細(xì)胞系開發(fā)的樣本數(shù)據(jù)要求:
–整理來(lái)自不同的分析儀器的數(shù)據(jù)和處理不同文件格式
–在不同的孔板和孔之間跟蹤
–數(shù)據(jù)能長(zhǎng)時(shí)間保存和快速查找調(diào)用
使用Biomek工作站CLD整合系統(tǒng)配合三大軟件(Biomek,SAMI 和DART)幫您輕松完成數(shù)據(jù)處理。
細(xì)胞株開發(fā)現(xiàn)面臨巨大工作量的數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)。與任何篩選過(guò)程一樣,樣本通量帶來(lái)了數(shù)據(jù)量的挑戰(zhàn)。當(dāng)使用多種分析工具以不同格式生成不同類型的數(shù)據(jù)時(shí),這就變得更加具有挑戰(zhàn)性。而且現(xiàn)在很多篩選要求多個(gè)方面的綜合結(jié)果來(lái)確定Hit Picking,因此其工作流要求必須使用這些hits的數(shù)據(jù)追蹤。在整個(gè)過(guò)程中,必須對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行追蹤,以確保進(jìn)入生產(chǎn)的任何細(xì)胞株都有必要的歷史數(shù)據(jù)(例如單克隆性的證明),并且為了報(bào)告需要,所有的數(shù)據(jù)需要隨時(shí)快速被找到。
解決容易出錯(cuò)的數(shù)據(jù)格式問(wèn)題
在Microsoft Excel中復(fù)制和調(diào)整數(shù)據(jù)也是上是一個(gè)容易出錯(cuò)的過(guò)程 ,特別是當(dāng)試圖關(guān)聯(lián)來(lái)自不同分析器的數(shù)據(jù)時(shí)。例如, 我們使用CloneSelect Imager來(lái)對(duì)細(xì)胞單克隆性和生長(zhǎng)測(cè)定,按行顯示報(bào)告結(jié)果(A1, A2, A3…圖1)。相反,我們使Octet HTX對(duì)IgG按列進(jìn)行滴度測(cè)定(A1, B1, C1,…,圖1)。如果有人試圖在Microsoft excel中按名稱重新排序八位數(shù)據(jù),則井仍然與CloneSelect數(shù)據(jù)不一致(A1, A10, A11…,圖1)。而自動(dòng)化軟件能很快處理該問(wèn)題,完成統(tǒng)一數(shù)據(jù)格式調(diào)整和編輯。
DART數(shù)據(jù)庫(kù)能儲(chǔ)存和自動(dòng)檢索數(shù)據(jù)
對(duì)于細(xì)胞株開發(fā)過(guò)程,當(dāng)我們?cè)贑lonePix 2設(shè)備上的半固態(tài)培養(yǎng)基上測(cè)定克隆特性時(shí),首先產(chǎn)生了有意義的數(shù)據(jù)。在挑選過(guò)程中,ClonePix 2識(shí)別出的最初特征,如菌落大小和外部熒光(抗體分泌的標(biāo)志)鏈接到帶條形碼目的板和孔中。當(dāng)掃描條形碼時(shí),這些數(shù)據(jù)可以自動(dòng)導(dǎo)入Biomek軟件。然后,作為液體轉(zhuǎn)移步驟的一部分,Biomek軟件會(huì)自動(dòng)移動(dòng)數(shù)據(jù),因此數(shù)據(jù)可以隨著樣本移動(dòng)而并行移動(dòng)(圖2A)。同時(shí),數(shù)據(jù)也可以存儲(chǔ)在DART數(shù)據(jù)庫(kù)中,未來(lái)任何時(shí)候掃描孔板條碼時(shí),相應(yīng)的數(shù)據(jù)都會(huì)被自動(dòng)檢索出來(lái)。DART提供了不同時(shí)間交互的方法之間的鏈接(圖2B)—— 在諸如cell line開發(fā)這樣的長(zhǎng)時(shí)間工作流程中,這是一個(gè)關(guān)鍵組件。
自動(dòng)關(guān)聯(lián)樣本數(shù)據(jù)
為了進(jìn)一步說(shuō)明細(xì)胞株開發(fā)工作流程中的數(shù)據(jù)挑戰(zhàn),我們將描述長(zhǎng)達(dá)數(shù)月的過(guò)程中的一天,并描述如何通過(guò)自動(dòng)化數(shù)據(jù)軟件工具克服這些挑戰(zhàn)。通過(guò)有限稀釋和識(shí)別單克隆孔進(jìn)行細(xì)胞株鋪板三周后,data移動(dòng)并用于以下步驟(圖3):
在細(xì)胞株開發(fā)的整個(gè)過(guò)程中,這些步驟都是重復(fù)的,這些步驟包括將檢測(cè)數(shù)據(jù)與樣品孔連接,將來(lái)自多個(gè)分析儀的數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)起來(lái),使用數(shù)據(jù)來(lái)驅(qū)動(dòng)數(shù)據(jù)采集,并將所有數(shù)據(jù)提前以供追溯。此外,儲(chǔ)存所有潛在細(xì)胞株的數(shù)據(jù)是必要的,因?yàn)楹芏嗉?xì)胞株在后期會(huì)由于基因組不穩(wěn)定或其他不需要的屬性而退出,而且不可能知道最終會(huì)選擇哪些細(xì)胞株用于細(xì)胞株庫(kù)。
快速瀏覽和數(shù)據(jù)可視化
為自動(dòng)運(yùn)行存儲(chǔ)和利用數(shù)據(jù)只是問(wèn)題的一部分。您還必須能夠在需要時(shí)輕松地訪問(wèn)數(shù)據(jù),DART數(shù)據(jù)庫(kù)可以通過(guò)多種方便的方式訪問(wèn)。為了以用戶友好的方式進(jìn)行快速可視化,DART數(shù)據(jù)瀏覽器(圖4A)可以在Chrome瀏覽器中突出顯示方法、耗材和孔層面的數(shù)據(jù)。不僅可以遠(yuǎn)程查看這些數(shù)據(jù),還可以在運(yùn)行期間刷新這些數(shù)據(jù)以使用實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)進(jìn)行更新。為了以可用的形式導(dǎo)出數(shù)據(jù),可以使用DART報(bào)告生成器在Excel中生成報(bào)告,使用一個(gè)簡(jiǎn)單的界面來(lái)選擇要包含在給定報(bào)告中的數(shù)據(jù)。所有這些都可以在不借助IT資源的情況下完成——這是一些大型數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)的常見需求。
對(duì)于像細(xì)胞株開發(fā)這樣長(zhǎng)達(dá)數(shù)月的工作流程,數(shù)據(jù)丟失或錯(cuò)誤的風(fēng)險(xiǎn)更大,因此,確保數(shù)據(jù)完整性的工具至關(guān)重要。Biomek和DART軟件通過(guò)使數(shù)據(jù)完整性過(guò)程自動(dòng)化且易于獲取,可以為細(xì)胞株開發(fā)過(guò)程提供真正的價(jià)值。
*以上內(nèi)容涉及設(shè)備僅適用于科研和工業(yè),不用于臨床診斷。