自1995 年成立以來，Dharmacon 提供各種用于批量研究基因功能的工具，支持從全基因組范圍到信號(hào)通路、基因家族方面研究基因與疾病、表型、分子機(jī)理對(duì)應(yīng)的關(guān)系。近年來隨著高端酶標(biāo)儀、高通量顯微鏡、自動(dòng)化流式細(xì)胞儀、高內(nèi)涵等設(shè)備的普及和技術(shù)更新，Dharmacon 文庫在各個(gè)領(lǐng)域中得以廣泛應(yīng)用，相關(guān)研究成果被發(fā)表在上千篇高質(zhì)量的CNS 文獻(xiàn)中。

釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）是了解真核細(xì)胞遺傳調(diào)控的有力模型。Dharmacon酵母資源包括多個(gè)酵母基因組文庫，包括ORF文庫、基因敲除（Knock Out）菌株、蛋白質(zhì)相互作用文庫、突變菌株和各種篩選文庫等，并且為曾經(jīng)在Cell、Nature、Sciences等雜志發(fā)表過酵母研究相關(guān)文獻(xiàn)的學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)代售相關(guān)研究工具。

 

文庫種類

     Dharmacon酵母資源包括多個(gè)酵母基因組文庫，包括ORF文庫、基因敲除（Knock Out）菌株、蛋白質(zhì)相互作用文庫、突變菌株和各種篩選文庫等。

 

酵母（Saccharomyces cerevisiae）基因cDNA&ORF文庫  

（1）酵母ORFs庫（Yeast ORF Collection）

酵母ORFs庫設(shè)計(jì)用于在模式生物酵母中進(jìn)行高通量地化學(xué)和遺傳學(xué)篩選。該庫收集了超過4900個(gè)通過Gateway技術(shù)克隆到酵母表達(dá)質(zhì)粒（pBG1805）上的ORF序列。這些質(zhì)粒被轉(zhuǎn)化進(jìn)入E.coli大腸桿菌中或酵母菌中。

（2）帶有 TAP融合標(biāo)簽的酵母ORFs庫（Yeast TAP Tagged ORFs）

該菌株庫以MatA (BY4741)為 背景，提供超過4000個(gè)帶有TAP蛋白標(biāo)簽融合的酵母蛋白，這些融合蛋白由內(nèi)源啟動(dòng)子控制表達(dá)，TAP 標(biāo)記使得可以使用串聯(lián)的兩個(gè)親和選擇步驟純化和選擇酵母蛋白質(zhì)組和相關(guān)成分，從而可以進(jìn)行一系列高通量功能性研究。

（3）帶有GST融合標(biāo)簽的酵母ORFs庫（Yeast GST-tagged ORFs）

該ORFs庫由多倫多大學(xué)的Andrews實(shí)驗(yàn)室研發(fā)構(gòu)建獲得。該庫包含了超過80%的釀酒酵母基因組。質(zhì)粒編碼的ORFs在N端融合了GST標(biāo)簽，表達(dá)受GAL1/10啟動(dòng)子控制。該文庫被轉(zhuǎn)導(dǎo)進(jìn)入BY4741（MATa）背景的酵母菌中，并且被用于基因組范圍的過表達(dá)篩選

（4）帶有HA融合標(biāo)簽的酵母ORFs庫（Yeast HA-tagged ORFs）

HA 標(biāo)記的酵母文庫包含有超過2400個(gè)的帶有 3 個(gè)血凝素 (HA) 表型標(biāo)記的誘變酵母菌株，對(duì)于酵母蛋白免疫定位、免疫沉淀和結(jié)合位點(diǎn)分析非常有用。該庫裝載在ura3 leu2二倍體菌株背景中。菌株不保證表達(dá)完整的功能蛋白，研究者需要自行進(jìn)行驗(yàn)證分析。成功進(jìn)行免疫定位的菌株，可在TRIPLES網(wǎng)站上找到對(duì)應(yīng)的信息。

（5）帶有YFP融合標(biāo)簽的酵母激酶基因庫（Yeast YFP Fusion Kinase Collection）

酵母 YFP融合激酶庫設(shè)計(jì)用于系統(tǒng)和大規(guī)模的激酶蛋白定位研究，從而探索研究出芽生殖的酵母信號(hào)通路。該庫收集了大約120個(gè)酵母激酶基因，這些基因上游N端帶有1kb左右的天然啟動(dòng)子，并在C端表達(dá)融合的YFP標(biāo)簽蛋白，基因通過Gateway技術(shù)被克隆進(jìn)入載體，并在絲狀菌株Σ1278b中表達(dá)融合蛋白。

（6）酵母條碼標(biāo)簽庫（Yeast Barcoder Collection）

該庫由多倫多大學(xué)的Corey Nislow博士開發(fā)獲得，包括約1200 株帶有2段獨(dú)特 DNA 序列標(biāo)記（條碼）的供體菌株（BY4741背景）集合，可以通過crossing mate-types方法系統(tǒng)地將帶有DNA序列標(biāo)記（條碼）的酵母基因轉(zhuǎn)化入任何釀酒酵母中。

（7）帶分子標(biāo)簽的酵母（MoBY）ORFs庫（Molecular Barcoded Yeast (MoBY) ORF Collection）

該庫設(shè)計(jì)用于識(shí)別釀酒酵母中發(fā)生突變導(dǎo)致耐藥性的基因，提供了一種識(shí)別酵母耐藥突變的工具，可用于從突變體篩選到藥物作用機(jī)制的發(fā)現(xiàn)等研究。

 

酵母基因敲除菌株庫（Knockout Strains）

（1）酵母基因敲除菌株庫（Yeast Knockout Collection）

酵母基因敲除 (YKO) 庫提供超過 6000 種基因敲除的突變體菌株，對(duì)應(yīng)基因的ORF由編碼KanMX抗性（G418）的序列替代，覆蓋了酵母基因組的96%，是進(jìn)行酵母基因組功能分析的有力工具。“分子條形碼” 技術(shù)使得可以鑒定任意菌株的表型，從而可以進(jìn)行單基因或全基因組水平的表型分析。

（2）酵母Tet啟動(dòng)子誘導(dǎo)基因庫（Yeast Tet-promoters Hughes Collection (yTHC)）

yTHC包括了800種內(nèi)源啟動(dòng)子被替換為可誘導(dǎo)啟動(dòng)子的酵母必需基因，通過在酵母培養(yǎng)基中加入四環(huán)素可以關(guān)閉相關(guān)基因的表達(dá)，從而克服了必需基因表達(dá)限制的問題。

（3）酵母親本株（YKO Parental Strains）

親本酵母菌株，用于酵母敲除（YKO）和其他酵母文庫。

 

酵母蛋白相互作用文庫（Protein-Protein Interaction Collections）

（1）酵母蛋白互作組庫（Yeast Protein Interactome Collection）

用于釀酒酵母中進(jìn)行蛋白質(zhì)間相互作用 (PPI) 的全基因組體內(nèi)篩選，可用于檢測(cè)任何亞細(xì)胞位置蛋白質(zhì)之間的結(jié)構(gòu)和拓?fù)潢P(guān)系，高通量分析可篩選數(shù)百萬種相互作用。

（2）酵母交叉和捕獲系統(tǒng)（Yeast Cross and Capture System）

由多倫多大學(xué)Stagljar實(shí)驗(yàn)室的研究人員創(chuàng)建的酵母交叉捕獲系統(tǒng),使用6xHis和VSV標(biāo)記的單倍體酵母菌株, 是一種“誘餌”型MATa菌株分析方法，設(shè)計(jì)用于檢測(cè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用。

 

突變菌株和篩選文庫（Mutant Strains and Screening Collections）

（1）酵母插入突變體庫（Yeast Insertional Mutant Collection）

利用轉(zhuǎn)座子插入突變技術(shù)，建立了酵母插入突變株系。酵母插入突變體集包含 3600 多個(gè)用于表型分析的基因破壞突變體集合。

（2）酵母合成組蛋白 H3 和 H4 突變體集 （Yeast Synthetic Histone Collection）

由約翰霍普金斯大學(xué)的Jef Boeke博士開發(fā), 在釀酒酵母中構(gòu)成了486個(gè)針對(duì)組蛋白H3和H4氨基酸替換和缺失的突變文庫，用于研究每個(gè)氨基酸對(duì)核小體功能的貢獻(xiàn)。

（3）酵母基因組拼接庫（Yeast Genomic Tiling Collection）

酵母基因組拼接庫專為促進(jìn)過表達(dá)表型篩選而設(shè)計(jì)，其酵母（釀酒酵母）基因組包含在 2 μm 的 LEU2 載體中。質(zhì)粒插入長度平均約10 kb，包含由內(nèi)源天然啟動(dòng)子介導(dǎo)的未標(biāo)記的表達(dá)基因。該克隆集構(gòu)成了酵母基因組的“最小功能通路”，在物理水平上占酵母基因組長度的97%，在功能水平上占基因組長度的95%。

（4）酵母 DAmP 庫（Yeast DAmP Collection）

酵母DAmP文庫是一個(gè)包含了必需基因等位基因受阻的釀酒酵母菌株的集合，表現(xiàn)一定的生長缺陷。使用 mRNA 擾動(dòng) (DAmP) 酵母庫降低豐度，使必需酵母基因的 mRNA 水平降低 4-10 倍。用于定量檢測(cè)基因相互作用，從而深入揭示通路和復(fù)合物的功能。

參考文獻(xiàn)

（1）N. Bharucha et al., Analysis of the Yeast Kinome Reveals a Network of Regulated Protein Localization during Filamentous Growth. Mol. Biol. Cell. 19(7), 2708-2717 (July 2008).

（2）S. Ghaemmaghami et al., Global Analysis of Protein Expression in Yeast. Nature. 425(6959), 737-741 (16 October 2003). [Letters to Nature]

（3）H. Zhu et al., Global analysis of protein activities using proteome chips. Science. 293(5537), 2101–2105 (14 September 2001).

（4）Z. Yan et al., Yeast Barcoders: a chemogenic application of a universal donor-strain collection carrying bar-code identifiers. Nature Methods. 5(8), 719-725 (August 2008).

（5）J. Ma et al., Localization of autophagy-related proteins in yeast using a versatile plasmid-based resource of fluorescent protein fusions. Autophagy. 4(6), 792-800 (August 2008).

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