DNA甲基化測(cè)序后的后期驗(yàn)證方法介紹
做完測(cè)序后，如果需要對(duì)分析結(jié)果中感興趣的內(nèi)容進(jìn)行后期驗(yàn)證，則需要進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。DNA甲基化研究的后期驗(yàn)證包括簡(jiǎn)單驗(yàn)證、全基因組甲基化干擾實(shí)驗(yàn)（非靶向）、靶向目標(biāo)基因的甲基化/去甲基化實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證等。
一、簡(jiǎn)單驗(yàn)證
二、全基因組甲基化干擾實(shí)驗(yàn)（非靶向）
ü DNA甲基化抑制劑
阿扎胞苷（5-Aza）能夠通過(guò)與DNA甲基化酶DNMT蛋白家族形成共價(jià)鍵抑制其酶活性，使細(xì)胞的DNA甲基化水平降低。
ü DNA斑點(diǎn)雜交（定性）
ü 比色法（定量）
ü 質(zhì)譜法（定量）
三、靶向目標(biāo)基因的甲基化/去甲基化實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證
ü CRISPR-Cas9靶向編輯DNA甲基化實(shí)驗(yàn)：在細(xì)胞中人為表達(dá)目的基因，或通過(guò)CRISPR-Cas9系統(tǒng)靶向編輯DNA甲基化在目的基因上加上/擦除甲基化修飾。
ü 功能標(biāo)志物測(cè)定
ü ... ...
CRISPR-Cas9靶向編輯DNA甲基化技術(shù)
目標(biāo)區(qū)域DNA甲基化的驗(yàn)證手段——Target-BS（靶基因重亞硫酸鹽測(cè)序）
典型案例：
Target-BS用于甲基化多位點(diǎn)甲狀腺結(jié)節(jié)診斷
Target-BS發(fā)現(xiàn)食管鱗癌甲基化 biomarker
參考文獻(xiàn)：
① Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)，DOI 10.1186/s13148-017-0430-7
② Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics，DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-18-0841
③ Investigation of measurable residual disease in acute myeloid leukemia by DNA methylation patterns，doi.org/10.1038/s41375-021-01316-z
一、簡(jiǎn)單驗(yàn)證
- 目標(biāo)基因DNA甲基化的驗(yàn)證：Target-BS
- 檢測(cè)目標(biāo)基因的mRNA表達(dá)水平：RT-qPCR
- 檢測(cè)目標(biāo)基因蛋白質(zhì)表達(dá)水平：Western blot
二、全基因組甲基化干擾實(shí)驗(yàn)（非靶向）
- DNA甲基化干擾：
ü DNA甲基化抑制劑
阿扎胞苷（5-Aza）能夠通過(guò)與DNA甲基化酶DNMT蛋白家族形成共價(jià)鍵抑制其酶活性，使細(xì)胞的DNA甲基化水平降低。
- 檢測(cè)整體DNA甲基化變化：
ü DNA斑點(diǎn)雜交（定性）
ü 比色法（定量）
ü 質(zhì)譜法（定量）
- 檢測(cè)目標(biāo)基因的DNA甲基化變化：Target-BS
- 檢測(cè)目標(biāo)基因的mRNA表達(dá)水平：RT-qPCR
- 檢測(cè)目標(biāo)基因蛋白質(zhì)表達(dá)水平：Western blot
三、靶向目標(biāo)基因的甲基化/去甲基化實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證
- 目的基因DNA甲基化的干擾：
ü CRISPR-Cas9靶向編輯DNA甲基化實(shí)驗(yàn)：在細(xì)胞中人為表達(dá)目的基因，或通過(guò)CRISPR-Cas9系統(tǒng)靶向編輯DNA甲基化在目的基因上加上/擦除甲基化修飾。
- 檢測(cè)目標(biāo)基因的DNA甲基化變化：Target-BS
- 檢測(cè)目標(biāo)基因的mRNA表達(dá)水平：RT-qPCR
- 檢測(cè)目標(biāo)基因蛋白質(zhì)表達(dá)水平：Western blot
- 檢測(cè)細(xì)胞功能受到的影響:
ü 功能標(biāo)志物測(cè)定
ü ... ...
CRISPR-Cas9靶向編輯DNA甲基化技術(shù)
目標(biāo)區(qū)域DNA甲基化的驗(yàn)證手段——Target-BS（靶基因重亞硫酸鹽測(cè)序）
- 靶向特定區(qū)域進(jìn)行超高深度甲基化測(cè)序。
- 超高深度：可達(dá)幾百到幾千乘。
- 單個(gè)區(qū)域長(zhǎng)度<300bp
- 需要設(shè)計(jì)BS引物，進(jìn)行預(yù)擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)。
- WGBS vs. TBS相當(dāng)于RNA-seq vs. RT-qPCR
典型案例：
Target-BS用于甲基化多位點(diǎn)甲狀腺結(jié)節(jié)診斷
Target-BS發(fā)現(xiàn)食管鱗癌甲基化 biomarker
參考文獻(xiàn)：
① Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)，DOI 10.1186/s13148-017-0430-7
② Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics，DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-18-0841
③ Investigation of measurable residual disease in acute myeloid leukemia by DNA methylation patterns，doi.org/10.1038/s41375-021-01316-z
標(biāo)簽：
DNA甲基化
- 空間和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)綜合分析揭示與不良預(yù)后相關(guān)的中間癌細(xì)胞群
- 單細(xì)胞測(cè)序助力揭示右心室容量超荷會(huì)通過(guò)免疫反應(yīng)重啟心肌細(xì)胞的增殖
- BS+ChIP-seq在揭示DNA甲基化調(diào)控非編碼RNA抑制腫瘤侵襲性中的應(yīng)用
- 靶基因甲基化測(cè)序(Target-BS)等在揭示特應(yīng)性皮炎新發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用
- ChIP等揭示糖皮質(zhì)激素和TET2共調(diào)控促進(jìn)癌癥轉(zhuǎn)移的表觀遺傳機(jī)制
- 游離細(xì)胞DNA（cfDNA）檢測(cè)整體研究方案及其應(yīng)用案例
- DNA甲基化修飾整體研究方案技術(shù)介紹及經(jīng)典案例分析
- DNA甲基化詳解
- 伯豪董事長(zhǎng)出席專(zhuān)精特新中小企業(yè)發(fā)展壯大論壇并發(fā)言
- 伯豪生物雙11狂歡特惠活動(dòng)來(lái)襲，限時(shí)限量搶
- 怡美通德推出成本價(jià)體驗(yàn)單細(xì)胞測(cè)序（FFPE或全血）
- 伯豪生物2024系列培訓(xùn)班（陜西站）報(bào)名開(kāi)啟
- 伯豪單細(xì)胞Flex年中巨惠，1.1W/樣本活動(dòng)價(jià)即將截止
- 藍(lán)景科信DAP-seq技術(shù)相關(guān)文章6連發(fā)，總IF 95.2
- 伯豪生物2024單細(xì)胞空轉(zhuǎn)生信培訓(xùn)8月直播課開(kāi)啟報(bào)名
- 中生柏奧成為德國(guó)LenioBio中國(guó)區(qū)合作伙伴
Copyright(C) 1998-2024 生物器材網(wǎng) 電話：021-64166852;13621656896 E-mail：info@bio-equip.com