分析：50%甲醇與0%甲醇相比，fold change小于1的占57%,大于1的僅占5%；50%甲醇與100%甲醇相比，fold change不變的占61%，大于1 的占28%。結(jié)果表明用水提取時(shí)，干燥后加甲醇可能會導(dǎo)致物質(zhì)的丟失，而用甲醇提取時(shí)，干燥后加水的影響不大。

3復(fù)溶溶劑對差異物的影響

最后，大神研究了復(fù)溶溶劑對差異物的影響，畢竟我們做代謝組學(xué)就是為了尋找差異物。

Figure 6. Work flow for metabolomics comparison of MeOH extracts of serum from 20 healthy control individuals and 20 lymphoma patients using three different reconstitution mixtures.

通過兩組樣本的比較，使用了三種復(fù)溶溶劑，非靶標(biāo)檢測最后得到的結(jié)果顯示差異很大。100%復(fù)溶后檢測可以找到6種差異物，然而50%甲醇以及100%甲醇沒有找到差異物。

Figure 7. Box-whisker plots for N-Acetyl-methionine which was one of the six metabolites that significantly differed between control and lymphoma patients (left).

然后大神就對其中一個(gè)物質(zhì)進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)這個(gè)物質(zhì)在50%甲醇及100%甲醇中峰型極差，尤其是100%甲醇中的峰型可能都不會被軟件定性為一個(gè)物質(zhì)。所以復(fù)溶溶劑對差異物的篩選有很大影響，選擇復(fù)溶溶劑是一件很重要的事。

好了，所有的實(shí)驗(yàn)都做完了，也分析完了，那么最后我們能得到什么結(jié)論呢？

百趣代謝組學(xué)文獻(xiàn)分享，對于血清樣本來說，100%水的溶劑比較好，除此之外的其他樣本，親水的溶劑比較好。大家在投稿的時(shí)候有可能會被問為什么這么選擇復(fù)溶溶劑，那么這篇文章也許可以作為一個(gè)證明材料。

4文章延伸

小伙伴們知道文中貌美如花的PCA圖是用什么軟件完成的嗎？小編偷偷地告訴你喲，是神通廣大的SIMCA軟件。

SIMCA 軟件是目前國際上科研和監(jiān)管機(jī)構(gòu)普遍認(rèn)可的多元變量統(tǒng)計(jì)分析軟件，并且已經(jīng)成為多元變量統(tǒng)計(jì)分析的標(biāo)桿。百趣代謝組學(xué)文獻(xiàn)分享，針對多變量大數(shù)據(jù)集，SIMCA 可有效地進(jìn)行模型構(gòu)建和分析，以獲得更透徹和深入的數(shù)據(jù)結(jié)果。通過模型構(gòu)建，可同時(shí)觀察所有數(shù)據(jù)變量，從而避免信息丟失，減少數(shù)據(jù)復(fù)雜性。為進(jìn)一步探究數(shù)據(jù)價(jià)值，SIMCA 通過OPLS®、OPLS-DA®、O2PLS® 和PLS-TREE®等分析模塊可排除噪音以獲得有效數(shù)據(jù)，并進(jìn)行可視化等對數(shù)據(jù)進(jìn)行分類和預(yù)測，從而提供較優(yōu)的解決方案。