DAP-seq（DNA親和純化測序）常見問題（Input是什么）
DAP-SEQ技術(shù)簡介
DAP-SEQ是基于DNA親和純化，通過體外表達轉(zhuǎn)錄因子鑒定TFBS的技術(shù)，具有不受抗體和物種限制，且高通量的優(yōu)勢，自該技術(shù)問世以來，已被廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄調(diào)控和表觀組學的研究。
那么關(guān)于DAP-SEQ都有哪些問題需要關(guān)注呢？
1. DAP-seq原理、技術(shù)流程，能解決什么樣的問題?
原理：體外表達的蛋白和DNA進行親和純化，將與蛋白結(jié)合的DNA洗脫后進行高通量測序。
技術(shù)流程：將編碼轉(zhuǎn)錄因子的CDS序列構(gòu)建到含有親和標簽的載體中，構(gòu)建蛋白表達載體，進行體外蛋白表達，形成轉(zhuǎn)錄因子和親和標簽的融合蛋白；提取樣品的基因組DNA，構(gòu)建DNA文庫，然后將體外表達的帶有親和標簽的轉(zhuǎn)錄因子和DNA文庫進行結(jié)合，隨后把結(jié)合的DNA洗脫后上機測序。
能幫助您快速找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，尋找轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因。
服務(wù)流程：
2. 需要提供什么材料？
需要您提供：
（1）組織材料或者是提取好的基因組DNA；
（2）含有轉(zhuǎn)錄因子CDS序列的質(zhì)粒。
3. 分析結(jié)果包括哪些內(nèi)容？
藍景科信DAP-seq的生信分析包括以下內(nèi)容：
4.實驗的成功率怎么樣？
不同轉(zhuǎn)錄因子家族的成功率不同，請參考不同轉(zhuǎn)錄因子家族的DAP-seq成功率：
5. 為什么有些基因家族的成功率很低？
有些轉(zhuǎn)錄因子需要和其他蛋白形成復合體才能與DNA結(jié)合，這些蛋白的風險比較高。
6. 一些特殊的樣品能不能做，有沒有風險？
有兩種情況的樣品是不能做DAP-seq 實驗的，一種情況是沒有參考基因組，另一種情況是轉(zhuǎn)錄因子不能在體外表達出來，除此之外，我們會做可行性分析報告供您參考。
7. 包含重復嗎？
包含兩個技術(shù)重復。
8. 做這個蛋白表達的時候，使用的什么表達系統(tǒng)？
優(yōu)先使用真核表達系統(tǒng)進行蛋白表達，如果真核表達系統(tǒng)不能表達成功的話可以溝通換用原核表達系統(tǒng)。
9. 植物組織樣本取樣的時期部位有什么要求？
植物組織樣本取樣的時期和部位是您根據(jù)自己的研究需求確定，不同組織和時期DNA的修飾不同，可能會影響蛋白和DNA的結(jié)合。
10. DAP-seq跟ChIP-seq有何區(qū)別,DAP-seq的優(yōu)勢表現(xiàn)在哪里?
DAP-seq和ChIP-seq的區(qū)別：
DAP-seq的優(yōu)勢：不需要針對每個轉(zhuǎn)錄因子制備特異性抗體，快速、高通量、節(jié)約時間成本。
11. DAP-seq用的input是什么，為什么選這個作為對照呢？
Input對照是用的親和純化前的文庫，目的是降低背景噪音，我們用的Input和2016年發(fā)表在Cell（DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape）上的論文是一致的。
12. 為什么實驗中表達的有些蛋白比理論值偏大？
很多蛋白表達出來比理論值大一些，因為有一些翻譯后修飾，很多情況都是這樣的，原核表達也有這類情況，比如擬南芥SnRK蛋白激酶，預測40 kd，通過原核表達，實際分子量是60 kd。
DAP-SEQ是基于DNA親和純化，通過體外表達轉(zhuǎn)錄因子鑒定TFBS的技術(shù)，具有不受抗體和物種限制，且高通量的優(yōu)勢，自該技術(shù)問世以來，已被廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄調(diào)控和表觀組學的研究。
那么關(guān)于DAP-SEQ都有哪些問題需要關(guān)注呢？
1. DAP-seq原理、技術(shù)流程，能解決什么樣的問題?
原理：體外表達的蛋白和DNA進行親和純化，將與蛋白結(jié)合的DNA洗脫后進行高通量測序。
技術(shù)流程：將編碼轉(zhuǎn)錄因子的CDS序列構(gòu)建到含有親和標簽的載體中，構(gòu)建蛋白表達載體，進行體外蛋白表達，形成轉(zhuǎn)錄因子和親和標簽的融合蛋白；提取樣品的基因組DNA，構(gòu)建DNA文庫，然后將體外表達的帶有親和標簽的轉(zhuǎn)錄因子和DNA文庫進行結(jié)合，隨后把結(jié)合的DNA洗脫后上機測序。
能幫助您快速找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，尋找轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因。
服務(wù)流程：
2. 需要提供什么材料？
需要您提供：
（1）組織材料或者是提取好的基因組DNA；
（2）含有轉(zhuǎn)錄因子CDS序列的質(zhì)粒。
3. 分析結(jié)果包括哪些內(nèi)容？
藍景科信DAP-seq的生信分析包括以下內(nèi)容：
- 對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量 reads 的處理
- 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
- 參考序列比對分析
- 測序reads富集區(qū)域掃描（peak calling）
- Peak長度分布統(tǒng)計
- Peak在基因功能元件上的分布統(tǒng)計
- Peak序列模式發(fā)掘（motif search）
- 已知motif注釋
- Peak相關(guān)基因鑒定
- Peak相關(guān)基因的GO和KEGG富集分析
- 測序數(shù)據(jù)的差異分析（>=2個樣本）
- 測序數(shù)據(jù)的可視化分析
4.實驗的成功率怎么樣？
不同轉(zhuǎn)錄因子家族的成功率不同，請參考不同轉(zhuǎn)錄因子家族的DAP-seq成功率：
5. 為什么有些基因家族的成功率很低？
有些轉(zhuǎn)錄因子需要和其他蛋白形成復合體才能與DNA結(jié)合，這些蛋白的風險比較高。
6. 一些特殊的樣品能不能做，有沒有風險？
有兩種情況的樣品是不能做DAP-seq 實驗的，一種情況是沒有參考基因組，另一種情況是轉(zhuǎn)錄因子不能在體外表達出來，除此之外，我們會做可行性分析報告供您參考。
7. 包含重復嗎？
包含兩個技術(shù)重復。
8. 做這個蛋白表達的時候，使用的什么表達系統(tǒng)？
優(yōu)先使用真核表達系統(tǒng)進行蛋白表達，如果真核表達系統(tǒng)不能表達成功的話可以溝通換用原核表達系統(tǒng)。
9. 植物組織樣本取樣的時期部位有什么要求？
植物組織樣本取樣的時期和部位是您根據(jù)自己的研究需求確定，不同組織和時期DNA的修飾不同，可能會影響蛋白和DNA的結(jié)合。
10. DAP-seq跟ChIP-seq有何區(qū)別,DAP-seq的優(yōu)勢表現(xiàn)在哪里?
DAP-seq和ChIP-seq的區(qū)別：
DAP-seq的優(yōu)勢：不需要針對每個轉(zhuǎn)錄因子制備特異性抗體，快速、高通量、節(jié)約時間成本。
11. DAP-seq用的input是什么，為什么選這個作為對照呢？
Input對照是用的親和純化前的文庫，目的是降低背景噪音，我們用的Input和2016年發(fā)表在Cell（DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape）上的論文是一致的。
12. 為什么實驗中表達的有些蛋白比理論值偏大？
很多蛋白表達出來比理論值大一些，因為有一些翻譯后修飾，很多情況都是這樣的，原核表達也有這類情況，比如擬南芥SnRK蛋白激酶，預測40 kd，通過原核表達，實際分子量是60 kd。
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