10x FFPE樣本單細(xì)胞解決方案在癌癥研究中的應(yīng)用

瀏覽次數(shù)：1612　發(fā)布日期：2022-9-7　來(lái)源：怡美通德公眾號(hào)

胰腺上皮內(nèi)瘤變(PanIN) 是一種從福爾馬林固定和石蠟包埋(FFPE)標(biāo)本診斷出的胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)前惡性腫瘤，限制了基于單細(xì)胞的研究。2022年7月16日，一篇發(fā)表在bioRxiv上題為“Spatial transcriptomics of FFPE pancreatic intraepithelial neoplasias reveals cellular and molecular alterations of progression to pancreatic ductal carcinoma”的預(yù)印本文章，通過(guò)將單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與10x Visium FFPE空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行結(jié)合，開(kāi)發(fā)了一種新的FFPE樣本空間轉(zhuǎn)錄組分析方案，并輔以?xún)煞N新的轉(zhuǎn)移學(xué)習(xí)方法。第一種是將細(xì)胞類(lèi)型分配到ST點(diǎn)并整合轉(zhuǎn)錄特征，表明PanINs被 PDAC癌相關(guān)成纖維細(xì)胞(CAFs)亞型包圍，包括罕見(jiàn)的抗原呈遞CAFs。第二種是將 ST PanIN數(shù)據(jù)與PDAC scRNA-seq數(shù)據(jù)整合，確定了隨著PanINs向PDAC的進(jìn)展，炎癥和增殖信號(hào)之間的轉(zhuǎn)移。本研究首次確定了PanINs中類(lèi)似的 CAF群體和相關(guān)的分子變化，它們可能是癌前轉(zhuǎn)化為PDAC的早期介質(zhì)。這種集成的實(shí)驗(yàn)和計(jì)算方法提供了通過(guò)集成成像、ST和scRNA-seq數(shù)據(jù)集來(lái)開(kāi)發(fā)PDAC發(fā)展和進(jìn)展模型的方法。

上面這篇預(yù)印本文章中的研究人員提到，由于scRNA-seq方法對(duì)細(xì)胞活性有要求，該技術(shù)目前不兼容FFPE樣本，使他們無(wú)法直接進(jìn)行PanINs分析。在此小編向大家透露一條好消息，F(xiàn)FPE樣本也可以做單細(xì)胞啦！10x Genomics近期推出了一種針對(duì)FFPE樣本做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的解決方案，下面帶大家看一下10x測(cè)試的初步數(shù)據(jù)。

將一塊浸潤(rùn)性導(dǎo)管癌組織進(jìn)行切割后用手工解離和酶消化相結(jié)合的方法將其分離，然后使用10x今年推出的單細(xì)胞固定RNA分析試劑盒進(jìn)行樣本固定后進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，通過(guò)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，得到了多種細(xì)胞類(lèi)型，從圖中我們看出，從該FFPE樣本中可以檢測(cè)到很多免疫細(xì)胞。

乳腺癌是一個(gè)高度異質(zhì)性的疾病，為了指導(dǎo)預(yù)后，常常采用TNM分期、臨床病理指標(biāo)，后來(lái)由于高通量數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，多基因預(yù)測(cè)成為了一個(gè)新途徑。傳統(tǒng)方法通常是基于bulk水平根據(jù)signature對(duì)癌癥進(jìn)行分類(lèi)，現(xiàn)在將signature應(yīng)用于該數(shù)據(jù)集中的每個(gè)細(xì)胞群，將每個(gè)群與 PAM50 基因特征相關(guān)聯(lián)，結(jié)果顯示實(shí)際上只有一個(gè)細(xì)胞群17與癌癥亞型顯示出強(qiáng)相關(guān)性，而其他細(xì)胞群與正常特征相關(guān)。之前有文獻(xiàn)對(duì)新鮮樣品進(jìn)行過(guò)此類(lèi)分析，但在FFPE樣本的數(shù)據(jù)上發(fā)現(xiàn)這一點(diǎn)，可以使研究人員將其應(yīng)用于大量生物庫(kù)FFPE 樣本，解鎖更多存檔樣本。

FFPE方法是外科病理標(biāo)本收集和保存的標(biāo)準(zhǔn)方法，這些樣本被病理學(xué)家用于確定FFPE切片上疾病的可視化特征，通常這些樣本可以與有價(jià)值的元數(shù)據(jù)聯(lián)系起來(lái)，如患者信息記錄、使用的藥物，甚至臨床結(jié)果。在這些縱向樣本上以單細(xì)胞分辨率觀察轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)的能力將為研究疾病進(jìn)程增加一個(gè)全新的信息軸，相信10x推出的這種適用于FFPE樣本的單細(xì)胞解決方案可以解鎖更多臨床存檔樣本，帶來(lái)更多全新的研究發(fā)現(xiàn)！想要了解更多詳細(xì)信息，歡迎聯(lián)系我們！電話(huà)：010-84409661，郵箱：marketing@emtd.com.cn。

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