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PCR Array——基因表達(dá)分析疾病和信號通路的利器(一)

瀏覽次數(shù):6461 發(fā)布日期:2014-8-21  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

——讓基因表達(dá)分析實現(xiàn)高通量之原理&性能優(yōu)勢

以前只要提到基因表達(dá)分析,人們就會想到熒光定量PCR;只要提到高通量基因表達(dá)分析,人們會首先想到基因芯片。雖然熒光定量PCR儀幾乎每個實驗室都有,但是做芯片就不一定每個實驗室都具備這個條件了。那么只有一臺熒光定量PCR儀是否也能進(jìn)行高通量的基因表達(dá)譜分析呢?

QIAGEN 推出的RT2 Profiler PCR Array是一種高度可靠且靈敏的基因表達(dá)譜分析技術(shù),它利用實時定量PCR分析信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、生物過程或特異性疾病,來研究通路中聚焦的一組基因。每個PCR Array都包含一條通路聚焦的基因以及5個看家基因。此外,每個陣列還包含一組專利對照,用以監(jiān)控基因組DNA 污染(GDC)、第一鏈合成(RTC)和實時定量PCR效率(PPC)。

RT2 Profiler PCR Array上的基因是經(jīng)過大量相關(guān)文獻(xiàn)閱讀選定,專有的引物設(shè)計符合超過10個熱力學(xué)和序列比對要求。每個RT2 Profiler PCR Array含有89個在實驗平臺驗證過的RT2 qPCR Primer Assays(包括5個看家基因)和一套對照。為實驗研究者節(jié)省了大量預(yù)實驗、引物驗證、文獻(xiàn)選擇基因等繁瑣的過程,可以直接明了的了解不同課題研究中某信號通路或疾病中關(guān)鍵基因的表達(dá)譜。

             RT2 Profiler PCR Array原理

 

RT2 Profiler PCR Arrays是分析一組特定基因表達(dá)的可靠工具,引物經(jīng)過優(yōu)化。每個96孔板、384孔板或100孔盤PCR芯片都包含SYBR® Green優(yōu)化的引物分析,可對相關(guān)的通路或疾病相關(guān)的基因進(jìn)行細(xì)致的研究,并含有相應(yīng)的RNA質(zhì)量控制。RT2 Profiler PCR Arrays也可針對您特定的研究興趣對一些基因作定制化分析。高品質(zhì)引物設(shè)計和RT2 SYBR® Green qPCR Mastermix規(guī)格使PCR芯片可在統(tǒng)一的循環(huán)條件下同時擴(kuò)增96或384個不同的基因特異性產(chǎn)物。
RT2 Profiler PCR Arrays進(jìn)行的基因表達(dá)分析具有real-time PCR的靈敏度和微陣列的多基因檢測能力。這種整合使RT2 Profiler PCR Array具有高特異性和擴(kuò)增效率,可獲得準(zhǔn)確的SYBR® Green real-time PCR結(jié)果。PCR芯片在任何研究實驗室都易于使用。

RT2 Profiler PCR Arrays具有足夠高的敏感度,可使用從常規(guī)樣本(0.1–5 µg RNA)、FFPE樣本和小樣本(1–100 ng RNA)制備的RNA。

            RT2 Profiler PCR Array性能優(yōu)勢

 

靈敏度
RT2 First Strand Kit靈敏度高,每個芯片使用至少1 ng或至多5 µg總RNA可獲得高于80%的陽性信號率(參見)。

可檢測低達(dá)25 ng的RNA:使用Human Inflammatory Cytokines和Receptors RT2Profiler PCR Array來區(qū)分不同量的通用總RNA,然后計算各個量可檢測基因的百分比。即使細(xì)胞因子的表達(dá)水平很低,25 ng總RNA陽性率>80%。

重復(fù)性
可在各種real-time PCR分析儀上使用。整個PCR芯片體系與技術(shù)上的重復(fù)性、批次和儀器有很高的相關(guān)性,平均相關(guān)系數(shù)>0.99,確保對生物樣本間的表達(dá)差異進(jìn)行可靠的檢測(參見)。
http://www.qiagen.com/products/catalog/assay-technologies/real-time-pcr-and-rt-pcr-reagents/~/media/NextQ/Image%20Library/SP/00/04/SP_0004_CustomRT2/1_8.ashx?la=zh-CN 
不同使用者均能獲得可重復(fù)的結(jié)果:對比兩位科學(xué)家(A 和B)在不同的時間使用Human Drug Metabolism RT2 Profiler PCR Arrays重復(fù)進(jìn)行四次實驗,獲得的原始循環(huán)閾限數(shù)據(jù)(1–4)。結(jié)果表明數(shù)據(jù)間相關(guān)性很高(R2 >0.990)。
特異性
PCR芯片體系使用高品質(zhì)RNA,可在預(yù)期位置形成單條帶,無引物二聚體或其他二級產(chǎn)物,由此可獲得高度準(zhǔn)確的real-time PCR結(jié)果(參見)。

 
每次反應(yīng)都能檢測到基因特異性產(chǎn)物:使用TGFβ/BMP Signaling Pathway RT2 Profiler PCR Array區(qū)分通用總RNA,然后進(jìn)行熔解曲線分析。PCR芯片特異性檢測個體基因,無論相同RNA樣本中相關(guān)基因家族成員的表達(dá)狀態(tài)如何。

              統(tǒng)一的PCR擴(kuò)增效率

 

對多種樣本的多個基因進(jìn)行準(zhǔn)確的基因表達(dá)比較,需要PCR芯片技術(shù)具有統(tǒng)一的PCR擴(kuò)增效率。將專有的引物設(shè)計法則與嚴(yán)格的引物分析檢測相結(jié)合,確保PCR芯片的每次引物分析都具有高性能(參見)。
http://www.qiagen.com/products/catalog/assay-technologies/real-time-pcr-and-rt-pcr-reagents/~/media/NextQ/Image%20Library/SP/00/03/SP_0003_PCRArray/1_8.ashx?la=zh-CN
PCR芯片能夠獲得高度準(zhǔn)確的結(jié)果:使用RT2 Profiler PCR Arrays對4000基因進(jìn)行分析,平均擴(kuò)增效率為99%。持續(xù)的高擴(kuò)增效率確保PCR芯片能夠使用ΔΔCT法準(zhǔn)確的同時分析多種基因。
數(shù)據(jù)分析便利——免費的RT2 Profiler PCR Array的線上數(shù)據(jù)分析軟件可分析原始的CT值,可在幾分鐘內(nèi)得到多種形式的結(jié)果(散點圖、火山圖、群集圖)。 

未完待續(xù)。
以上信息來源于。
如果您對以上信息感興趣,歡迎您直接致電QIAGEN 浙江、江蘇省總代理商-聯(lián)科生物400-6721-600
浙江訂購熱線:0571-28828608 江蘇訂購熱線:025-84530667


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