基因分型是通過使用生物學(xué)試驗(yàn)檢查個(gè)體的DNA序列的過程,也是將目標(biāo)序列與另一個(gè)體的序列或參考序列進(jìn)行比較來確定個(gè)體的遺傳構(gòu)成(基因型)差異的過程。
PCR 是一種常見的基因分型方法,用于對(duì)樣本的基因型進(jìn)行擴(kuò)增和鑒定。但由于基因分型通常需要檢測成百上千份樣品,樣品處理、提取基因組DNA、PCR擴(kuò)增目的基因的工作量使得基因分型PCR非常耗時(shí),因此,我們提供了幾個(gè)簡單的PCR優(yōu)化方法,幫助您克服基因分型中的常見障礙。
01.省略基因組DNA提取
傳統(tǒng)做法是從組織樣品中純化基因組DNA進(jìn)行基因分型PCR。即使使用快速提取試劑盒,該過程也可能至少需要0.5-1小時(shí),并需要使用離心機(jī)和加熱等實(shí)驗(yàn)室專用設(shè)備。使用到的提取試劑還需要相應(yīng)的處理,需要較多的實(shí)驗(yàn)時(shí)間和實(shí)驗(yàn)成本。
02.使用PCR預(yù)混液減少配制時(shí)間和污染
預(yù)混為2×Mix的產(chǎn)品包含Taq DNA聚合酶、dNTPs、MgCl2、反應(yīng)緩沖液等PCR所需的成分,使用時(shí)僅需加入DNA模板和引物即可進(jìn)行擴(kuò)增,降低了PCR 實(shí)驗(yàn)配置出錯(cuò)、試劑污染等的風(fēng)險(xiǎn),也節(jié)省實(shí)驗(yàn)時(shí)間。
03.縮短PCR反應(yīng)時(shí)間
以下三個(gè)方面縮短 PCR 反應(yīng)時(shí)間:
使用快速PCR酶,可以以15-30 sec/kb的速度合成DNA(替代傳統(tǒng)的60 sec/kb)的酶。
結(jié)合使用快速PCR儀,例如可以快速升高或降低至所需循環(huán)溫度的PCR儀。
選擇儀器適用的“快速”耗材產(chǎn)品,低容的耗材高度更低,最大程度減少了蒸發(fā)的影響并提高熱傳導(dǎo)效率,而薄壁PCR管可實(shí)現(xiàn)更好的熱傳遞。
04.擴(kuò)增后PCR 產(chǎn)物直接上樣電泳
傳統(tǒng)的PCR產(chǎn)物檢測方法是在電泳之前,將PCR產(chǎn)物與一定比例的含染料的上樣緩沖液混合后上樣到凝膠孔。這個(gè)過程看似微不足道,但涉及到計(jì)算所需體積、制備上樣染料、吸取PCR樣品,最后進(jìn)行混合。這些步驟需要時(shí)間及額外的耗材。而選擇使用含染料的直接PCR 預(yù)混液可省略這些步驟,擴(kuò)增完成后直接上樣進(jìn)行電泳檢測。
05.選擇通用性預(yù)混液
麥伯生物提供的Magic Direct PCR Mix是已含染料的直接PCR預(yù)混液,可耐受植物中的多糖多酚、全血、血清、血漿中的肝素、高濃度的血紅蛋白、甘油三脂、乙醇、胍鹽、SDS等強(qiáng)PCR抑制劑,適用于血液、動(dòng)物組織、植物葉片、種子、果實(shí)等多種樣本的直接PCR擴(kuò)增,讓您無需重新選擇和采購試劑即可進(jìn)行多種樣本的分型實(shí)驗(yàn),高效、快速、方便。