指選用合適的限制性內(nèi)切酶消化基因組DNA,選擇其中的特征性目標(biāo)片段,經(jīng)二代測(cè)序和生物信息學(xué)分析,可不依賴參考基因組,就能獲取基因組目標(biāo)片段序列信息的技術(shù)。
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簡(jiǎn)化基因組(2b-RAD/Super-GBS)
簡(jiǎn)化基因組測(cè)序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)是指選用合適的限制性內(nèi)切酶消化基因組DNA,選擇其中的特征性目標(biāo)片段,經(jīng)二代測(cè)序和生物信息學(xué)分析,可不依賴參考基因組,就能獲取基因組目標(biāo)片段序列信息的技術(shù)。
經(jīng)過(guò)對(duì)一些常見的簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)(如:RAD-seq、GBS等)進(jìn)行綜合對(duì)比,我們推薦2b-RAD和Super-GBS為科研用戶提供服務(wù);谀壳暗捻(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),這兩項(xiàng)技術(shù)已能互補(bǔ)應(yīng)對(duì)大多數(shù)物種。
2b-RAD
2b-RAD技術(shù)使用IIB型限制性核酸內(nèi)切酶(如BsaXI)對(duì)基因組DNA進(jìn)行酶切,切割位點(diǎn)位于識(shí)別位點(diǎn)的左右兩側(cè),酶切后產(chǎn)生等長(zhǎng)的33 bp的標(biāo)簽, 這些標(biāo)簽經(jīng)過(guò)富集后用于高通量測(cè)序, 通過(guò)生物信息學(xué)分析實(shí)現(xiàn)全基因組范圍高通量SNP篩查和分型分析。
Super-GBS(Genotyping-by-Sequencing)
是基于GBS進(jìn)一步發(fā)展出的簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù),其原理是使用限制性核酸內(nèi)切酶將基因組DNA進(jìn)行酶切,然后對(duì)酶切片段進(jìn)行高通量測(cè)序,通過(guò)分析獲得SNP信息并進(jìn)行基因分型,是一種快速、簡(jiǎn)便、低成本的基因分型方法。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
2b-RAD
適用于降解樣品、痕量樣品(ng級(jí)DNA)
技術(shù)重復(fù)性好,標(biāo)簽長(zhǎng)度一致、測(cè)序深度均一,SNP準(zhǔn)確性和利用率高
助力發(fā)高水平文章
提供大片段缺失分析
項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富(項(xiàng)目物種涵蓋動(dòng)物、植物、微生物,共150多種;有參、無(wú)參均可)
Super-GBS
實(shí)驗(yàn)建庫(kù)流程簡(jiǎn)單快捷
無(wú)參物種標(biāo)記產(chǎn)出高
助力多倍體物種的研究
測(cè)序數(shù)據(jù)量不受基因組大小影響
有效避開重復(fù)序列
應(yīng)用方向
高密度遺傳圖譜構(gòu)建與QTL定位
全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)
群體遺傳/群體進(jìn)化/系統(tǒng)發(fā)育
分子育種——分子標(biāo)記輔助育種
分子育種——全基因組選擇育種
種質(zhì)資源鑒定——DNA指紋圖譜
種質(zhì)資源鑒定 — — 分子標(biāo)記開發(fā)