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10x Genomics Visium空間分析實(shí)驗(yàn)規(guī)劃資源必備指南

瀏覽次數(shù):1835 發(fā)布日期:2021-9-15  來源:怡美通德公眾號(hào)

       空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一種開創(chuàng)性的分子分析方法,使科學(xué)家能夠測(cè)定組織樣本中的基因活性,并繪制該活性發(fā)生的位置。10x Visium空間基因表達(dá)解決方案可在整個(gè)福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)或新鮮冷凍組織的形態(tài)學(xué)背景下定位全轉(zhuǎn)錄組,從空間上解析基因表達(dá),從而獲得疾病病理和臨床轉(zhuǎn)化研究的新見解。
       Visium空間基因表達(dá)玻片的核心是帶有空間條形碼、與mRNA結(jié)合的寡核苷酸。如需捕獲新鮮冷凍組織的基因表達(dá)信息,先處理樣品切片從組織中釋放出mRNA,使其與組織相應(yīng)位置附近的捕獲寡核苷酸相結(jié)合。在組織原位進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄,生成帶有空間條形碼并保留空間信息的cDNA文庫(kù)。如需捕獲福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織的基因表達(dá)信息,先對(duì)組織進(jìn)行透化處理,使其釋放出連接的探針對(duì),與玻片上的捕獲探針相結(jié)合。延伸探針對(duì),以生成帶有空間條形碼并保留空間信息的文庫(kù)。帶有條形碼的文庫(kù)可映射回捕獲區(qū)的特定數(shù)據(jù)點(diǎn)。隨后將這種基因表達(dá)數(shù)據(jù)與組織切片的高分辨率顯微鏡圖像相疊加,從而能夠以空間分辨的方式觀察組織形態(tài)背景下任一條mRNA或多條mRNA組合的表達(dá)。

                       
     
       Visium空間基因表達(dá)結(jié)合免疫熒光的流程能夠輕松融入標(biāo)準(zhǔn)的組織切片和IF染色方法中,且使用現(xiàn)有的抗體。在同一張組織切片上實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)、總mRNA和組織學(xué)分析,最大限度地使用寶貴樣本。將全轉(zhuǎn)錄組空間分析與免疫熒光蛋白檢測(cè)相結(jié)合,可更全面地捕獲組織切片上的生物學(xué)圖像,從而增進(jìn)對(duì)人類健康和疾病的了解。


       將Visium空間基因表達(dá)解決方案與易用且廣泛的靶向基因組合相結(jié)合,觀察基因表達(dá)的空間模式,全面靶向相關(guān)基因,聚焦最關(guān)鍵的基因,能助力您洞悉研究中最重要的生物學(xué)本質(zhì)。用預(yù)先設(shè)計(jì)好的癌癥、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)和基因標(biāo)簽組合結(jié)合新鮮冷凍組織的Visium空間基因表達(dá)檢測(cè),來分析一組特定的轉(zhuǎn)錄本。您可以在我們?nèi)娴摹㈩A(yù)先設(shè)計(jì)的基因組合中選擇一種,并自行添加多達(dá)200個(gè)定制基因,在測(cè)序前富集您的Visium空間文庫(kù)。
        Visium空間分析實(shí)驗(yàn)規(guī)劃資源必備指南可作為路線圖,幫助您設(shè)計(jì)Visium空間基因表達(dá)實(shí)驗(yàn),優(yōu)化實(shí)驗(yàn)參數(shù),并確定適當(dāng)?shù)挠?jì)算/分析工具來分析空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)。

                    

        下載該指南,您可以了解以下內(nèi)容:

 

1. 我的研究目標(biāo)是什么?
2. 我可以使用哪些組織?
3. 針對(duì)新鮮冷凍組織:制備和處理樣本的最佳做法有哪些?
4. 針對(duì)FFPE組織:制備和處理樣本的最佳做法有哪些?
5. 如何對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和可視化?
6. 我可以參考哪些使用案例?
7. 實(shí)驗(yàn)室需要做哪些準(zhǔn)備?
 
  歡迎您掃描下方二維碼,下載Visium空間分析實(shí)驗(yàn)規(guī)劃資源必備指南

                                               
來源:北京怡美通德科技發(fā)展有限公司
聯(lián)系電話:010-84409661
E-mail:heran@emtd.com.cn

標(biāo)簽: 10x Visium 空間
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