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C.elegans基因文庫的分類和選擇

瀏覽次數(shù):2015 發(fā)布日期:2019-12-10  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

自 1995 年成立以來,Dharmacon 在生物信息學(xué),RNA 生物學(xué)和合成化學(xué)方面的專長 , 使我們能夠開發(fā)出一整套研究基因功能的產(chǎn)品。

Dharmacon 公司是 RNA 干擾新發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域的早期參與者,并且在若干重要的科學(xué)發(fā)現(xiàn)中,以及確保沉默效率的 siRNA 試劑的商業(yè)化過程中做出了重大貢獻(xiàn)。Dharmacon 公司保持技術(shù)進(jìn)步,利用生物信息學(xué)和化學(xué)修飾提高產(chǎn)品性能。當(dāng)今,我們研究的領(lǐng)域和研究工具已經(jīng)擴(kuò)展到支持 RNA 干擾應(yīng)用的方方面面;如,siRNA,慢病毒shRNA,microRNA 研究工具,以及對基因,microRNA 和 lncodeRNA 進(jìn)行功能性篩選的全基因組文庫。同樣,在過表達(dá)研究應(yīng)用中,Dharmacon 公司收集了齊全的商業(yè)化 cDNA 和 ORF 文庫。

秀麗隱桿線蟲(Caenorhobditis elegans)是一種重要的生物學(xué)研究模式生物,在細(xì)胞凋亡和RNA干擾(RNAi)方面取得了重大進(jìn)展。
 

文庫種類

     Dharmacon線蟲資源包括多個線蟲基因組文庫,包括ORF文庫、RNAi文庫、轉(zhuǎn)錄因子文庫和啟動子文庫等。

線蟲(Caenorhobditis elegans)基因cDNA&ORF文庫     

(1)        線蟲ORFs庫(C.elegans ORF Collection)

        秀麗隱桿線蟲ORF文庫是功能性秀麗線蟲蛋白質(zhì)組基因文庫,它由一組預(yù)測的蛋白質(zhì)編碼開放閱讀框(ORFs)組成,這些開放閱讀框已克隆Gateway-供體載體中。該線蟲ORF文庫可用于表達(dá)約11000種線蟲蛋白。通過高通量策略和大規(guī)模相互作用圖譜進(jìn)一步研究線蟲蛋白表達(dá),可深入了解線蟲的蛋白質(zhì)功能。

(2)        線蟲RNAi文庫(C. elegans RNAi Collection)       

        源于秀麗線蟲ORFeome文庫v1.1,秀麗線蟲RNAi文庫提供了11000多個RNAi克隆。這些克隆被整合到pL4440-dest-RNAi目的載體中,以大腸桿菌飼養(yǎng)菌株 HT115(DE3)甘油菌形式保存。在RNAi 浸潤或注射,可以作為體外合成dsRNA的模板。

(3)        線蟲啟動子文庫(C. elegans Promoter Collection)

        該文庫包含6000多個秀麗隱桿線蟲基因的預(yù)測啟動子,這些基因已被克隆到Gateway重組載體中,從而構(gòu)建啟動子融合結(jié)構(gòu)。這種線蟲“啟動子組”的潛在應(yīng)用包括構(gòu)建啟動子-GFP融合體,用于獲得蛋白質(zhì)表達(dá)圖譜和亞細(xì)胞定位,以及芯片和酵母單雜交分析。通過啟動子與線蟲ORF文庫結(jié)合,還可用于組織特異性RNAi、亞細(xì)胞蛋白定位和異位(ectopic)表達(dá)研究。

(4)        線蟲轉(zhuǎn)錄因子(C. elegans Transcription Factors)

        此文庫包含755個線蟲轉(zhuǎn)錄因子ORFs,約占全部預(yù)測的線蟲轉(zhuǎn)錄因子的80%,并已克隆到Gateway兼容的Y1H“獵物”載體pDEST-AD中,可用于酵母單雜交(Y1H)和雙雜交(Y2H)檢測.

參考文獻(xiàn):

1.   J. Reboul et al., C. elegans ORFeome version 1.1 experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression. Nature Genetics. 34 (May 2003).

2. J. F. Rual et al., Toward Improving Caenorhabditis elegans Phenome Mapping With an ORFeome-Based RNAi Library. Genome Res. 14(10b),2162–2168 (2004).

3. D. Dupuy et al., A First Version of the Caenorhabditis elegans Promoterome. Genome Res. 14, 2169-2175 (2004)

4.   Deplancke B et al., A gene-centered C. elegans protein-DNA interaction network.Cell. 125(6), 1193–1205 (2006).

5.   V. Vermeirssen et al., A C. elegans transcription factor array and Steiner Triple System-based smart pools: high-performance tools for transcription regulatory network mapping. Nature Methods. 4, 659–664 (2007).

 

特別申明

   Dharmacon提供一些由學(xué)術(shù)實驗室開發(fā)的克隆資源,其中許多資源滿足了其他商業(yè)實體沒有提供的特別研究領(lǐng)域的需要。為了提供這些作為公共資源,我們依靠提供資源的學(xué)術(shù)實驗室進(jìn)行質(zhì)量控制。

   因此,這些文件按捐助機(jī)構(gòu)“原樣”提供的格式分發(fā),沒有額外的產(chǎn)品驗證或保證。我們不對任何錯誤或性能問題負(fù)責(zé)。其他信息可以在產(chǎn)品手冊和相關(guān)的已發(fā)表文章(如果有的話)中找到;蛘,可以直接聯(lián)系資源提供學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)進(jìn)行技術(shù)答疑。

   如下鏈接可以查詢到所有線蟲相關(guān)產(chǎn)品的信息

https://horizondiscovery.com/products/gene-modulation/overexpression-reagents/orfs/c-elegans

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