PEAKS DIA Streamlined工作流

瀏覽次數(shù)：1153　發(fā)布日期：2023-4-11　來源：本站　僅供參考，謝絕轉(zhuǎn)載，否則責(zé)任自負(fù)

數(shù)據(jù)獨(dú)立采集(DIA)是一種在設(shè)定的質(zhì)荷比(m/z)窗口內(nèi)的所有離子被碎裂和分析的質(zhì)譜(MS)方法。與數(shù)據(jù)依賴采集(DDA)相反，DIA工作流可以不局限于豐度排名前幾的母離子，而重復(fù)定性和定量多肽。在DDA模式下，質(zhì)譜儀從MS1掃描中選擇最高豐度的母離子，只有這些選擇的肽段被串聯(lián)質(zhì)譜碎裂并分析。在DIA中，在給定時(shí)間內(nèi)碎裂所有進(jìn)入質(zhì)譜儀的離子(broadband DIA)或在固定或可變的m/z窗口內(nèi)依次碎裂離子 (SWATH，連續(xù)采集窗口獲取所有理論碎裂離子)，從而產(chǎn)生MS/MS 圖譜(1)。近年的diaPASEF(平行累加-串聯(lián)碎裂)技術(shù)，將捕集離子淌度分離(TIMS)與DIA相結(jié)合，以提高多肽檢測(cè)的靈敏度并增加蛋白質(zhì)組覆蓋深度(2)。PEAKS Studio和Online都兼容上述所有類型的DIA數(shù)據(jù)，無論采用哪種方法，PEAKS軟件都將幫助您的分析。

DIA工作流程的優(yōu)點(diǎn)

減少分析的所有肽段的偏差
在Mass run中提高的多肽鑒定和定量的重復(fù)性(3)
在動(dòng)態(tài)范圍內(nèi)量化復(fù)雜混合物中的蛋白質(zhì)
消除抽樣不足的影響
增加蛋白質(zhì)組覆蓋的靈敏度和深度
與DDA相比，精度和可重復(fù)性更高(4)
通過非標(biāo)記定量降低成本

最大化提高DIA數(shù)據(jù)集的鑒定率

由于DIA MS/MS光譜是由一個(gè)m/z窗口內(nèi)的一系列母離子產(chǎn)生的，它們通常包含來自多個(gè)多肽產(chǎn)生碎裂的信號(hào)。這對(duì)從DIA光譜中多肽鑒定算法提出了獨(dú)特的挑戰(zhàn)。PEAKS 11為解決這個(gè)問題提供了一個(gè)強(qiáng)大而靈活的解決方案，通過使用譜庫(kù)搜索(無論是否包含用于蛋白質(zhì)推斷的序列數(shù)據(jù)庫(kù))、直接序列數(shù)據(jù)庫(kù)搜索（direct Database）或幾種方法的組合來進(jìn)行肽定性和定量，以獲得蛋白質(zhì)組深度的肽段覆蓋(5)。此外，可以應(yīng)用從頭測(cè)序來解析那些沒有得到很好匹配的譜圖。
對(duì)于譜圖庫(kù)和直接數(shù)據(jù)庫(kù)搜索、從頭測(cè)序這幾種方式組合的分析，搜索空間是放大的。首先，對(duì)先前鑒定獲得的譜圖庫(kù)進(jìn)行SL search，通過錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率的閾值設(shè)定，保留通過篩選的多肽。在FDR閾值內(nèi)沒有得到良好匹配的譜圖，進(jìn)行直接數(shù)據(jù)庫(kù)檢索。來自與數(shù)據(jù)庫(kù)匹配的可靠肽段會(huì)添加到結(jié)果中。然后，使用相同的FDR閾值設(shè)置，可以繼續(xù)使用從頭測(cè)序分析在數(shù)據(jù)庫(kù)搜索中未匹配的譜圖，即PEAKS Stream-lined工作流執(zhí)行DIA的數(shù)據(jù)分析。

DIA數(shù)據(jù)有幾個(gè)可用的工作流程。傳統(tǒng)上，常用的工作流程是從DDA數(shù)據(jù)生成一個(gè)庫(kù)，并在搜索DIA數(shù)據(jù)時(shí)使用這個(gè)庫(kù)，使得數(shù)據(jù)庫(kù)搜索可以鑒定更多的多肽。另一種工作流程是使用PEAKS 11直接搜索DIA數(shù)據(jù) (不需要事先搜索譜庫(kù))，而且，未匹配的圖譜可以進(jìn)行從頭測(cè)序，另外在定量模塊中，可以對(duì)DIA數(shù)據(jù)進(jìn)行非標(biāo)記的定量。最后，在PEAKS Online中，QC分析提供了定性、定量的數(shù)據(jù)質(zhì)控的統(tǒng)計(jì)概要和結(jié)果的可視化。