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微生物多樣性測序技術(shù)是將環(huán)境樣本中全部微生物的DNA，進行PCR擴增，混樣建庫，并高通量測序。
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產(chǎn)品簡介
微生物多樣性測序技術(shù)是將環(huán)境樣本中全部微生物的DNA獲取后，根據(jù)自己的需求對細菌、真菌、功能基因等特異性的區(qū)域（16S rDNA/ITS/18S/nifH等）進行PCR擴增，混樣建庫，并基于高通量測序平臺，研究環(huán)境樣本中可分離培養(yǎng)和不可分離培養(yǎng)的微生物的種類和豐度差異�？煞譃榧毦鄻有�、真菌多樣性和功能基因多樣性。在土壤、水體、空氣、污泥、糞便、腸道、工業(yè)發(fā)酵液、生物膜、拭子、口腔、皮膚、昆蟲、動植物內(nèi)生菌等相關(guān)領(lǐng)域被廣泛應(yīng)用。
產(chǎn)品優(yōu)勢
一次性獲得可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)物種多樣性信息
20余種樣本類型提取建庫測序分析項目經(jīng)驗
技術(shù)路線
結(jié)果展示
物種分布柱狀圖
根據(jù)物種注釋結(jié)果，在門（Phylum）、綱（Class）、目（Order）、科（Family）、屬（Genus）不同的分類學(xué)水平上展示不同樣本中的優(yōu)勢菌群及豐度排名前十的物種，可以直觀的反饋出樣本間物種和豐度的差異。
物種聚類熱圖
熱圖聚類結(jié)果中，顏色代表物種豐度�？v向聚類表示不同物種在各樣品間豐度的相似情況，橫向聚類表示不同樣品的各物種豐度的相似情況，直觀反饋同一物種在不同樣本中的豐度差異。
Alpha 多樣性指數(shù)
Alpha多樣性（Alpha diversity）反映的是單個樣品物種豐度及物種多樣性，有多種衡量指標(biāo)：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、PD等。Chao1和Ace指數(shù)衡量物種豐度即物種數(shù)量的多少。Shannon和Simpson指數(shù)用于衡量物種多樣性，受樣品群落中物種豐度和物種均勻度的影響。
β 多樣性分析
使用QIIME軟件進行 Beta 多樣性(Beta diversity)分析，比較不同樣品在物種多樣性方面存在的相似程度。Beta多樣性分析主要采用 binary jaccard、 bray curtis、 weighted unifrac(限細菌)、 unweighted unifrac (限細菌)等4種算法計算樣品間的距離從而獲得樣本間的β值。
組間顯著性差異分析
LEfSe(Line Discriminant Analysis (LDA) Effect Size) 分析：尋找不同組中，每組中顯著性差別與其他組的物種，可視為該組樣品中的biomarker物種。下圖為LDA值分布柱狀圖和LEfSe分析進化分枝圖。
RDA/CCA分析
檢測環(huán)境因子、樣品、菌群三者之間的關(guān)系或者兩兩之間的關(guān)系，常用的分析方法有CCA和RDA兩種。RDA是基于線性模型，CCA是基于單峰模型。右圖是RDA分析，箭頭代表不同的環(huán)境因子，箭頭連線之間的夾角的代表其相關(guān)性。
常見問題
Q1、微生物多樣性的研究目的
A：主要關(guān)注環(huán)境樣本中物種的組成和豐度，不同樣本中物種種類差異和物種豐度差異。
Q2、什么是16S rDNA？
A：16S rDNA編碼原核核糖體小亞基 rRNA的DNA序列。在結(jié)構(gòu)上分為10個保守區(qū)和9個可變區(qū)。保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系，可變區(qū)反映物種間的差異。
Q3、什么是ITS？
A：ITS是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)序列。由于ITS區(qū)在核糖體RNA加工過程中被剪切掉，不發(fā)揮功能作用，在進化過程中選擇壓力較小，進化速率約為18S rDNA的10倍，屬于中度保守的區(qū)域，利用它可研究種及種以下的分類階元。
微生物多樣性測序技術(shù)是將環(huán)境樣本中全部微生物的DNA獲取后，根據(jù)自己的需求對細菌、真菌、功能基因等特異性的區(qū)域（16S rDNA/ITS/18S/nifH等）進行PCR擴增，混樣建庫，并基于高通量測序平臺，研究環(huán)境樣本中可分離培養(yǎng)和不可分離培養(yǎng)的微生物的種類和豐度差異�？煞譃榧毦鄻有�、真菌多樣性和功能基因多樣性。在土壤、水體、空氣、污泥、糞便、腸道、工業(yè)發(fā)酵液、生物膜、拭子、口腔、皮膚、昆蟲、動植物內(nèi)生菌等相關(guān)領(lǐng)域被廣泛應(yīng)用。
產(chǎn)品優(yōu)勢
一次性獲得可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)物種多樣性信息
20余種樣本類型提取建庫測序分析項目經(jīng)驗
技術(shù)路線
結(jié)果展示
物種分布柱狀圖
根據(jù)物種注釋結(jié)果，在門（Phylum）、綱（Class）、目（Order）、科（Family）、屬（Genus）不同的分類學(xué)水平上展示不同樣本中的優(yōu)勢菌群及豐度排名前十的物種，可以直觀的反饋出樣本間物種和豐度的差異。
物種聚類熱圖
熱圖聚類結(jié)果中，顏色代表物種豐度�？v向聚類表示不同物種在各樣品間豐度的相似情況，橫向聚類表示不同樣品的各物種豐度的相似情況，直觀反饋同一物種在不同樣本中的豐度差異。
Alpha 多樣性指數(shù)
Alpha多樣性（Alpha diversity）反映的是單個樣品物種豐度及物種多樣性，有多種衡量指標(biāo)：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、PD等。Chao1和Ace指數(shù)衡量物種豐度即物種數(shù)量的多少。Shannon和Simpson指數(shù)用于衡量物種多樣性，受樣品群落中物種豐度和物種均勻度的影響。
β 多樣性分析
使用QIIME軟件進行 Beta 多樣性(Beta diversity)分析，比較不同樣品在物種多樣性方面存在的相似程度。Beta多樣性分析主要采用 binary jaccard、 bray curtis、 weighted unifrac(限細菌)、 unweighted unifrac (限細菌)等4種算法計算樣品間的距離從而獲得樣本間的β值。
組間顯著性差異分析
LEfSe(Line Discriminant Analysis (LDA) Effect Size) 分析：尋找不同組中，每組中顯著性差別與其他組的物種，可視為該組樣品中的biomarker物種。下圖為LDA值分布柱狀圖和LEfSe分析進化分枝圖。
RDA/CCA分析
檢測環(huán)境因子、樣品、菌群三者之間的關(guān)系或者兩兩之間的關(guān)系，常用的分析方法有CCA和RDA兩種。RDA是基于線性模型，CCA是基于單峰模型。右圖是RDA分析，箭頭代表不同的環(huán)境因子，箭頭連線之間的夾角的代表其相關(guān)性。
常見問題
Q1、微生物多樣性的研究目的
A：主要關(guān)注環(huán)境樣本中物種的組成和豐度，不同樣本中物種種類差異和物種豐度差異。
Q2、什么是16S rDNA？
A：16S rDNA編碼原核核糖體小亞基 rRNA的DNA序列。在結(jié)構(gòu)上分為10個保守區(qū)和9個可變區(qū)。保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系，可變區(qū)反映物種間的差異。
Q3、什么是ITS？
A：ITS是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)序列。由于ITS區(qū)在核糖體RNA加工過程中被剪切掉，不發(fā)揮功能作用，在進化過程中選擇壓力較小，進化速率約為18S rDNA的10倍，屬于中度保守的區(qū)域，利用它可研究種及種以下的分類階元。
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