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液體處理專家如何自動化、標(biāo)準(zhǔn)化捕獲測序文庫制備

瀏覽次數(shù):1940 發(fā)布日期:2020-10-10  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

目標(biāo)區(qū)域捕獲測序技術(shù),是根據(jù)已知特定基因組區(qū)域序列設(shè)計寡核苷酸探針,通過雜交將目標(biāo)區(qū)域捕獲富集進(jìn)行二代測序。其針對目標(biāo)區(qū)域深度測序,增加了檢查靈敏度和準(zhǔn)確性。既滿足研究需求,又降低測序成本,在科研、臨床中均備受關(guān)注。

液體處理專家貝克曼庫爾特推出Biomek 自動化捕獲測序方案,幫助您實(shí)現(xiàn)自動化、標(biāo)準(zhǔn)化的捕獲測序。 由自動化工作站進(jìn)行基因捕獲,可以減少手工操作時間,提高工作效率,增加結(jié)果的重復(fù)性和均一性。 Biomek工作站可實(shí)現(xiàn)從核酸提取,文庫構(gòu)建,定量混樣到捕獲的整體實(shí)驗(yàn)流程。
 
Figure 1. 捕獲測序文庫構(gòu)建自動化流程

由Biomek成功自動化的雜交捕獲試劑盒:

   Agilent HaloPlex™ Target Enrichment - Ion Torrent
​   Agilent SureSelect XT®
​   Epicentre ScriptSeq® Complete Gold Low Input
​   Illumina Nextera® Rapid Capture
​   Illumina TruSeq® Exome
​   Illumina TruSeq® Rapid Exome
​   Illumina TruSight® Cancer
​   Illumina TruSight® Tumor 15
​   Illumina TruSight® Tumor 170
​   IDT xGen® Exome Research Panel
​   NEB NEBNext Direct™ Cancer HotSpot Panel
​   Roche Nimblegen SeqCap EZ® for Illumina NGS

Biomek自動化捕獲測序數(shù)據(jù)展示
 
Figure 2. IDT xGen® Exome Research Panel試劑盒捕獲測序文庫制備。
上圖: 片段分析,其中主峰1和2為雜交捕獲后cfDNA目標(biāo)片段峰;
下圖:Qubit Fluorometric Quantification核酸定量結(jié)果。

Figure 3. IDT xGen®雜交捕獲試劑盒歷史手工數(shù)據(jù)vs. 
Biomek i7自動化工作站完成數(shù)據(jù)。A. 平均中靶率,B. 重復(fù)率,C. 覆蓋度,D. GC偏移。

Biomek向?qū)杰浖僮鹘缑?/strong>

在軟件操作界面上用戶可以選擇樣本數(shù)量,是否使用臺面整合的PCR儀,以及運(yùn)行工作流程的哪個部分。此外,具備臺面自動校對功能,當(dāng)操作人員完成耗材擺放后,工作站可根據(jù)攝像頭拍攝,自動判定耗材擺放是否正確,對錯誤擺放位置進(jìn)行提示。避免由于人為擺放耗材錯誤,導(dǎo)致設(shè)備碰撞或試劑、時間損失。
 
Figure 4. 向?qū)杰浖僮鳎琁DT xGen® 雜交捕獲試劑盒方法選擇界面。

Biomek自動化捕獲測序——實(shí)踐速度與通量的飛躍
 
Figure 5. 完成 24/48/96個樣本的自動化IDT xGen®雜交捕獲測序文庫制備預(yù)估耗時。

來源:貝克曼庫爾特生命科學(xué)
聯(lián)系電話:400 168 5267
E-mail:apls@beckman.com

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