RNA免疫共沉淀測序 (RIP-seq) 技術(shù)介紹及案例分析
RIP-seq是將RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）與二代測序技術(shù)（NGS）相結(jié)合以研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白互作的技術(shù)，RIP利用目標(biāo)蛋白抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物（RNA Binding Protein，RBP）沉淀下來，然后經(jīng)過富集和純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行測序分析。
RIP-seq對富集得到的RNA片段通過高通量測序，在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)對細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況進(jìn)行分析，揭示RNA分子與RBP互作（包括非編碼RNA與蛋白互作）。RIP-seq是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)控靶點。
應(yīng)用領(lǐng)域：
技術(shù)路線：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
案例解析
SRSF6調(diào)控可變剪接促進(jìn)腫瘤進(jìn)展，為結(jié)直腸癌（CRC）提供治療靶點
SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer
設(shè)計：對311個CRC樣本、癌癥基因組圖譜和基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）數(shù)據(jù)庫中SRSF6的表達(dá)進(jìn)行全面分析。通過RIP-seq鑒定SRSF6調(diào)控的可變剪接（AS）及其結(jié)合位點，并通過凝膠遷移和微基因報告實驗進(jìn)行驗證。
結(jié)果：SRSF6在CRC樣本中上調(diào)，并與不良預(yù)后相關(guān)，在體外和體內(nèi)促進(jìn)增殖和轉(zhuǎn)移。鑒定出SRSF6調(diào)控的AS靶標(biāo)，并揭示SRSF6結(jié)合位點。SRSF6通過直接結(jié)合到其23號外顯子位點來調(diào)控ZO-1異常剪接，從而作為癌基因發(fā)揮作用。Indacaterol被鑒定為SRSF6抑制劑，以抑制CRC腫瘤發(fā)生。
結(jié)論：SRSF6通過調(diào)控AS介導(dǎo)促進(jìn)CRC進(jìn)展，Indacaterol通過靶向SRSF6被定位為抗腫瘤藥物。
RIP-seq鑒定SRSF6調(diào)控的AS事件和RNA結(jié)合motif
參考文獻(xiàn)：
Wan L, Yu W, Shen E, et alSRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer.Gut 2019;68:118-129.
RIP-seq對富集得到的RNA片段通過高通量測序，在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)對細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況進(jìn)行分析，揭示RNA分子與RBP互作（包括非編碼RNA與蛋白互作）。RIP-seq是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)控靶點。
應(yīng)用領(lǐng)域：
- 全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)揭示RNA分子與RBP互作
- RNA與靶蛋白相互作用的驗證
- RBP與mRNA的互作分析
- 全轉(zhuǎn)錄組覆蓋：可在全轉(zhuǎn)錄組范圍對蛋白結(jié)合位點進(jìn)行篩選與鑒定
- 高靈敏度：每個樣本可獲得數(shù)百萬條的序列標(biāo)簽，檢測轉(zhuǎn)錄本上更多的蛋白結(jié)合位點
- 高精確率：可獲得高水平的信噪比數(shù)據(jù)，準(zhǔn)確區(qū)分真實事件與噪音
- 多種商品化抗體，高效支持實驗開展
技術(shù)路線：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
案例解析
SRSF6調(diào)控可變剪接促進(jìn)腫瘤進(jìn)展，為結(jié)直腸癌（CRC）提供治療靶點
SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer
設(shè)計：對311個CRC樣本、癌癥基因組圖譜和基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）數(shù)據(jù)庫中SRSF6的表達(dá)進(jìn)行全面分析。通過RIP-seq鑒定SRSF6調(diào)控的可變剪接（AS）及其結(jié)合位點，并通過凝膠遷移和微基因報告實驗進(jìn)行驗證。
結(jié)果：SRSF6在CRC樣本中上調(diào)，并與不良預(yù)后相關(guān)，在體外和體內(nèi)促進(jìn)增殖和轉(zhuǎn)移。鑒定出SRSF6調(diào)控的AS靶標(biāo)，并揭示SRSF6結(jié)合位點。SRSF6通過直接結(jié)合到其23號外顯子位點來調(diào)控ZO-1異常剪接，從而作為癌基因發(fā)揮作用。Indacaterol被鑒定為SRSF6抑制劑，以抑制CRC腫瘤發(fā)生。
結(jié)論：SRSF6通過調(diào)控AS介導(dǎo)促進(jìn)CRC進(jìn)展，Indacaterol通過靶向SRSF6被定位為抗腫瘤藥物。
RIP-seq鑒定SRSF6調(diào)控的AS事件和RNA結(jié)合motif
參考文獻(xiàn)：
Wan L, Yu W, Shen E, et alSRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer.Gut 2019;68:118-129.
標(biāo)簽：
DNA甲基化
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