期刊：EMBO Molecular Medicine（IF： 11.1）
發(fā)表年份：2023
物種：人乳腺癌患者血漿樣本中ctDNA（ctDNA in plasma samples from breast cancer patients）
文庫(kù)類型：185 - 280 bp ctDNA（ctDNA）
ctDNA文庫(kù)富集和精準(zhǔn)回收：Sage Science公司Pippin HT系列全自動(dòng) DNA片段回收儀
ctDNA測(cè)序：Illumina NovaSeq 6000二代測(cè)序儀

通過分析循環(huán)腫瘤DNA (ctDNA)來(lái)監(jiān)測(cè)癌癥動(dòng)態(tài)和檢測(cè)微小殘留疾病，已成為腫瘤研究及篩查的主要技術(shù)手段之一。而關(guān)于ctDNA多種分析方法間的比較卻較少談及。本文中，作者使用乳腺癌患者血漿樣本，應(yīng)用腫瘤知情和腫瘤不知情分析法，比較了多重PCR、雜交捕獲和不同深度的全基因組測(cè)序方法對(duì)ctDNA檢測(cè)的差異，如分析樣本結(jié)構(gòu)變異（SVs）、單核苷酸變異（SNV）和/或體細(xì)胞拷貝數(shù)畸變（SCNAs）的差異。

結(jié)果表明，當(dāng)使用不同的檢測(cè)方法分析相同的患者樣本時(shí)，動(dòng)態(tài)ctDNA和等位基因分?jǐn)?shù) （AF） 高度一致。其中腫瘤知情分析在低濃度下檢測(cè)ctDNA的靈敏度最高；靶向 1,347 至 7,491 個(gè)腫瘤鑒定突變的深度混合捕獲測(cè)序是最靈敏的檢測(cè)方法，可檢測(cè)低至 0.00024%（百萬(wàn)分之 2.4，ppm）的 AF 的 ctDNA。靶向每位患者 21-47 個(gè)腫瘤鑒定的 SV 的多重 PCR 可檢測(cè)到低至 0.00047% AF （4.7 ppm） 的 ctDNA，具有作為臨床檢測(cè)的潛力。

 

在ctDNA測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建步驟中，使用PippinHT系列全自動(dòng)DNA片段回收儀回收185 – 280bp的DNA片段，最大程度上保留來(lái)自腫瘤源的ctDNA，靈活、高效去除接頭二聚體，從而獲得高質(zhì)量的ctDNA測(cè)序數(shù)據(jù)。

原文

Santonja, Angela, et al. "Comparison of tumor‐informed and tumor‐naïve sequencing assays for ctDNA detection in breast cancer." EMBO molecular medicine (2023): e16505.

Sage Science是全球領(lǐng)先的研發(fā)制造Pippin系列全自動(dòng)核酸電泳片段回收儀的生產(chǎn)廠家，擁有美國(guó)技術(shù)專利，各個(gè)型號(hào)產(chǎn)品可以高效完成不同長(zhǎng)度范圍的DNA片段的精準(zhǔn)回收，廣泛用于二代測(cè)序、三代測(cè)序以及多種分子生物學(xué)相關(guān)領(lǐng)域。

 

2023年Sage Science全新推出最新Pippin24全自動(dòng)核酸電泳回收分析系統(tǒng)，該系列在保留PippinHT高速高通量的特點(diǎn)之上，配置選擇上更加靈活，既可以為短片段回收的用戶提供更具性價(jià)比的產(chǎn)品，也可以通過模塊配置升級(jí)實(shí)現(xiàn)片段篩選回收、電泳圖譜分析、核酸濃度測(cè)定等更多更全面的功能。

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