康成生物提供基于Illumina Genome Analyzer IIx測序系統(tǒng)的高通量測序服務(wù)項目,為基因組,轉(zhuǎn)錄組以及表觀遺傳組等研究領(lǐng)域的廣大研究人員提供更深入,更全面的技術(shù)服務(wù)。
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DNA甲基化測序服務(wù)
DNA甲基化是表觀遺傳(Epigenetics)調(diào)控的重要組成部分,在維持正常細胞功能、遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類腫瘤發(fā)生中起著重要的作用,是目前新的研究熱點之一。在哺乳動物中,甲基化一般發(fā)生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上,通過使用5’-甲基胞嘧啶抗體富集高甲基化的DNA片段,并結(jié)合Illumina高通量測序平臺,對所有富集的DNA片段進行高通量測序,研究人員能夠獲得全基因組范圍內(nèi)高精度的甲基化狀態(tài),為深入的表觀遺傳調(diào)控分析提供了更有利的切入點。
康成生物為您提供甲基化測序技術(shù)服務(wù),您只需要提供保存完好的組織或細胞標(biāo)本,康成的技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實驗操作,包括超聲打斷基因組、甲基化DNA免疫共沉淀、MeDIP與 Input DNA文庫構(gòu)建、高通量測序和數(shù)據(jù)分析、并提供完整的實驗報告。 |
DNA甲基化測序技術(shù)優(yōu)勢
* 靈活度高:能夠直接對任意物種的高甲基化片段進行測序,無需已知的基因組序列信息。
* 檢測范圍廣:覆蓋整個基因組范圍的甲基化區(qū)域。
* 精確度高:能夠在實際結(jié)合位點50個堿基范圍內(nèi)精確定位。
* 數(shù)字化信號:直接對甲基化片段進行測序和定量,不存在傳統(tǒng)芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題。
康成MeDIP-seq技術(shù)服務(wù)優(yōu)勢
*MeDIP富集效果特異性佳:MeDIP是獲得準(zhǔn)確測序數(shù)據(jù)的關(guān)鍵?党蒑eDIP平臺經(jīng)過不斷地優(yōu)化,抗體富集效率高和特異性好。
*圖釋:康成優(yōu)化后的MeDIP平臺效果。橫坐標(biāo)為MeDIP-score其數(shù)值大小代表基因啟動子甲基化水平,縱坐標(biāo)為基因的數(shù)目。左圖為用經(jīng)典MeDIP方法構(gòu)建測序文庫的效果,陽性基因H19和Xist的信號無法和陰性基因GAPDH進行區(qū)分。右圖為優(yōu)化后的結(jié)果展示,陽性基因的MeDIP-score值遠高于陰性基因,證明抗體富集的特異性。 |
*嚴(yán)格的質(zhì)控體系:康成生物在MeDIP-seq每個關(guān)鍵步驟都加入了質(zhì)控實驗。這些QC數(shù)據(jù)能夠評估每個步驟的質(zhì)量。如果達不到標(biāo)準(zhǔn),我們會重復(fù)實驗步驟或者優(yōu)化實驗體系,使得每個樣品都能夠順利進入下個實驗環(huán)節(jié)。
*圖釋: MeDIP-qPCR 質(zhì)控。測序?qū)嶒炛跋葘eDIP實驗效果進行評估,確定抗體富集的特異性。圖中H19的啟動子區(qū)域為陽性對照,管家基因GAPDH啟動子區(qū)域為陰性對照,檢測結(jié)果以MeDIP樣品和Input樣品的qPCR數(shù)據(jù)的比值表示。可以看出:MeDIP特異地富集甲基化的DNA區(qū)域,且陽性信號遠高于背景噪音。 |
*圖釋: MeDIP-seq技術(shù)服務(wù)流程和關(guān)鍵步驟的質(zhì)量控制
*優(yōu)化的文庫制備流程: 起始量少至1μg乃至更少量的起始DNA樣品即可進行甲基化測序?qū)嶒灒煌瑫r,對MeDIP富集過程及測序文庫嚴(yán)格的質(zhì)量監(jiān)控保證了高品質(zhì)的測序結(jié)果。
*對DNA甲基化水平進行數(shù)字化定量分析:通過對測序得到的大量序列進行深入分析,MeDIP-seq得到的序列信息能夠轉(zhuǎn)換為可定量的甲基化水平信息。對基因組任意區(qū)域的甲基化水平給出定量的結(jié)果,并分析差異甲基化的區(qū)域。
*可視化分析: 提供50bp精度的全基因組DNA甲基化信號可視化數(shù)據(jù)。通過UCSC基因組瀏覽器(UCSC genome browser),任意區(qū)域的甲基化水平能夠直觀的進行展示和比較。
康成生物提供的DNA甲基化測序服務(wù)流程
1. 甲基化DNA免疫共沉淀(MeDIP)
2. 測序文庫構(gòu)建
3. DNA成簇(Cluster)擴增
4. 高通量測序
5. 數(shù)據(jù)分析
6. 提供實驗報告
上?党缮锕こ逃邢薰
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