自1995 年成立以來，Dharmacon 提供各種用于批量研究基因功能的工具，支持從全基因組范圍到信號通路、基因家族方面研究基因與疾病、表型、分子機理對應的關系。近年來隨著高端酶標儀、高通量顯微鏡、自動化流式細胞儀、高內涵等設備的普及和技術更新，Dharmacon 文庫在各個領域中得以廣泛應用，相關研究成果被發(fā)表在上千篇高質量的CNS 文獻中。

釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）是了解真核細胞遺傳調控的有力模型。Dharmacon酵母資源包括多個酵母基因組文庫，包括ORF文庫、基因敲除（Knock Out）菌株、蛋白質相互作用文庫、突變菌株和各種篩選文庫等，并且為曾經在Cell、Nature、Sciences等雜志發(fā)表過酵母研究相關文獻的學術機構代售相關研究工具。

 

文庫種類

     Dharmacon酵母資源包括多個酵母基因組文庫，包括ORF文庫、基因敲除（Knock Out）菌株、蛋白質相互作用文庫、突變菌株和各種篩選文庫等。

 

酵母（Saccharomyces cerevisiae）基因cDNA&ORF文庫  

（1）酵母ORFs庫（Yeast ORF Collection）

酵母ORFs庫設計用于在模式生物酵母中進行高通量地化學和遺傳學篩選。該庫收集了超過4900個通過Gateway技術克隆到酵母表達質粒（pBG1805）上的ORF序列。這些質粒被轉化進入E.coli大腸桿菌中或酵母菌中。

（2）帶有 TAP融合標簽的酵母ORFs庫（Yeast TAP Tagged ORFs）

該菌株庫以MatA (BY4741)為 背景，提供超過4000個帶有TAP蛋白標簽融合的酵母蛋白，這些融合蛋白由內源啟動子控制表達，TAP 標記使得可以使用串聯(lián)的兩個親和選擇步驟純化和選擇酵母蛋白質組和相關成分，從而可以進行一系列高通量功能性研究。

（3）帶有GST融合標簽的酵母ORFs庫（Yeast GST-tagged ORFs）

該ORFs庫由多倫多大學的Andrews實驗室研發(fā)構建獲得。該庫包含了超過80%的釀酒酵母基因組。質粒編碼的ORFs在N端融合了GST標簽，表達受GAL1/10啟動子控制。該文庫被轉導進入BY4741（MATa）背景的酵母菌中，并且被用于基因組范圍的過表達篩選

（4）帶有HA融合標簽的酵母ORFs庫（Yeast HA-tagged ORFs）

HA 標記的酵母文庫包含有超過2400個的帶有 3 個血凝素 (HA) 表型標記的誘變酵母菌株，對于酵母蛋白免疫定位、免疫沉淀和結合位點分析非常有用。該庫裝載在ura3 leu2二倍體菌株背景中。菌株不保證表達完整的功能蛋白，研究者需要自行進行驗證分析。成功進行免疫定位的菌株，可在TRIPLES網站上找到對應的信息。

（5）帶有YFP融合標簽的酵母激酶基因庫（Yeast YFP Fusion Kinase Collection）

酵母 YFP融合激酶庫設計用于系統(tǒng)和大規(guī)模的激酶蛋白定位研究，從而探索研究出芽生殖的酵母信號通路。該庫收集了大約120個酵母激酶基因，這些基因上游N端帶有1kb左右的天然啟動子，并在C端表達融合的YFP標簽蛋白，基因通過Gateway技術被克隆進入載體，并在絲狀菌株Σ1278b中表達融合蛋白。

（6）酵母條碼標簽庫（Yeast Barcoder Collection）

該庫由多倫多大學的Corey Nislow博士開發(fā)獲得，包括約1200 株帶有2段獨特 DNA 序列標記（條碼）的供體菌株（BY4741背景）集合，可以通過crossing mate-types方法系統(tǒng)地將帶有DNA序列標記（條碼）的酵母基因轉化入任何釀酒酵母中。

（7）帶分子標簽的酵母（MoBY）ORFs庫（Molecular Barcoded Yeast (MoBY) ORF Collection）

該庫設計用于識別釀酒酵母中發(fā)生突變導致耐藥性的基因，提供了一種識別酵母耐藥突變的工具，可用于從突變體篩選到藥物作用機制的發(fā)現(xiàn)等研究。

 

酵母基因敲除菌株庫（Knockout Strains）

（1）酵母基因敲除菌株庫（Yeast Knockout Collection）

酵母基因敲除 (YKO) 庫提供超過 6000 種基因敲除的突變體菌株，對應基因的ORF由編碼KanMX抗性（G418）的序列替代，覆蓋了酵母基因組的96%，是進行酵母基因組功能分析的有力工具。“分子條形碼” 技術使得可以鑒定任意菌株的表型，從而可以進行單基因或全基因組水平的表型分析。

（2）酵母Tet啟動子誘導基因庫（Yeast Tet-promoters Hughes Collection (yTHC)）

yTHC包括了800種內源啟動子被替換為可誘導啟動子的酵母必需基因，通過在酵母培養(yǎng)基中加入四環(huán)素可以關閉相關基因的表達，從而克服了必需基因表達限制的問題。

（3）酵母親本株（YKO Parental Strains）

親本酵母菌株，用于酵母敲除（YKO）和其他酵母文庫。

 

酵母蛋白相互作用文庫（Protein-Protein Interaction Collections）

（1）酵母蛋白互作組庫（Yeast Protein Interactome Collection）

用于釀酒酵母中進行蛋白質間相互作用 (PPI) 的全基因組體內篩選，可用于檢測任何亞細胞位置蛋白質之間的結構和拓撲關系，高通量分析可篩選數(shù)百萬種相互作用。

（2）酵母交叉和捕獲系統(tǒng)（Yeast Cross and Capture System）

由多倫多大學Stagljar實驗室的研究人員創(chuàng)建的酵母交叉捕獲系統(tǒng),使用6xHis和VSV標記的單倍體酵母菌株, 是一種“誘餌”型MATa菌株分析方法，設計用于檢測蛋白質-蛋白質相互作用。

 

突變菌株和篩選文庫（Mutant Strains and Screening Collections）

（1）酵母插入突變體庫（Yeast Insertional Mutant Collection）

利用轉座子插入突變技術，建立了酵母插入突變株系。酵母插入突變體集包含 3600 多個用于表型分析的基因破壞突變體集合。

（2）酵母合成組蛋白 H3 和 H4 突變體集 （Yeast Synthetic Histone Collection）

由約翰霍普金斯大學的Jef Boeke博士開發(fā), 在釀酒酵母中構成了486個針對組蛋白H3和H4氨基酸替換和缺失的突變文庫，用于研究每個氨基酸對核小體功能的貢獻。

（3）酵母基因組拼接庫（Yeast Genomic Tiling Collection）

酵母基因組拼接庫專為促進過表達表型篩選而設計，其酵母（釀酒酵母）基因組包含在 2 μm 的 LEU2 載體中。質粒插入長度平均約10 kb，包含由內源天然啟動子介導的未標記的表達基因。該克隆集構成了酵母基因組的“最小功能通路”，在物理水平上占酵母基因組長度的97%，在功能水平上占基因組長度的95%。

（4）酵母 DAmP 庫（Yeast DAmP Collection）

酵母DAmP文庫是一個包含了必需基因等位基因受阻的釀酒酵母菌株的集合，表現(xiàn)一定的生長缺陷。使用 mRNA 擾動 (DAmP) 酵母庫降低豐度，使必需酵母基因的 mRNA 水平降低 4-10 倍。用于定量檢測基因相互作用，從而深入揭示通路和復合物的功能。

參考文獻

（1）N. Bharucha et al., Analysis of the Yeast Kinome Reveals a Network of Regulated Protein Localization during Filamentous Growth. Mol. Biol. Cell. 19(7), 2708-2717 (July 2008).

（2）S. Ghaemmaghami et al., Global Analysis of Protein Expression in Yeast. Nature. 425(6959), 737-741 (16 October 2003). [Letters to Nature]

（3）H. Zhu et al., Global analysis of protein activities using proteome chips. Science. 293(5537), 2101–2105 (14 September 2001).

（4）Z. Yan et al., Yeast Barcoders: a chemogenic application of a universal donor-strain collection carrying bar-code identifiers. Nature Methods. 5(8), 719-725 (August 2008).

（5）J. Ma et al., Localization of autophagy-related proteins in yeast using a versatile plasmid-based resource of fluorescent protein fusions. Autophagy. 4(6), 792-800 (August 2008).

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