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Small RNA數(shù)據(jù)量相對較小，因此對硬件資源的消耗不會太高。
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Small RNA是生物體內(nèi)一類重要的提供因子，包括microRNA、siRNA和piRNA等。它們通過誘導基因沉默，降解靶基因等方式調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄和翻譯進而影響生物體生長、發(fā)育和疾病發(fā)生等生物學過程。
硬件需求
Small RNA數(shù)據(jù)量相對較小，因此對硬件資源的消耗不會太高。
推薦產(chǎn)品
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SeqKit
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SeqStation
解決方案概要
3’ adapte去除
分析之前的第一步是要去除3’ 端的adapter。
根據(jù)長度過濾reads
microRNA的長度范圍在17-22bp，將長度<15bp的reads過濾掉，提高分析的準去率。
尋找已知的microRNA
將reads與miRbase數(shù)據(jù)庫進行比對，篩選出已知的microRNA。
注釋并且過濾到其他的Small RNA
其他的Small RNA 比如snoRNA, tRNA, piRNA等也會被測序出來存在于Reads中。將Reads和RNA家族數(shù)據(jù)庫Rfam比對，對Small RNA進行注釋，并且過濾掉。
差異表達分析
對多樣本而言，miRNA表達差異分析可以有效鑒定出具有調(diào)控功能miRNA。
新microRNA預測
被測序的數(shù)據(jù)中除了已知的microRNA，還可能存在未被驗證的新的microRNA，具有有效的調(diào)控功能。因此找尋新的miRNA可以為調(diào)控機制帶來幫助。
miRNA靶基因預測
基因是miRNA作用的靶，miRNA通過作用于靶基因進而調(diào)控生物學過程。尋找靶基因更能認知到生物學過程的調(diào)控通路。
解決方案模塊選擇
| 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制 | FastQC 、fastx_clipper 、Cutadapt |
| 與miRBase數(shù)據(jù)庫進行比對，鑒定已知microRNA | Blastn、Bowtie、miRanalyzer |
| 與Rfam數(shù)據(jù)庫比對，鑒定注釋rRNA、tRNA、snRNA等 | Bowtie、Blastn、tRNAscan-SE |
| 預測新的microRNA | miRDeep2、Mireap、miREvo |
| 無生物學重復的microRNA表達模式分析 | DEGseq |
| 有生物學重復的microRNA差異表達分析 | DESeq |
| microRNA的表達模式聚類分析 | Cluster |
| microRNA靶基因預測 | miRanda、RNAhybrid、Srnatools |
| 已知和新miRNA靶基因GO注釋 | Blast2go |
| 已知和新miRNA靶基因Pathway分析 | KASS/KEGG |
| miRNA與基因相互作用網(wǎng)絡 | Cytoscape |
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