定量western blot疑問解答-為什么需要驗(yàn)證抗體
瀏覽次數(shù):4323 發(fā)布日期:2019-7-29
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驗(yàn)證抗體對(duì)于結(jié)果的一致性和重復(fù)性是至關(guān)重要的,即確認(rèn)抗體能特異性識(shí)別感興趣的蛋白,抗體與其他蛋白的交叉反應(yīng)性情況。在您的論文提交給期刊發(fā)表之前,經(jīng)常需要驗(yàn)證抗體的特異性,但并非所有人都花時(shí)間進(jìn)行驗(yàn)證;蛘吆芏嗳硕颊J(rèn)為他們使用抗體進(jìn)行了免疫共沉淀驗(yàn)證,因而不需要再通過蛋白質(zhì)印跡進(jìn)行驗(yàn)證。然而,抗體與抗原的親和性高度依賴于實(shí)驗(yàn)條件,因此,驗(yàn)證您的試驗(yàn)方法中的條件適用于抗體與抗原的結(jié)合是十分重要的。
定量western blot尤其適用于確認(rèn)獲得的信號(hào)僅來自感興趣的蛋白。如果沒有進(jìn)行抗體驗(yàn)證(并且驗(yàn)證熒光信號(hào)與蛋白質(zhì)的量呈線性關(guān)系),將無法獲得下游定量分析所需的準(zhǔn)確度和精確度。
為確保實(shí)驗(yàn)質(zhì)量,國際抗體驗(yàn)證工作組提供了五種不同的抗體驗(yàn)證方法,其中四種方法適用于western blot,他們建議至少使用其中兩種方法進(jìn)行抗體驗(yàn)證。
遺傳策略
盡管這些方法已經(jīng)被更新了,但在科研領(lǐng)域中的生物化學(xué)家對(duì)他們應(yīng)該都很熟悉。即用CRISPR-Cas9或RNA干擾(RNAi)在實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組中進(jìn)行敲除或敲低實(shí)驗(yàn),然后使用特異性抗體測定目標(biāo)蛋白的熒光信號(hào)。處理后的目標(biāo)蛋白質(zhì)的表達(dá)很少甚至沒有,所以觀察到的任何信號(hào)都表明抗體存在交叉反應(yīng)性。
如左圖所示,將具有特定蛋白質(zhì)的細(xì)胞裂解物進(jìn)行western blot,分別使用兩種不同siRNA分子敲低目的蛋白的表達(dá),如泳道1和泳道2,與泳道C的對(duì)照組相比,我們可以看出siRNA脫靶帶來的影響。
正交策略
這種方法的技術(shù)含量較低,它使用不依賴于抗體的方法(質(zhì)譜法)來量化幾個(gè)蛋白樣品的靶信號(hào),然后使用基于抗體的方法(western blot)同樣量化相同蛋白樣品的靶信號(hào),最后將他們的信號(hào)值進(jìn)行比較。例如,有幾種靶向蛋白質(zhì)組學(xué)方法可以量化不同樣品中的蛋白質(zhì)表達(dá)。當(dāng)對(duì)抗體進(jìn)行標(biāo)記時(shí)應(yīng)參考這些相關(guān)的定量數(shù)據(jù)。
下圖比較了蛋白質(zhì)印跡和質(zhì)譜法測定蛋白表達(dá)量的相關(guān)性。通過對(duì)八種細(xì)胞系中蛋白表達(dá)量的測定,我們可以看到他們的相關(guān)性高達(dá)0.97,表明該抗體對(duì)于蛋白質(zhì)印跡分析是有效的。
獨(dú)立抗體策略
使用針對(duì)相同靶標(biāo)的兩種或更多種不同抗體是測量抗體特異性的直觀且有效的方法。在相同的實(shí)驗(yàn)條件中測定抗體相關(guān)性十分重要。如果抗體具有不同的抗體表位(即抗體結(jié)合抗原的不同區(qū)域)則表明該抗體是獨(dú)立的。這樣,它們不可能表現(xiàn)出脫靶效應(yīng)并結(jié)合與該研究無關(guān)的同一蛋白質(zhì),這種方法可結(jié)合敲除或敲低的方法一起使用。
如下圖,對(duì)目的蛋白使用了兩種獨(dú)立的抗體,并且我們可以確定來自八種細(xì)胞系中的每一種信號(hào)的相關(guān)性。注意要檢查整塊凝膠,因?yàn)槊摪行?yīng)帶來的結(jié)果是非特異條帶可能在整塊膠的任意位置。
表達(dá)帶有標(biāo)簽的蛋白
還可以通過表達(dá)具有親和標(biāo)簽(例如FLAG或v5)或熒光蛋白(例如GFP或YFP)的蛋白質(zhì)來驗(yàn)證抗體。然后可以使抗體表達(dá)與另一種方法的表達(dá)相匹配,但是這種方法局限性在于最好標(biāo)記內(nèi)源基因。值得注意的是過表達(dá)目標(biāo)蛋白可能會(huì)人為地淹沒脫靶結(jié)合,然后無法驗(yàn)證抗體。
驗(yàn)證抗體對(duì)于western blot實(shí)驗(yàn)十分重要,并且western反過來可以用來驗(yàn)證ELISA或者IHC。
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(1)HRP偶聯(lián)的二抗:可用來檢測化學(xué)發(fā)光WB中的低豐度蛋白質(zhì);
(2)熒光二抗 :在熒光Western blot中發(fā)射可見光和近紅外波長的光。
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