SPT Labtech mosquito HV genomics在COVID-19 NGS檢測中的應用
瀏覽次數(shù):2678 發(fā)布日期:2021-5-18
來源:騰泉生物
導語Helix公司成立于2015年,作為“基因APP Store”的開創(chuàng)者,是測序巨頭Illumina旗下的一家子公司,疫情期間Helix獲得FDA應急使用授權(EUA),可以使用基于NGS的COVID-19檢測。
FDA應急使用授權摘要
Helix的體外診斷試驗旨在檢測鼻咽拭子、口咽拭子等上呼吸道標本中SARS-CoV-2 刺突蛋白(S)基因(以及人內(nèi)參RPP30)。
Helix的CLIA / CAP實驗室平臺,將提供基于Illumina NovaSeq 6000的NGS檢測。該檢測方法使用Thermo Fisher Scientific公司提供的RNA提取和反轉(zhuǎn)擴增試劑,以及Integrated DNA Technologies公司的定制引物。FDA應急使用授權中規(guī)定,Helix COVID-19 NGS檢測可使用
SPT Labtech mosquito HV genomics移液工作站進行液體處理。
Helix已從美國國立衛(wèi)生研究院(NIH)的RADx計劃中獲得了3340萬美元的資金支持,成為美國COVID-19“超級實驗室”之一 。
Helix的CEO Marc Stapley表示“在全國范圍內(nèi)進行更快速、更可靠的COVID-19檢測是現(xiàn)在迫切需要的。通過NIH的資助,將使Helix能夠迅速擴大規(guī)模,高通量的檢測方法和先進的實驗室設施可以達到每天10萬份樣本的檢測量,使其成為美國最高通量的COVID-19實驗室之一。”
COVID-19 NGS 檢測流程
此外Helix與加州大學圣地亞哥分校(UCSD)合作進行了COVID-19多重熒光定量PCR(multiplex real time RT-PCR)檢測,使用了TaqPath COVID-19 CE-IVD RT-PCR試劑盒,利用了mosquito添加1μL PCR mix和2μL RNA樣本,最終將反應體系從25μL微縮化至3μL,
每個樣本節(jié)省了8倍的成本!
手工加樣與mosquito自動加樣微縮化體系對比
HELIX和UCSD COVID-19多重熒光定量PCR檢測流程
SPT Labtech公司的
mosquito genomics移液工作站憑借其小體系加樣的精準度和穩(wěn)定表現(xiàn),已成為眾多基因組學實驗室的理想選擇。其獨有的固相置換技術,可以無視任何黏度的試劑或DNA,對25nL-5μL樣品進行精確加樣,并且不需要進行任何液體參數(shù)的調(diào)整。
它正在改變基因組學實驗室的工作方式——mosquito能夠精確地在傳統(tǒng)實驗體積的一小部分(通常不到1/10)建立反應體系,從而大幅減少試劑成本,提高檢測通量。
舉個栗子:例如高昂的SMART-seq HT(Clontech)試劑盒,將反應體系從25μL降低至2.5μL后,每個樣品可以節(jié)省250元人民幣,一塊384孔板可以節(jié)省高達8萬多元的試劑成本! 而使用mosquito genomics,同樣一個試劑盒,可以使用更多的次數(shù)。這解決了大部分實驗室科學家的心結(jié),避免了被試劑盒拿捏的死死的尬尷!
目前單細胞測序cDNA合成和擴增、文庫構(gòu)建、PCR/qPCR體系建立等實驗均已成功在mosquito上實現(xiàn)微縮化和自動化的流程建立。