早前的文章我們討論過了生物薄膜（）樣品的基本特性以及影響樣品制備和處理方法的因素。今天我們與你分享提取生物薄膜樣品DNA或RNA的幾個要點。下面列是我們處理了大量各種類型生物薄膜和微生物墊（biomats）總結(jié)出來的，以及與我們聯(lián)合共同開發(fā)的科學(xué)家的經(jīng)驗。

下面的列表會隨著對生物薄膜的繼續(xù)深入研究或遇到新類型有趣的樣品而可能增加。如果你的樣品非常難處理，聯(lián)系我們，或者可以給你好的建議。

1）少加樣。當(dāng)使用2ml Bead Tubes小量提取時，加樣量控制在0.05-0.2g。有些研究者通過自己實驗室長期摸索優(yōu)化，加樣量有達(dá)到0.25-0.3g的。使用超過建議加樣量常常會導(dǎo)致提不到核酸（見第三點）。建議加樣量不是指導(dǎo)范圍而是裂解溶液化學(xué)物的最優(yōu)處理范圍。過量加樣會影響生物薄膜生長基質(zhì)的去除和細(xì)胞裂解。

2）使用試劑盒提供研磨珠套管。 的研磨珠套管是經(jīng)過專門設(shè)計適應(yīng)裂解溶液化學(xué)物工作的。它不是簡單的研磨珠混搭。外容器Tube本身非常堅硬，可適用于普通的渦旋振蕩和強(qiáng)力高速珠磨研磨機(jī)，不會中途破裂。請不要把研磨珠轉(zhuǎn)移到其它Tube管中使用。有些人未曾用過不透明的研磨珠套管，不過把離心后碎片等會沉淀下來，轉(zhuǎn)移上清不會很困難。去嘗試，如果有困難請隨時聯(lián)系我們。

3）不要超時研磨。使用你實驗室常規(guī)研磨均質(zhì)設(shè)備和標(biāo)準(zhǔn)設(shè)置不一定最好，有可能過分研磨。根據(jù)我們的經(jīng)驗，加長樣品研磨時間或更大的研磨強(qiáng)度并不能提高得率。隨著研磨時間的延長和強(qiáng)度的增加，多糖和其它有機(jī)/無機(jī)成分容易形成粘稠的裂解物。絕大多數(shù)這類物質(zhì)不可溶，且會吸附核酸，導(dǎo)致核酸丟失。如果研磨完畢可轉(zhuǎn)移的裂解物少于400μl，那么就是研磨太過了。高速研磨30s比較合適。

4）使用適量洗脫液。這條適用于使用二氧化硅濾膜過濾柱進(jìn)行洗脫。最好的洗脫液體積是100μl。這個量可讓核酸充分洗脫下來。均勻加到濾膜上的話，50μl最小量也還能保證核酸洗脫效率，不過100μl能獲得最充分洗脫。使用小于50μl會嚴(yán)重影響核酸得率。請記住，稀釋的核酸可通過濃縮縮小體積。

5）不要以為所有生物薄膜（biofilm）和生物墊（biomats）都差不多。有些生物薄膜雜質(zhì)很多微生物很少，得率遠(yuǎn)沒有想象中的那么高。若洗脫后分光光度計測不出來DNA或RNA，加樣量沒有超出建議值，也沒有研磨太過，也許只是核酸濃度非常低。你仍然有可能通過PCR檢測得到（見第六點）。若對你的生物薄膜樣品不太了解，與預(yù)期得率差異很大，請聯(lián)系我們，或者可以給出更多優(yōu)化建議。關(guān)于一些生物薄膜和生物墊的常規(guī)得率，點擊這里（）。

6）凝膠電泳和PCR共同評估核酸。使用紫外光檢測得率，許多因素會影響讀數(shù)的準(zhǔn)確性。腐植酸和污染的RNA可明顯推高A260。DNA碎片比完整DNA片段讀數(shù)要高。凝膠電泳可更好檢驗分光光度計的結(jié)果。因為使用了IRT技術(shù)（抑制因子去除技術(shù)），獲得的核酸非常純凈，所以若讀數(shù)較低，也要比未經(jīng)有效純化DNA和RNA得到的結(jié)果更準(zhǔn)確。如果凝膠電泳看不到條帶，嘗試PCR擴(kuò)增。使用了IRT技術(shù)的能保證擴(kuò)增的成功率，這點明顯區(qū)別于其它提取方法。

小結(jié)：

希望上述的幾條建議能幫助正在努力奮斗提取此珍貴樣品生物學(xué)信息的你�；ㄙM(fèi)大量時間和金錢長途跋涉采樣辛苦勞累，我們懂！希望你們試驗?zāi)艹晒�。后面會發(fā)布更多技術(shù)要領(lǐng)。也歡迎你與我們風(fēng)險處理生物薄膜的心得和技巧。