環(huán)狀RNA作為新發(fā)現(xiàn)的RNA分子，從誕生之日起就是光環(huán)加身，屢屢登上Science、Nature、Cell等高分期刊。近期發(fā)表的《2019研究前沿》中，“環(huán)狀RNA作為癌癥新的生物標(biāo)志物”成為生物科學(xué)領(lǐng)域6個新興前沿之一。2019年環(huán)狀RNA共發(fā)表SCI論文885篇，較2018年增長約20%，其中大于10分的文章約60篇，是2018年的3倍左右。2019年關(guān)于環(huán)狀RNA的國自然審批金額高達(dá)8000多萬，環(huán)狀RNA的火熱仍在持續(xù)。
那么如何研究環(huán)狀RNA呢？云序客戶的文章給出了答案。今天小編將近日云序客戶新發(fā)表的6篇環(huán)狀RNA進(jìn)行了分類解析，幫助大家對環(huán)狀RNA的研究有更清晰的認(rèn)識！

分類一|環(huán)狀RNA表達(dá)譜

1.膿毒癥誘導(dǎo)的急性肺損傷小鼠肺巨噬細(xì)胞環(huán)狀RNA表達(dá)譜

發(fā)表期刊：Journal of Cellular and Molecular Medicine

影響因子：4.658
發(fā)表時間：2019.10
研究方法：全轉(zhuǎn)錄組測序 、qRT-PCR等云序提供
文章鏈接：Characteristics of circular RNA expression of pulmonary macrophages in mice with sepsis‐induced acute lung injury
環(huán)狀RNA(circRNAs)是一大類非編碼RNA，在多種疾病的病理過程中發(fā)揮著重要作用。然而，它們在膿毒癥肺損傷后的肺巨噬細(xì)胞中的作用尚不清楚。在本研究中，小鼠被分為兩組：對照組和盲腸結(jié)扎穿孔(CLP)誘導(dǎo)ALI組。在SCLP/CLP后24小時從肺勻漿中分離出巨噬細(xì)胞。從巨噬細(xì)胞通過全轉(zhuǎn)錄組測序鑒定circRNA的變化，在接下來的實驗中通過RT-PCR驗證。在兩組中共檢測到4318個circRNA。其中，有11個circRNA與對照組相比顯著上調(diào)和126個circRNA與對照組相比顯著下調(diào)(p≤0.05，差異倍數(shù)變化≥2)。選取其中前10個的差異表達(dá)倍數(shù)高的circRNA(fold change >4, P<0.05)采用qRT-PCR進(jìn)行驗證。此外，使用miRNA靶基因預(yù)測軟件，對所有比較中表達(dá)差異最大的環(huán)狀RNA進(jìn)行詳細(xì)注釋。通過cytoscape軟件預(yù)測circRNA-miRNA-mRNA。GO分析表明，上調(diào)的circRNAs參與了線粒體分布調(diào)控和Notch結(jié)合等多種生物學(xué)功能，下調(diào)的circRNAs主要參與了組蛋白H3K27甲基化等生物學(xué)過程。KEGG通路分析顯示TGF信號通路與上調(diào)的環(huán)狀RNA相關(guān)。本研究為環(huán)狀RNA在膿毒性肺損傷后肺巨噬細(xì)胞分化和極化中的作用提供了一個新的視角。
2.AQPS-/-小鼠原發(fā)性干眼疾淚腺中circRNA和mRNA表達(dá)譜

發(fā)表期刊：Frontiers in Physiology

影響因子：3.367
發(fā)表時間：2020.8.3
研究方法：全轉(zhuǎn)錄組測序、qRT-PCR等云序提供
文章鏈接：Expression Profiles of CircRNA and mRNA in Lacrimal Glands of AQP5–/– Mice With Primary Dry Eye
干眼癥是目前除屈光不正外最常見的眼病，全球發(fā)病率為5-34%。目前治療干眼癥的策略包括使用人工淚液、使用抗炎藥物和手術(shù)。然而，干眼癥的發(fā)病率仍在上升，迫切需要確定其發(fā)病機(jī)制，制定有效的治療措施。在這項研究中，作者使用表現(xiàn)出干眼特征的水通道蛋白5敲除小鼠并對其進(jìn)行蘇木  精 -伊紅染色，以確定這些小鼠淚腺的結(jié)構(gòu)變化。作者發(fā)現(xiàn)AQP5 - / -小鼠相比于AQP5+/+小鼠的淚腺表現(xiàn)出異常變化。通過全轉(zhuǎn)錄組測序也發(fā)現(xiàn)了circRNA的差異表達(dá)，并預(yù)測了一個與吞噬體相關(guān)的circRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)。這些結(jié)果表明，AQP5的缺乏可能導(dǎo)致circRNA表達(dá)變化，進(jìn)而導(dǎo)致原發(fā)性干眼癥的發(fā)生。本研究旨在為預(yù)防和治療干眼病提供新的理論基礎(chǔ)。

分類二|環(huán)狀RNA海綿機(jī)制

3.circMBOAT2是一種新型腫瘤標(biāo)記物，在結(jié)直腸癌中通過吸附miR-519d-3p調(diào)節(jié)增值/遷移

發(fā)表期刊：Cell Death and Disease

影響因子：6.304
發(fā)表時間：2020.8.14
研究方法：全轉(zhuǎn)錄組測序、qRT-PCR、RIP、RNA pull down等云序提供
文章鏈接：Circular noncoding RNA circMBOAT2 is a novel tumor marker and regulates proliferation/migration by sponging miR-519d-3p in colorectal cancer
結(jié)直腸癌是一種常見的惡性腫瘤，預(yù)后較差。然而，其發(fā)病機(jī)制尚未完全闡明，導(dǎo)致總生存率較差。環(huán)狀RNA (circRNA)是多年前發(fā)現(xiàn)的一類非編碼RNA。直到最近，人們才重新評估它們在基因表達(dá)調(diào)控中的重要作用。研究證實circRNAs在多種惡性腫瘤中具有重要的生物學(xué)功能。本研究中鑒定一種來自MBOAT2基因的circRNA，并將其命名為circMBOAT2，該基因已被報道可促進(jìn)前列腺癌進(jìn)展。作者發(fā)現(xiàn)CircMBOAT2在CRC組織和血清中均高表達(dá)，且與腫瘤分期相關(guān)。受體工作特征曲線顯示circMBOAT2在CRC中可以作為一種新的診斷腫瘤標(biāo)志物。單因素和多因素分析顯示，組織中circMBOAT2水平是CRC的獨立預(yù)后標(biāo)志物。進(jìn)一步的功能研究發(fā)現(xiàn)circMBOAT2作為miR-519d-3p的microRNA (miRNA)海綿，能夠促進(jìn)CRC細(xì)胞的增殖、遷移和侵襲。此外，circMBOAT2通過競爭性結(jié)合miR-519d-3p和靶向肌鈣蛋白相關(guān)蛋白(TROAP)能調(diào)節(jié)CRC細(xì)胞增殖和遷移。這些結(jié)果提示circMBOAT2可能是一種新的CRC潛在的分子標(biāo)志物。
4.對年齡相關(guān)性白內(nèi)障circRNA的分析顯示，circZNF292可以通過海綿機(jī)制調(diào)節(jié)miR-23b-3p功能

發(fā)表期刊：Aging-us

影響因子：4.831
發(fā)表時間：2020.9.10
研究方法：全轉(zhuǎn)錄組測序、qRT-PCR、RIP、RNA pull down、雙熒光素酶實驗等云序提供
文章鏈接：Profiling of circular RNAs in age-related cataract reveals circZNF292 as an antioxidant by sponging miR-23b-3p
老年性白內(nèi)障(ARC)是世界范圍內(nèi)造成視力損害和可逆性失明的主要原因之一。越來越多的證據(jù)表明circRNAs參與多種眼病的調(diào)控過程。然而，circRNA在ARC中的表達(dá)譜、調(diào)控作用和潛在機(jī)制仍不清楚。本文中作者對正常和弧形透鏡的晶狀體進(jìn)行了全轉(zhuǎn)錄組測序，檢測到23787個候選circRNA。其中，有466個circRNAs具有顯著差異表達(dá)，并且在ARC和糖尿病白內(nèi)障中，表達(dá)下調(diào)的circRNAs與表達(dá)上調(diào)的circRNAs相關(guān)性更高。隨后的生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，某些差異表達(dá)的circRNA參與了ARC中的氧化應(yīng)激和凋亡相關(guān)信號通路。其中，ARC中circZNF292水平顯著降低，而miR-23b-3p水平顯著升高。靶區(qū)預(yù)測和雙熒光素酶報告基因檢測證實circZNF292作為一種競爭性內(nèi)源性RNA，通過與miR-23b-3p競爭調(diào)節(jié)抗氧化基因的表達(dá)。本文的研究結(jié)果表明，ARC患者晶狀體前囊中下調(diào)的circZNF292可能通過浸潤miR-23b-3p參與抗氧化損傷和晶狀體上皮細(xì)胞凋亡，為ARC的預(yù)防和治療提供了潛在靶點。

分類三|外泌體+環(huán)狀RNA研究

5.血清外泌體circRNA的RNA-Seq分析顯示Circ-PNN是人類結(jié)直腸癌的潛在生物標(biāo)志物

發(fā)表期刊：Frontiers in Oncology

影響因子：4.85
發(fā)表時間：2020.6.18
研究方法：全轉(zhuǎn)錄組測序、qRT-PCR等云序提供
文章鏈接：RNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer
環(huán)狀RNA (circRNAs)正在成為非編碼RNA領(lǐng)域的主要研究熱點。越來越多的證據(jù)表明，外泌體circRNA可以作為檢測各種癌癥的潛在生物標(biāo)志物。然而，大多數(shù)血清外泌體circRNA在結(jié)直腸癌(CRC)中的臨床重要性卻很少被研究。在本研究中，作者研究了血清外泌體circRNA在CRC診斷中的可能臨床應(yīng)用。首先，作者對CRC血清樣本和健康對照血清樣本進(jìn)行了全轉(zhuǎn)錄組測序分析，鑒定出與CRC相關(guān)的環(huán)狀RNA。測序數(shù)據(jù)顯示，CRC患者中有122個差異表達(dá)的circRNA，其中100個表達(dá)上調(diào)，22個表達(dá)下調(diào)。然后，通過RT-qPCR篩選出8個表達(dá)異常的circRNA進(jìn)行驗證。驗證分析顯示，CRC患者血清外體circ-PNN (hsa_circ_0101802)水平較健康對照組顯著上調(diào)。通過ROC分析發(fā)現(xiàn)circ-PNN在CRC診斷中具有顯著價值。最后，作者構(gòu)建了基于circ-PNN的網(wǎng)絡(luò)圖，以確定其潛在的miRNA-mRNAs結(jié)合。并證實了CRC患者中hsa-miR-6833-3P、hsa-let-7i-3p、hsa-miR-1301-3P的表達(dá)與circ-PNN呈負(fù)相關(guān)。綜上所述，該項結(jié)果表明，血清外泌體circ-PNN可能是CRC檢測的一種潛在的非侵入性生物標(biāo)志物，可能在CRC的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮關(guān)鍵作用。
6.在多囊卵巢綜合征中，卵泡液中缺失外泌體環(huán)狀lr可降低miR-1294的功能并抑制通過CYP19A1產(chǎn)生雌二醇

發(fā)表期刊：Aging-us

影響因子：4.831
發(fā)表時間：2020.7.10
研究方法：全轉(zhuǎn)錄組測序、qRT-PCR、雙熒光素酶實驗等云序提供
文章鏈接：Depletion of exosomal circLDLR in follicle fluid derepresses miR-1294 function and inhibits estradiol production via CYP19A1 in polycystic ovary syndrome
多囊卵巢綜合征(PCOS)是生殖女性常見的內(nèi)分泌代謝紊亂病癥，以多囊卵巢、高雄激素和慢性無排卵為特征。卵泡發(fā)育異常被認(rèn)為是多囊卵巢綜合征的共同特征。本研究中鑒定了從PCOS患者濾泡液(FF)中分離的外泌體中circRNA的表達(dá)譜，從而研究了作為濾泡微環(huán)境中重要介質(zhì)的外泌體circRNA在PCOS病因?qū)W和病理生物學(xué)中的分子功能。通過全轉(zhuǎn)錄組測序，作者比較了PCOS患者和對照組FF外泌體的circRNA表達(dá)譜，發(fā)現(xiàn)有16個circRNA表達(dá)明顯不同。GO和KEGG通路分析表明，它們的來源基因在PCOS相關(guān)通路中富集，包括卵巢甾體生成、醛固酮合成和分泌以及Jak-STAT信號通路。在16個差異表達(dá)的circRNA中，hsa_circ_0006877 (circLDLR)是由其來源基因LDLR(低密度脂蛋白受體)轉(zhuǎn)錄本加工而成，該轉(zhuǎn)錄本參與了卵巢的類固醇生成。通過qRT-PCR中進(jìn)一步驗證了PCOS FF外泌體的缺失。cytoscape軟件預(yù)測了circLDLR-miR-1294-CYP19A1競爭性內(nèi)源性RNA (ceRNA)網(wǎng)絡(luò)，并通過熒光素酶檢測進(jìn)行證實。在機(jī)制上，KGN細(xì)胞中功能性circLDLR的細(xì)胞間轉(zhuǎn)移和消退實驗表明，在受體細(xì)胞中，減少外泌體中的circLDLR可以增加miR-1294的表達(dá)，抑制CYP19A1的表達(dá)，并降低雌激素(E2)的分泌。該發(fā)現(xiàn)揭示了circLDLR的ceRNA網(wǎng)絡(luò)，并為多囊卵巢綜合征中卵泡發(fā)育異常提供了新的信息。


云序生物—環(huán)狀RNA研究優(yōu)勢

云序生物作為國內(nèi)早期提供環(huán)狀RNA測序的測序公司，自行建立的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫circDB，借物種覆蓋廣、數(shù)據(jù)量大、疾病背景多的特點為客戶提供優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。云序積累了超過10000例環(huán)狀RNA測序的經(jīng)驗，樣本覆蓋20多個物種以及50多種疾病。云序生物提供系統(tǒng)性環(huán)狀RNA服務(wù)，從篩選（circRNA測序）到驗證（qPCR）再到機(jī)制研究（RIP、RNA pull-down、ChIP、雙熒光素酶實驗）以及上游表觀調(diào)控（m6A甲基化等各類RNA修飾研究），為您全方位的覆蓋環(huán)狀RNA上下游分子機(jī)制驗證的重要研究環(huán)節(jié)。除了提供組織和細(xì)胞的樣本類型測序之外，我們還提供體液、血清血漿、外泌體石蠟樣本等特殊樣本的測序服務(wù)�；厥走^去，從國內(nèi)circRNA測序到全轉(zhuǎn)錄組測序概念提出，到m6A等RNA甲基化測序平臺發(fā)現(xiàn)，再到如今的eccDNA測序服務(wù)，我們一直在緊跟國際科研熱點方向進(jìn)行測序技術(shù)的創(chuàng)新。
云序生物：環(huán)狀RNA一站式服務(wù)相關(guān)產(chǎn)品


云序環(huán)狀RNA課題技術(shù)服務(wù)四大模塊:
一、 環(huán)狀RNA篩選：
1.1 circRNA測序
1.2 全轉(zhuǎn)錄組測序（同時檢測circRNA、lncRNA、mRNA）
二、環(huán)狀RNA驗證
2.1 qRT-PCR
對選定目標(biāo)RNA分子可進(jìn)行qPCR檢測服務(wù)，包括引物設(shè)計與表達(dá)鑒定。
2.2 Sanger測序與RNase R酶耐受實驗
對選定的環(huán)狀RNA分子進(jìn)行反式剪切位點引物設(shè)計，擴(kuò)增后Sanger測序驗證環(huán)狀；使用RNase R酶處理環(huán)狀RNA分子，驗證環(huán)狀RNA分子穩(wěn)定性。
三、 CircRNA功能機(jī)制研究
3.1 RIP測序/qPCR
針對目標(biāo)蛋白抗體把蛋白-RNA復(fù)合物沉淀下來，并對復(fù)合物上的RNA進(jìn)行測序或?qū)δ繕?biāo)RNA進(jìn)行qRCR表達(dá)分析。
3.2 RNA pull-down+MS/WB/qPCR/RNA-Seq
設(shè)計目標(biāo)RNA生物探針把相應(yīng)的結(jié)合蛋白質(zhì)與RNA復(fù)合物沉淀下來，蛋白質(zhì)譜檢測或WB檢測與RNA結(jié)合的蛋白。設(shè)計目標(biāo)RNA生物探針把相應(yīng)的結(jié)合蛋白質(zhì)與RNA復(fù)合物沉淀下來，qPCR檢測或RNA-seq檢測與RNA結(jié)合的RNA。
3.3 雙熒光素酶報告實驗
雙熒光素酶報告實驗檢測兩個基因之間的互作。
3.4 病毒液以及siRNA設(shè)計
提供circRNA過表達(dá)以及干擾慢病毒，腺病毒以及設(shè)計siRNA。
四、CircRNA修飾研究
4.1 m6A/m5C/ac4C/m7G/m1A等修飾
針對環(huán)狀RNA各類修飾進(jìn)行高通量篩選。
4.2 MeRIP-circRNA-PCR驗證
對高通量測序的結(jié)果，通過qPCR進(jìn)行進(jìn)一步驗證。