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高通量測序-轉(zhuǎn)錄組測序及分析，數(shù)據(jù)深入挖掘
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轉(zhuǎn)錄組測序及分析，數(shù)據(jù)深入挖掘
Illumina 2500 高通量測序平臺，通過信息分析，可獲得基因表達(dá)差異信息、SNP分析、預(yù)測新轉(zhuǎn)錄本等信息，為研究基因的結(jié)構(gòu)和基因的表達(dá)調(diào)控提供了重要的手段。
樣品要求
樣品需求量（單次）：≥5μg;
樣品濃度：≥80 ng/μL;
樣品純度：OD260/280≥1.8；OD260/230 ≥1.8；RIN ≥6.0，23S:16S≥1.0
實驗流程
提取樣品總RNA后，用帶有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若為原核生物，則用試劑盒去除rRNA后進(jìn)入下一步）。加入fragmentationbuffer將mRNA打斷成短片段，以mRNA為模板，用六堿基隨機(jī)引物（randomhexamers）合成第一條cDNA鏈，然后加入緩沖液、dNTPs、RNase H和DNA polymeraseI合成第二條cDNA鏈，在經(jīng)過QiaQuickPCR試劑盒純化并加EB緩沖液洗脫之后做末端修復(fù)、加poly（A）并連接測序接頭，然后用瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行片段大小選擇，最后進(jìn)行PCR擴(kuò)增，建好的測序文庫用IlluminaHiSeq™ 2500進(jìn)行測序。
分析流程及內(nèi)容：
標(biāo)準(zhǔn)信息分析
l 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭和低質(zhì)量reads的處理
l 測序評估
l 基因表達(dá)注釋
l 基因差異表達(dá)分析
l 預(yù)測新轉(zhuǎn)錄本
l 等位基因差異表達(dá)分析（需正反交實驗設(shè)計）
無參考序列信息分析
l 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭序列及低質(zhì)量reads的處理；
l 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及測序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評估；
l 組裝結(jié)果分析（Contig長度分布、Unigene*長度分布）；
l Unigene 功能注釋及COG分類；
l Unigene 的GO分類；
l Unigene 代謝通路分析；
l 預(yù)測編碼蛋白框（CDS）；
l Unigene 表達(dá)差異分析；
l Unigene 在樣品間的差異GO分類和Pathway 富集性分析；
l SNP 分析；
l SSR 開發(fā)及引物設(shè)計；
l 主成分分析（五個或五個以上樣品）；
l 條件特異表達(dá)分析（五個或五個以上樣品）
數(shù)字基因表達(dá)（DGE）
- 基因表達(dá)水平分析
- 差異表達(dá)基因分析
- GO/KEGG
- 蛋白相互作用
- 基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
可根據(jù)需求進(jìn)行個性化分析，提供分析代碼，客戶可重現(xiàn)分析。
另：提供單細(xì)胞測序、LncRNA測序等。
- 空間和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)綜合分析揭示與不良預(yù)后相關(guān)的中間癌細(xì)胞群
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