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高通量測序--鏈特異性轉錄組測序
相對于傳統(tǒng)轉錄組測序而言,鏈特異性轉錄組測序可以確定兩條鏈的轉錄方向性,為基因的進一步注釋和功能分析提供更準確的信息,同時還可以挖掘轉錄組中的non-coding RNA信息。
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最后更新:2015-7-14半年訪問:26
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     鏈特異性轉錄組是研究有參考基因組物種轉錄組的一種有效手段。相對于傳統(tǒng)轉錄組測序而言,鏈特異性轉錄組測序可以確定兩條鏈的轉錄方向性,為基因的進一步注釋和功能分析提供更準確的信息,同時還可以挖掘轉錄組中的non-coding RNA信息。原核生物鏈特異性轉錄組項目中,可以挖掘新的ncRNA與反義(antisense)轉錄本;還可以進行基因結構的研究,例如操縱子鑒定,為基因網(wǎng)絡調(diào)控的研究提供有力支持。本產(chǎn)品推薦選用Illumina測序平臺。

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研究內(nèi)容
1)鏈特異性表達豐度分析
使用鏈特異性建庫測序方法,可以將比對到參考基因組上的reads按照正反義鏈進行區(qū)分,計算正反義鏈上的reads豐度,從而獲得更加準確的基因豐度信息。
 
2)non-coding RNA分析
non-coding RNA是指不編碼蛋白質的RNA,除了我們熟知的rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA等多種已知功能的RNA外,還廣泛存在許多起調(diào)控作用的ncRNA。這些調(diào)控RNA主要分為3大類:5‘UTR、trans-encoded small RNAs(sRNA)以及cis-encoded antisense RNAs (asRNAs)(示意圖如下)。 這些ncRNA通過多種途徑,包括mRNA降解、翻譯抑制、轉錄抑制及轉錄穩(wěn)定等來調(diào)控基因的表達,在生物適應不同的自然環(huán)境中發(fā)揮重要的調(diào)控作用。
 
3)操縱子分析(僅限原核生物鏈特異性轉錄組分析)
在原核生物的基因組中很多功能相關的基因前后相連成串,由一個共同的控制區(qū)進行轉錄調(diào)控,這樣的基因結構稱為操縱子(operon)。操縱子一般由啟動基因、操縱基因和一系列緊密連鎖的功能基因組成。
4)基因結構分析(僅限模式生物鏈特異性轉錄組分析)
模式生物已經(jīng)有完整的基因注釋信息,但是實際科學研究中個體存在差異。利用鏈特異性轉錄組測序可以對個體表達基因的結構進行深度研究。
5)GO、KEGG和COG注釋
6)差異表達分析包括GO和Pathway富集分析
 
技術指標
組織樣品
動物組織:> 2g;
植物組織:> 4g;
培養(yǎng)細胞:> 1×107 個;
血液樣品:≥ 2ml。
 
原核生物RNA
請?zhí)峁舛?ge;200ng/μL,總量≥10μg的RNA(單次建庫用量為5μg);
OD 260/280介于1.8 ~2.2之間,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,23S:16S ≥1.0,確保RNA無降解;
送樣時請標記清楚樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;
樣品保存期間切忌反復凍融;
送樣時請使用干冰運輸。
 
真核生物RNA
請?zhí)峁舛?ge;200ng/μL,總量≥10μg的RNA(單次建庫用量為5μg);
OD260/280介于1.8~2.2之間,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,28S:18S ≥1.0,確保RNA無降解;
送樣時請標記清楚樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;
樣品保存期間切忌反復凍融;
送樣時請使用干冰運輸。

 

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