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                                高通量測序服務(wù)——真菌基因組測序
                                真菌屬于較低等的真核生物,種類繁多,在自然界中分布廣泛。合理利用有益真菌,控制和預(yù)防有害真菌對人類的生產(chǎn)和生活具有重要的意義。
                                服務(wù)類別:測序/合成總訪問:2263
                                最后更新:2015-7-14半年訪問:37
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                                高通量測序服務(wù)——真菌基因組測序

                                詳細描述:
                                真菌屬于較低等的真核生物,種類繁多,在自然界中分布廣泛。據(jù)估計,全世界約有150萬種真菌,其中包含許多具有重要的藥用價值和食用價值的有益真菌,同時也存在著大量能引發(fā)動植物病害的致病菌。因此,合理利用有益真菌,控制和預(yù)防有害真菌對人類的生產(chǎn)和生活具有重要的意義。而真菌基因組的闡明,將為真菌特性的分析提供有用的依據(jù)。隨著第二代高通量測序技術(shù)的成熟,基因組測序成本已大大降低,使得快速而經(jīng)濟的進行真菌基因組測序成為可能,目前真菌基因組學(xué)研究已經(jīng)進入了一個快速增長時期。
                                 
                                美吉優(yōu)勢
                                1.      擁有標(biāo)準化操作實驗室和高通量測序技術(shù)平臺,可以根據(jù)合作伙伴要求靈活安排實驗,實驗周期短,質(zhì)量可靠。
                                2.      擁有Roche 454和Illumina Solexa兩種高通量測序平臺,合作伙伴可根據(jù)具體需求進行選擇,以獲取最佳的實驗結(jié)果。
                                3.      技術(shù)人員經(jīng)驗豐富,可以根據(jù)合作伙伴要求在第一時間提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結(jié)果。
                                4.      擁有專業(yè)的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務(wù)。
                                 
                                生物信息分析
                                1.      De novo真菌基因組測序
                                1)基因組序列拼接
                                原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計、基因組覆蓋度計算、組裝結(jié)果統(tǒng)計等。
                                2)基因注釋
                                編碼基因預(yù)測,基因功能注釋(NR、Swiss-prot、Interpro等)、Non-coding RNA注釋、重復(fù)序列注釋等。
                                3)基因功能分類
                                GO分類、KEGG通路分析等。
                                4)比較基因組及進化分析
                                與近源物種的基因組序列對比,進行SNP、SV等變異結(jié)構(gòu)檢測、pan-genome和core-genome組成分析、同源基因分析、進化分析等。
                                2.      真菌基因組重測序
                                1)原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計
                                2)短序列mapping至參考基因組
                                3)分析mapping區(qū)域reads的覆蓋度、重復(fù)性、覆蓋堿基的質(zhì)量及reads方向
                                4)SNPs、InDel、CNVs檢測
                                5)結(jié)構(gòu)變異(SVs)和基因組重排事件分析
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