如果您未曾了解過(guò),快來(lái)查看小鼠表型組數(shù)據(jù)庫(kù)吧 (Mouse Phenome Database, MPD)!這里的豐富信息可能對(duì)您的研究大有幫助。
小鼠表型組數(shù)據(jù)庫(kù)(Mouse Phenome Database,MPD)是由美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院資助并由杰克森實(shí)驗(yàn)室維護(hù)的實(shí)驗(yàn)小鼠品系特征的網(wǎng)站,是致力于促進(jìn)人類健康和疾病的轉(zhuǎn)化研究的免費(fèi)生物信息學(xué)資源。
在MPD上,你可以找到多個(gè)品系實(shí)驗(yàn)小鼠的基因型數(shù)據(jù)、表型數(shù)據(jù)、詳盡的數(shù)據(jù)采集方法以及在線數(shù)據(jù)分析工具。
https://phenome.jax.org
帶您認(rèn)識(shí)MPD
MPD涵蓋了超過(guò)447個(gè)JAX不同小鼠品系的數(shù)據(jù),其中包括46種最常用的近交系小鼠。
我們?yōu)檫@些品系中的每一種都準(zhǔn)備了全面的生理數(shù)據(jù)總結(jié),匯總了研究人員最常關(guān)注的數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)也為幫助科學(xué)家選擇最合適的小鼠模型提供了參考。
這些生理數(shù)據(jù)總結(jié)可從各JAX小鼠的品系詳情頁(yè)面“疾病和表型”標(biāo)簽下獲取。
常用數(shù)據(jù)
體重
許多研究人員將體重作為小鼠健康狀況和總體狀況的基本指標(biāo),有時(shí)甚至將其作為選擇最適合其研究目的的小鼠品系的標(biāo)準(zhǔn)。
血液學(xué)概況
了解血液的細(xì)胞組成可以幫助研究人員評(píng)估動(dòng)物的健康狀況。這些概況包括:
▲ 白細(xì)胞 (White Blood Cell, WBC) 計(jì)數(shù)
▲ 紅細(xì)胞 (Red Blood Cell, RBC) 計(jì)數(shù)
▲ 血紅蛋白濃度
▲ 血細(xì)胞比容
▲ 平均紅細(xì)胞體積 (Mean Cell Volume, MCV)
▲ 平均細(xì)胞血紅蛋白濃度 (Mean Cell Hemoglobin Concentration, MCHC)
▲ 血小板計(jì)數(shù)
▲ 平均血小板體積 (Mean Platelet Volume, MPV)
▲ 網(wǎng)織紅細(xì)胞計(jì)數(shù)
▲ 網(wǎng)織紅細(xì)胞百分比
▲ 網(wǎng)織紅細(xì)胞血紅蛋白含量
▲ 中性粒細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞和嗜堿性粒細(xì)胞計(jì)數(shù)
▲ 中性粒細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞和嗜堿性粒細(xì)胞百分比
血清生化指標(biāo)
許多科學(xué)家使用血清生化指標(biāo)作為主要的健康指標(biāo),并研究常見(jiàn)的疾病狀態(tài)。血清生化指標(biāo)數(shù)據(jù)包括:
▲ 白蛋白和總蛋白水平
▲ 血液尿素氮 (Blood Urea Nitrogen, BUN)
▲ 電解質(zhì)(鈣、磷)
▲ 脂質(zhì)水平(包括膽固醇、高密度脂蛋白膽固醇 (High Density Lipoprotein Cholesterol, HDLC)、甘油三酯和游離脂肪酸)
▲ 葡萄糖(飽腹)
▲ 丙氨酸轉(zhuǎn)氨酶 (Alanine Transferase, ALT),
▲ 肌酸激酶 (Creatine Kinase, CK)
▲ 甲狀腺素 (T4)
器官重量
▲ 腦
▲ 心臟
▲ 肝臟
▲ 腎臟
▲ 脾臟
▲ 其他
身體構(gòu)成(DEXA分析)
▲ 骨骼礦物質(zhì)密度
▲ 骨無(wú)機(jī)鹽含量
▲ 瘦肉組織
▲ 脂肪組織
免疫學(xué)特征(通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)進(jìn)行脾臟分析)
▲ 淋巴樣細(xì)胞百分比(包括B 胞、T細(xì)胞、NK細(xì)胞和NKT細(xì)胞)
▲ 骨髓細(xì)胞百分比(粒細(xì)胞和單核細(xì)胞)
您可以利用這些基線數(shù)據(jù)選擇合適的近交系、優(yōu)化實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、減少不必要的預(yù)實(shí)驗(yàn),從而讓研究更加高效。
將不同品系進(jìn)行比較
不僅如此,MPD還提供一些工具來(lái)幫助您比較不同品系的數(shù)據(jù)。例如,如果您要測(cè)量特定因素誘導(dǎo)后出現(xiàn)的發(fā)熱情況,您可能需要使用基線體溫較低的品系。而在下圖的比較數(shù)據(jù)中,您可以快速發(fā)現(xiàn)C3H/HeJ或BALB/cJ可能是不錯(cuò)的選擇。
上傳您的數(shù)據(jù)
MPD另一個(gè)有趣的功能是,您可以上傳自己的數(shù)據(jù)并將其與已發(fā)表的數(shù)據(jù)并行比較,還可以將結(jié)果導(dǎo)出到工作表中。例如,如果您正在測(cè)量特定品系對(duì)高脂飲食或特定感染的反應(yīng),您可以下載各個(gè)相關(guān)數(shù)據(jù)并直接將其與您的數(shù)據(jù)進(jìn)行初步比較。
無(wú)論您想知道您的小鼠愛(ài)吃甜食還是酗酒,在MPD中都可以找到基線數(shù)據(jù)。
如果您還在苦苦糾結(jié)如何選擇品系、預(yù)實(shí)驗(yàn)?zāi)懿荒苁∪,如何?jiǎn)化實(shí)驗(yàn)降低預(yù)算這些問(wèn)題,快來(lái)MPD研究一下已有的數(shù)據(jù)吧!