小趣在前面的推文中給大家介紹過VIP scores圖通過Metaboanalyst(MA)網(wǎng)站來實現(xiàn)的方法,那MA網(wǎng)站是一個什么樣的網(wǎng)站呢?今天小趣就來為您介紹~
Metaboanalyst是一個基于網(wǎng)絡(luò)、功能全面的工具,用于處理、分析和解釋代謝組學(xué)數(shù)據(jù)。它不僅可以做統(tǒng)計分析,還能進(jìn)行功能注釋分析,比如Enrichment Analysis、Pathway Analysis。小趣今天主要帶大家來學(xué)習(xí)一下用Metaboanalyst網(wǎng)站實現(xiàn)統(tǒng)計分析,下面一起來看看吧~
01 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備第一列sample為樣本名,第二列classid為樣本分組,從第3列開始為每一個代謝物在單個樣本上的含量。
02 操作流程1.首先在瀏覽器中輸入網(wǎng)址https://www.metaboanalyst.ca/,點擊首頁Statistical Analysis[one factor],進(jìn)入下一頁面,會有很多數(shù)據(jù)輸入格式選擇,這里我們選擇的輸入格式為.csv,點擊Choose選擇輸入的文件,然后點擊Submit進(jìn)入下一個頁面。
2. Edit Groups是修改分組,這里我們不需要修改,直接點擊Proceed進(jìn)入下一個頁面。
3. 這個頁面是對數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,Sample normalization是否對數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化處理;Data transformation 是否對數(shù)據(jù)進(jìn)行某種轉(zhuǎn)換;Data scaling 是否對數(shù)據(jù)進(jìn)行某種scaling方式處理。選擇完成后點擊normalize,然后點擊Proceed進(jìn)入下一個頁面。
4. 這個頁面有很多分析可以進(jìn)行選擇,可根據(jù)自己的需求點擊,比如我們現(xiàn)在需要做一個PCA,則可以點擊Principal Component Analysis (PCA),進(jìn)入下一個頁面。
5. 在該頁面可以根據(jù)圖形頁面的小畫筆對圖形進(jìn)行修改。這樣我們一張PCA圖就做好啦。最后所有做過的分析都可以直接通過左下角的Download直接打包下載。
最后在這里展示幾張通過該網(wǎng)站做出來的幾個分析圖吧。