siRNA(小干擾RNA)是一種新型的基因治療工具,是由21-25個(gè)核苷酸組成的雙鏈短RNA分子,能夠特異性地誘導(dǎo)靶基因的沉默,進(jìn)而抑制蛋白的表達(dá)。siRNA最初由Andrew Fire和Craig Melo在1998年提出,之后在2001年被證明可以特異性地抑制哺乳動(dòng)物細(xì)胞中的靶基因表達(dá)。這一發(fā)現(xiàn)由David Baulcombe團(tuán)隊(duì)在《科學(xué)》雜志上發(fā)表,成為當(dāng)年全球十大科學(xué)進(jìn)展之首,他的團(tuán)隊(duì)并于2006年榮膺了諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)。
siRNA的抑制作用是通過(guò)其與AGO蛋白組裝成的RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)發(fā)揮的。一條鏈被降解,另一條鏈則與靶基因的mRNA互補(bǔ)配對(duì),使其被切割降解,從而達(dá)到治療相關(guān)疾病的目的。與傳統(tǒng)的基因治療相比,siRNA具有高度特異性、快速、可逆性等優(yōu)點(diǎn),可以應(yīng)用于各種真核生物的基因功能研究,藥靶發(fā)現(xiàn)及藥物篩選中廣泛應(yīng)用。例如siRNA靶向惡性腫瘤的基因可以通過(guò)局部或系統(tǒng)性給藥來(lái)治療腫瘤,病毒感染和遺傳疾病也都有涉及。
siRNA 抑制蛋白表達(dá)機(jī)制
為了方便使用,常規(guī)siRNA產(chǎn)品以凍干粉形式提供,可以直接用于各種細(xì)胞RNAi實(shí)驗(yàn)?蒲腥藛T可以根據(jù)需要設(shè)計(jì)特定靶點(diǎn),覆蓋人、小鼠、大鼠全基因組的所有基因。同時(shí),通過(guò)對(duì)siRNA進(jìn)行化學(xué)修飾,可以提高其在體內(nèi)實(shí)驗(yàn)中的高效性、特異性和穩(wěn)定性。
RNA干擾(RNAi)是一種廣泛存在于生物體內(nèi)的序列特異性基因轉(zhuǎn)錄后的沉默過(guò)程,常常被用作基因沉默(基因干擾)的工具之一。siRNA作為RNAi的一種形式,具有非常廣闊的應(yīng)用前景。未來(lái),siRNA還將繼續(xù)發(fā)揮其獨(dú)特的優(yōu)勢(shì),成為治療相關(guān)疾病的新趨勢(shì)。
siRNA轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)介紹
01- siRNA儲(chǔ)存
常規(guī)化學(xué)合成的siRNA序列為21~23nt的雙鏈小分子RNA,為凍干粉形式的即用型試劑 ,在常溫不溶解的情況下可以保存至少1個(gè)月時(shí)間,放置于-20℃~-80℃低溫環(huán)境中,凍干粉可以穩(wěn)定保存一年。
02- 轉(zhuǎn)染試劑儲(chǔ)存
4℃保存,不可冷凍。
03-體外轉(zhuǎn)染操作流程:
第一步、接種細(xì)胞:建議提前一天接種細(xì)胞,接種數(shù)量參考下方推薦量。
第二步、 轉(zhuǎn)染復(fù)合液配制:
● siRNA稀釋液配制:siRNA以水稀釋至140 μg/mL。
● siRNA轉(zhuǎn)染復(fù)合液配制:取無(wú)菌離心管,加入2μL siRNA稀釋液,加入LipidnanoTM Super RNAi轉(zhuǎn)染試劑A液14μL,吹打混勻,加入LipidnanoTM Super RNAi轉(zhuǎn)染試劑B液4μL,混合均勻,室溫放置5min,加培養(yǎng)液180μL,吹打混勻。
第三步、細(xì)胞加樣:按下方推薦量將配制好的siRNA轉(zhuǎn)染復(fù)合液加入各細(xì)胞孔中,搖動(dòng)培養(yǎng)板,輕輕混勻。
第四步、細(xì)胞培養(yǎng):37 ℃,5% CO2 培養(yǎng)箱培養(yǎng),直至發(fā)揮干擾作用。建議24~48h測(cè)定mRNA水平、48~72h測(cè)定蛋白水平。
操作流程示例
注:使用本轉(zhuǎn)染試劑對(duì)細(xì)胞進(jìn)行siRNA轉(zhuǎn)染時(shí),為了獲得最佳基因沉默效果,每一種細(xì)胞系轉(zhuǎn)染siRNA的劑量都需要經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)確定最佳范圍。
示例中使用的體外轉(zhuǎn)染試劑為同立海源生產(chǎn)的LipidnanoTM Super RNAi轉(zhuǎn)染試劑,主要應(yīng)用于:貼壁細(xì)胞和懸浮細(xì)胞轉(zhuǎn)染,部分原代細(xì)胞和轉(zhuǎn)化細(xì)胞株的基因轉(zhuǎn)染,siRNA高通量轉(zhuǎn)染試驗(yàn)。在進(jìn)行體外轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)的過(guò)程中,實(shí)驗(yàn)還需注意這些細(xì)節(jié):
❶ 轉(zhuǎn)染前,確保siRNA是經(jīng)過(guò)PAGE純化和脫鹽處理過(guò)的,高純度的siRNA或者miRNA有助于獲得較高的轉(zhuǎn)染效率,并確保 siRNA/miRNA 基因沉默表達(dá)不會(huì)影響細(xì)胞活力。
❷ 首次轉(zhuǎn)染:如果您是首次轉(zhuǎn)染您的細(xì)胞系,推薦嘗試使用幾個(gè)siRNA轉(zhuǎn)染試劑復(fù)合液濃度,并在0.014μg/mL~0.70μg/mL范圍內(nèi)改變siRNA的濃度,根據(jù)首次轉(zhuǎn)染結(jié)果調(diào)整劑量水平。
❸ siRNA轉(zhuǎn)染試劑稀釋液的選擇:對(duì)培養(yǎng)基無(wú)特殊要求,可使用完全培養(yǎng)基進(jìn)行稀釋,不強(qiáng)要求減/無(wú)血清培養(yǎng)基。
❹ 濃度換算:摩爾濃度與質(zhì)量濃度之間的換算關(guān)系可根據(jù)siRNA分子量可進(jìn)行同步換算。X nmol/L*分子量=Y ng/L,如分子量為14000的siRNA,1nmol/L*14000=14000ng/L=14μg/L。
❺ 轉(zhuǎn)染細(xì)胞密度:推薦在70%左右時(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)染。通常基因沉默的分析要在轉(zhuǎn)染后24小時(shí)進(jìn)行。本轉(zhuǎn)染試劑極低的細(xì)胞毒性可以方便研究者根據(jù)目的細(xì)胞生長(zhǎng)特性,靶基因的表達(dá)特性,選擇適合條件進(jìn)行轉(zhuǎn)染。健康的細(xì)胞培養(yǎng)物和嚴(yán)格的操作確保轉(zhuǎn)染的重復(fù)性。通常健康的細(xì)胞轉(zhuǎn)染效率較高,較低的傳代數(shù)能確保每次實(shí)驗(yàn)所用細(xì)胞的穩(wěn)定性。推薦用50代以下的細(xì)胞轉(zhuǎn)染。
❻ 陽(yáng)性對(duì)照選擇:通過(guò)合適的陽(yáng)性對(duì)照、實(shí)驗(yàn)siRNA優(yōu)化轉(zhuǎn)染和檢測(cè)條件,對(duì)大多數(shù)細(xì)胞,GADPH-siRNA是較好的陽(yáng)性對(duì)照。將不同濃度的陽(yáng)性對(duì)照siRNA或?qū)嶒?yàn)siRNA轉(zhuǎn)入靶細(xì)胞,轉(zhuǎn)染24小時(shí)后,以內(nèi)參基因如β-actin mRNA為對(duì)照,統(tǒng)計(jì)目標(biāo)mRNA相對(duì)于未轉(zhuǎn)染細(xì)胞的降低水平。
傳統(tǒng)轉(zhuǎn)染試劑可通過(guò)表面正電荷幫助siRNA大量攝取入胞,但入胞后siRNA內(nèi)含體逃逸水平低,造成攝取的siRNA無(wú)法發(fā)揮作用,同時(shí)造成細(xì)胞毒性。本品為非強(qiáng)正電性脂質(zhì)轉(zhuǎn)染試劑,避免細(xì)胞大量攝取造成的毒性,但本品可提升細(xì)胞內(nèi)吞后的siRNA內(nèi)含體逃逸效率,通過(guò)促進(jìn)內(nèi)含體逃逸使更多siRNA釋放入細(xì)胞質(zhì)中實(shí)現(xiàn)高效基因沉默作用。故在細(xì)胞水平上通過(guò)熒光標(biāo)記siRNA進(jìn)行條件優(yōu)化的方法不適用于本轉(zhuǎn)染試劑。推薦使用Western Blot或QPCR方式對(duì)最佳轉(zhuǎn)染濃度進(jìn)行優(yōu)化。
❼ 操作注意:siRNA與轉(zhuǎn)染試劑A液實(shí)現(xiàn)充分混合后加入B液,繼續(xù)混合均勻,放置5min后加入培養(yǎng)基稀釋,稀釋后需在1h內(nèi)加入細(xì)胞孔內(nèi)。將siRNA轉(zhuǎn)染試劑復(fù)合液加至每一個(gè)包含細(xì)胞和培養(yǎng)基的孔中,加入后可以輕輕地前后搖動(dòng)培養(yǎng)板混合均勻。
❽ 避免RNA酶污染:微量RNA酶會(huì)導(dǎo)致siRNA實(shí)驗(yàn)失敗。由于實(shí)驗(yàn)環(huán)境中RNA酶普遍存在,如皮膚、頭發(fā)、所有徒手接觸過(guò)的物品或暴露在空氣中的物品。因此請(qǐng)確保實(shí)驗(yàn)每個(gè)步驟不受RNA酶污染。推薦使用商業(yè)化無(wú)酶實(shí)驗(yàn)耗材。
❾ 效果評(píng)價(jià):細(xì)胞轉(zhuǎn)染后,不同細(xì)胞和siRNA效率存在差異。在mRNA水平觀察siRNA效果的最佳時(shí)間是轉(zhuǎn)染后24~48小時(shí),在蛋白水平觀察siRNA效果的最佳時(shí)間是轉(zhuǎn)染后48~72小時(shí)。siRNA干擾是非線性的,不同基因半衰期存在較大差異,首次進(jìn)行siRNA干擾效果測(cè)定時(shí),建議多點(diǎn)測(cè)定,確定最佳測(cè)定時(shí)間點(diǎn)。
siRNA沉默效果分析
siRNA 轉(zhuǎn)染細(xì)胞后,siRNA 在細(xì)胞內(nèi)一系列酶的作用下形成RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合物(RISC),識(shí)別并切割靶基因mRNA,誘發(fā)宿主細(xì)胞針對(duì)這些mRNA的降解反應(yīng), 從而抑制了細(xì)胞內(nèi)目的基因蛋白的表達(dá),一般可從兩個(gè)方面進(jìn)行檢測(cè)。