在過去十多年里，隨著二代測序技術(shù)的發(fā)展，測序成本已經(jīng)下降了幾個數(shù)量級，但是二代測序樣品文庫制備成本仍然高昂，過程依舊復(fù)雜。微生物及病毒全基因組測序能幫助科學(xué)家們確認(rèn)基因組編輯正確性，解析病原的變異及進(jìn)化，是高通量基因編輯和調(diào)查微生物組、病毒學(xué)研究的常規(guī)工作。液體處理專家貝克曼庫爾特創(chuàng)新推出Biomek i5+Echo 525超高通量自動化整合系統(tǒng)，幫助您實現(xiàn)二代測序文庫構(gòu)建中的高通量和低成本的需求。
  圖1. Biomek i5 +Echo 525整合系統(tǒng)。通過將Echo 525快速、精確的聲波移液技術(shù)與Biomek i系列工作站強(qiáng)大而靈活的功能相結(jié)合，可以將文庫制備工作提高到超高通量。

我們使用illumina Nextera XT DNA試劑盒，以3種不同的微生物樣品類型（蠟狀芽孢桿菌，大腸埃希氏菌，紅球菌）進(jìn)行實驗，測試了該微量化方法的有效性。Biomek i5+Echo 525 整合系統(tǒng)的微量化文庫制備方案可將反應(yīng)體系縮小20倍，降低每次反應(yīng)的試劑成本；可單次處理384個樣品，提高樣品處理通量。 值得注意的是，根據(jù)Illumina的標(biāo)準(zhǔn)推薦實驗流程，手工操作8個樣品的時間約為3小時。利用Biomek i5 +Echo 525整合系統(tǒng)，完成384個樣品的文庫制備僅需4小時，該時間包括了試劑分裝和孵育。試劑分裝利用選擇性吸頭移液功能，可處理靈活多變的樣品數(shù)量。微量化文庫制備使更高的通量成為可能，而無需大幅增加時間。
  圖2. 微量化Illumina Nextera XT文庫制備的自動化流程。灰色代表Biomek i5完成步驟，藍(lán)色代表Echo 525完成步驟，紅色代表手工干預(yù)步驟。Echo用于反應(yīng)體系構(gòu)建及Normalization/pooling；Biomek配置384通道加樣器，并具有選擇性吸頭移液功能，用于分裝Echo所需試劑并進(jìn)行產(chǎn)物純化；可選配臺面整合的PCR儀，用于PCR擴(kuò)增和孵育，減少人為干預(yù)。
  圖3.向?qū)�式的軟件操作界面（左），和臺面自動校對功能 (右)。如左圖所示，在軟件操作界面上用戶可以選擇樣本數(shù)量，是否使用臺面整合的PCR儀，以及運行工作流程的哪個部分。具備臺面自動校對功能（右圖），當(dāng)操作人員完成耗材擺放后，工作站可自動判定耗材擺放是否正確，對錯誤擺放位置進(jìn)行提示，確保程序運行前臺面擺放正確。避免由于人為擺放耗材錯誤，導(dǎo)致設(shè)備碰撞或試劑、時間損失。

Better together—— Echo + Biomek自動化NGS建庫方案：

   文庫構(gòu)建體系縮小20倍相應(yīng)降低了試劑成本，無需吸頭的納升級聲波介導(dǎo)移液節(jié)省了耗材成本。
   單次384個樣品的處理，在單位時間內(nèi)實現(xiàn)了超高通量的樣本處理。
   精準(zhǔn)的納升級至微升級移液技術(shù)及自動化處理，是獲得真實結(jié)果的保障。
   向?qū)�式軟件操作界面和臺面自動校對功能可減少人為操作失誤。
   強(qiáng)大的數(shù)據(jù)追蹤系統(tǒng)能實現(xiàn)樣本溯源及追蹤，保證數(shù)據(jù)對接準(zhǔn)確性。