實驗步驟
1. 所有容器高溫滅菌兩次,DEPC高溫滅菌,所有的試劑用DEPC配制,高溫滅菌。
2. 在一滅菌2mL管中加入:5mol/L異硫氰酸胍0.7mL、苯酚0.4mL、NaAc(pH4.0) 0.1mL。
3. 稱取0.2g小麥黃化苗的葉片,迅速在液氮中研磨成粉末,轉(zhuǎn)入已準(zhǔn)備好的離心管中,劇烈震蕩。
4. 混勻,冰浴30min。
5. 4℃,12000rpm,10min。
6. 上清至另一離心管中加0.4mL氯仿,劇烈震蕩。冰浴放置5min。
7. 4℃,12000rpm,10min。
8. 棄有機相(下層) 加入0.4mL氯仿和0.4mL酚,室溫放置5min。
9. 4℃,12000rpm,10min,棄有機相,加入等體積異丙醇。-20℃放置1h。
10. 4℃,12000rpm,10min,沉淀用70%乙醇洗兩次。
11. 室溫稍干燥。
12. 沉淀加20μLDEPC水溶解(-20℃保存)
13. RNA電泳:1%瓊脂糖膠20mL,8μL樣品,1μL樣品緩沖液,1μLSYBR,100V恒壓電泳,測OD260和OD260/OD280。
注意事項
1. 步驟1目的是去除RNA酶(外源)的影響。高溫滅菌兩次可以破壞RNA酶的復(fù)性過程,雖然RNA酶極易復(fù)性,但兩次連續(xù)的高溫會打亂它的復(fù)性歷程,從而使RNA酶失活。 DEPC是RNA酶的非競爭性抑制劑。DEPC可以與RNA酶的活性中心的組氨酸咪脞環(huán)上的N結(jié)合,從而使RNA酶失活。因為DEPC能與RNA的N結(jié)合,從而修飾RNA,所以必須將DEPC最終除去。在高溫滅菌時,DEPC因高溫分解而揮發(fā)。UV也能修飾RNA,實驗時應(yīng)避免。DEPC滅菌后稱為DEPC水,它是不含DEPC的。實驗過程中要勤換手套,必要時要在超凈工作臺中進行。
2. 必須提前準(zhǔn)備好變性劑。異硫氰酸胍可以變性RNA酶,也可以破細胞。本試驗不可以用酶法破細胞。因為蛋白酶K的適合的條件也可以使RNA酶有活性。 NaAc酸性可以使DNA在有機相(酚相)中,而在堿性條件下,DNA和RNA都在水相中,無法分離。苯酚用于抽提DNA和蛋白質(zhì)。
3. 低溫防止內(nèi)源性RNA酶降解RNA。劇烈震蕩是使所有的細胞散開,浸在變性劑中。低溫的細胞在相對高溫的液體中是會形成一團,這樣就會使內(nèi)部的RNA沒有水解RNA的機會。小麥的黃化苗因為沒有光合作用,所以含糖少,易于抽提。
4. 步驟6目的是去除脂類。
5. 步驟8目的是去除脂類和蛋白質(zhì)。
6. 步驟9目的是去除糖,脫水,因為體系高鹽(2mol/L NaAc),所以可以使RNA沉淀。
7. 步驟10注意因為提出的量很少,可能不可見,所以離心要有方向標(biāo)記。
8. RNA是非常不好溶解的,所以只能稍干燥。若不溶解是因為有太多的糖的殘余。
9. DEPC水中應(yīng)不含RNA酶。