作為哺乳動(dòng)物最大的器官,皮膚是動(dòng)物與外界環(huán)境間最主要的物理屏障;由于生活習(xí)性和所處的外界環(huán)境不同,皮膚的功能和表面的微生物組成等都會(huì)發(fā)生變化。同時(shí),皮膚又是獨(dú)特的免疫器官,在維持穩(wěn)態(tài)和抵抗各種病理?xiàng)l件時(shí),發(fā)揮獨(dú)特的免疫功能。皮膚組織內(nèi)包含如朗格漢斯細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞等多種免疫細(xì)胞。在單細(xì)胞測(cè)序應(yīng)用領(lǐng)域,研究者往往需要對(duì)皮膚組織內(nèi)的不同細(xì)胞亞群進(jìn)行分類,并在不同疾病模型下定位靶細(xì)胞,同時(shí)在進(jìn)行腫瘤類研究時(shí)(如黑色素瘤和鱗狀細(xì)胞癌等)也需要對(duì)腫瘤亞型及細(xì)胞的識(shí)別。
只有制備高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液才能保證下游實(shí)驗(yàn)的順利進(jìn)行,但是常規(guī)手工解離皮膚組織,不但費(fèi)時(shí),且獲得的細(xì)胞懸液碎片高,產(chǎn)量低,同時(shí)還易結(jié)團(tuán),細(xì)胞活性差,嚴(yán)重影響下游研究的開(kāi)展,如單細(xì)胞測(cè)序。因此在進(jìn)行皮膚組織單細(xì)胞懸液制備時(shí),需要更加簡(jiǎn)單快捷的方法,在提高實(shí)驗(yàn)效率同時(shí),又能保證實(shí)驗(yàn)樣本的質(zhì)量。
瑞沃德單細(xì)胞懸液制備儀,通過(guò)組織處理管機(jī)械剪切,配合酶解試劑盒和內(nèi)置的處理程序及溫控系統(tǒng),只需將樣本放入,設(shè)好程序,即可輕松獲得高質(zhì)量皮膚單細(xì)胞懸液,獲得的細(xì)胞可直接用于后續(xù)實(shí)驗(yàn),如單細(xì)胞測(cè)序、原代細(xì)胞培養(yǎng)、細(xì)胞分選等。
有了高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液后,高效穩(wěn)定且高性價(jià)比的單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)將保障下游實(shí)驗(yàn)結(jié)果的質(zhì)量與大規(guī)模應(yīng)用的可能。達(dá)普生物Galaxy單細(xì)胞建庫(kù)平臺(tái)基于專利的微流控油包水單細(xì)胞包裹技術(shù)與微球編碼配套技術(shù),可快速實(shí)現(xiàn) 1-4 樣本的單細(xì)胞測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建。經(jīng)過(guò)生信分析軟件 StarScope處理后,表達(dá)矩陣結(jié)果兼容幾乎所有下游生信分析軟件,輕松得到單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)數(shù)據(jù)。
下面為大家展示一下,瑞沃德單細(xì)胞懸液制備儀和達(dá)普生物單細(xì)胞建庫(kù)平臺(tái)無(wú)縫對(duì)接的樣本制備與單細(xì)胞建庫(kù)測(cè)序結(jié)果。
樣本:小鼠耳部皮膚、背部皮膚。
制備方法:
1. 試劑準(zhǔn)備
使用試劑盒中配套的Buffer將酶A、B、C分別充分溶解。
2. 樣本準(zhǔn)備
將剪下的小鼠背部皮膚置于冷PBS緩沖液中,用手術(shù)剪或手術(shù)刀的閉合圓邊尖端分離皮膚樣本后清洗3遍;耳部皮膚去除無(wú)毛部分,用鑷子將背腹側(cè)分開(kāi),用鑷子輕輕刮耳朵內(nèi)側(cè),去除殘留軟骨,然后將皮膚切成約1cm2的組織塊。
圖2.小鼠耳部皮膚處理
3. 程序處理
將組織塊和酶mix放入組織處理管,安裝加熱套,運(yùn)行加熱程序 “M_Skin_Heater_1”。
4. 單細(xì)胞懸液收集
程序運(yùn)行結(jié)束后,用潤(rùn)濕后的40 μm細(xì)胞濾器過(guò)濾細(xì)胞懸液樣本,50 mL離心管收集細(xì)胞懸液,500×g離心8min,徹底棄掉上清后,用適當(dāng)緩沖液重懸后用于單細(xì)胞測(cè)序、流式細(xì)胞術(shù)或原代細(xì)胞培養(yǎng)等。
圖4.背部皮膚
單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果
達(dá)普生物先對(duì)上述懸液進(jìn)行成像質(zhì)檢,并選取背部皮膚組織單細(xì)胞懸液,用其自主研發(fā)的Galaxy單細(xì)胞建庫(kù)平臺(tái)及配套的轉(zhuǎn)錄組試劑盒進(jìn)行單細(xì)胞建庫(kù)測(cè)序。
> 測(cè)序結(jié)果
1)達(dá)普StarScope軟件分析結(jié)果:
圖6.Reference:A Single Cell Transcriptomic Atlas Characterizes Aging Tissues in the Mouse
以上單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測(cè)序結(jié)果顯示:通過(guò)瑞沃德自動(dòng)單細(xì)胞懸液制備系統(tǒng)制備的皮膚組織樣本可以直接用于達(dá)普Galaxy單細(xì)胞建庫(kù)平臺(tái),不但縮短樣本懸液制備時(shí)間,同時(shí)高質(zhì)量的懸液質(zhì)量,減少了單細(xì)胞建庫(kù)過(guò)程中樣本優(yōu)化及減少一些碎片對(duì)反轉(zhuǎn)錄的影響,保證了建庫(kù)質(zhì)量,整體上縮減了整個(gè)單細(xì)胞建庫(kù)測(cè)序周期, 驗(yàn)證了瑞沃德與達(dá)普Galaxy產(chǎn)品的高兼容性。