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Illumina平臺(tái)測(cè)序文庫精確定量試劑盒的實(shí)用數(shù)據(jù)對(duì)比

瀏覽次數(shù):1062 發(fā)布日期:2020-6-19  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
       生命體遺傳信息的快速獲得對(duì)于生命科學(xué)的研究有著十分重要的意義。 第一代測(cè)序儀對(duì)電泳分離技術(shù)的依賴,使其難以進(jìn)一步提高分析的速度和并 行化程度,也難以通過微型化降低測(cè)序成本。經(jīng)過不斷的技術(shù)開發(fā)和改進(jìn), 21世紀(jì)初,以Roche454技術(shù)、illumina公司的GenomeAnalyzer技術(shù)和ABI 公司的Solid技術(shù)為標(biāo)記的第二代測(cè)序技術(shù)誕生了。第二代技術(shù)大大降低了測(cè)序成本,還大幅度提高了測(cè)序速度并保持了高準(zhǔn)確性。其中,illumina公司的第一臺(tái)測(cè)序儀于2006年問世,之后開發(fā)出來一系列的測(cè)序儀,如 Hiseq2000、Hiseq2500、Miseq、HiseqX等,在準(zhǔn)確性、通量、成本和速度方面表現(xiàn)更優(yōu)秀,而使其成為全球使用量最大的第二代測(cè)序儀。
 
       近幾年來,包括人、擬南芥以及水稻等越來越多的基因組被測(cè)序,全基因組測(cè)序?yàn)橹匾虻目寺 ⒒虻南到y(tǒng)進(jìn)化和基因組學(xué)研究提供了堅(jiān)實(shí)的 平臺(tái)。但依然有部分珍貴物種由于樣本較少獲取難度大,或者個(gè)體較小獲得 的基因組濃度較低等原因,得到的基因組DNA少(低于50ng),按照目前現(xiàn)有的文庫定量及測(cè)序方法,準(zhǔn)確檢測(cè)的難度非常大。
 
       測(cè)序文庫的定量分析和質(zhì)量評(píng)價(jià)對(duì)于獲得高質(zhì)量的核酸測(cè)序數(shù)據(jù)十分關(guān)鍵。因?yàn)椋?/div>
 
       1.如果測(cè)序文庫拷貝數(shù)偏低,將不能獲得足夠的測(cè)序數(shù)據(jù),導(dǎo)致降低數(shù)據(jù)產(chǎn)出;
 
       2.如果測(cè)序文庫拷貝數(shù)過高,將產(chǎn)生低質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù),甚至?xí)䦟?dǎo)致測(cè)序失敗。
 
       因此,要控制NGS測(cè)序儀上測(cè)序文庫的載入量,保證測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量,就需要在測(cè)序前對(duì)DNA測(cè)序文庫進(jìn)行定量分析。
 
       小艾為您推薦GeneCopeia 萌新產(chǎn)品Illumina 平臺(tái)測(cè)序文庫定量試劑盒--NGSquant™ Library qPCR Kit for Illumina®  。這是一種基于 qPCR 方法對(duì) Illumina 平臺(tái)測(cè)序文庫進(jìn)行 DNA 分子數(shù)絕對(duì)定量分析的試劑盒。它可以對(duì)兩端含有 Illumina P5、P7 芯片序列的各種類型 DNA 片段文庫進(jìn)行高特異性的快速定量,檢測(cè)結(jié)果靈敏度高,準(zhǔn)確度高,重復(fù)性好,適用于大多數(shù)qPCR儀器。
 
       Illumina 平臺(tái)測(cè)序文庫定量試劑盒優(yōu)勢(shì):
 
       靈敏度高—能檢出低至 0.0002 pM 的文庫樣品;
       特異性強(qiáng)—使用抗體修飾法熱啟動(dòng) DNA 聚合酶,避免了 PCR 擴(kuò)增前的非特異性結(jié)合;文庫定量引物采用特殊算法設(shè)計(jì),不會(huì)形成引物二聚體;
       擴(kuò)增范圍廣—能檢測(cè)平均片段長(zhǎng)度 1 kb 以內(nèi)的文庫;
       擴(kuò)增效率高(E>0.92),實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好(R2>0.99)。
 
       Illumina 平臺(tái)測(cè)序文庫定量試劑盒包含以下四種成分:
 
       文庫DNA定量標(biāo)準(zhǔn)品(qPCR DNA standard for Illumina):經(jīng)過梯度稀釋的六份十倍比梯度稀釋的雙鏈DNA片段溶液(20 pM-0.0002 pM),經(jīng)過絕對(duì)定量和嚴(yán)格質(zhì)控,用于標(biāo)準(zhǔn)曲線制作;
       文庫定量引物(qPCR primer Mix for Illumina):含有 Illumina P5,P7 芯片序列并經(jīng)過優(yōu)化設(shè)計(jì)的一對(duì)qPCR引物;
       2×qPCR預(yù)混液(2× BlazeTaq™ NGS qPCR Mix):含有性能優(yōu)化的抗體修飾法DNA聚合酶、qPCR反應(yīng)緩沖液和SYBR Green染料等qPCR反應(yīng)所需成分;
       ROX參比染料(ROX Reference Dye)。
 
       Illumina 平臺(tái)測(cè)序文庫定量試劑盒性能數(shù)據(jù)展示


 
       圖1. DNA標(biāo)準(zhǔn)品擴(kuò)增曲線與熔解曲線。使用NGSquant™ Library qPCR Kit for Illumina®檢測(cè)6個(gè)10倍梯度稀釋的文庫DNA定量標(biāo)準(zhǔn)品,每個(gè)標(biāo)準(zhǔn)品平行重復(fù)2次。結(jié)果顯示,試劑盒具有靈敏度高、特異性強(qiáng)、重復(fù)性好的特性。
 
 
       圖2. 擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖。使用NGSquant™ Library qPCR Kit for Illumina®擴(kuò)增文庫DNA標(biāo)準(zhǔn)品得到的qPCR產(chǎn)物,電泳分析無非特異擴(kuò)增現(xiàn)象。
       圖3.兩款試劑盒中標(biāo)準(zhǔn)品的對(duì)比。將GeneCopoeia的NGSquant™ Library qPCR Kit for Illumina®和KAPA Library Quantification Kits for Illumina platforms的標(biāo)準(zhǔn)品用BlazeTaq NGS qMix在ABI ViiA 7進(jìn)行擴(kuò)增。 兩套標(biāo)準(zhǔn)品擬合出的標(biāo)準(zhǔn)曲線基本重合,對(duì)應(yīng)濃度的標(biāo)準(zhǔn)品的△Ct<0.3。
 
       4:文庫擴(kuò)增效率: 對(duì)不同類型的10種illumina文庫使用NGSquant™ Library qPCR Kit for Illumina®分別檢測(cè),每個(gè)文庫樣本進(jìn)行6個(gè)梯度的10倍稀釋,計(jì)算出的擴(kuò)增效率如上圖顯示,10個(gè)文庫的擴(kuò)增效率均在90%-110%的范圍內(nèi),與擴(kuò)增DNA標(biāo)準(zhǔn)品的效率相近。
 
產(chǎn)品名稱 描述 貨號(hào) 規(guī)格
NGSquant™ Library qPCR kit for Illumina® 用于Illumina 二代測(cè)序平臺(tái)的文庫定量試劑盒 QP100 500 rxns
NGSquant™ DNA Standard for Illumina® 文庫DNA定量標(biāo)準(zhǔn)品(濃度:20 – 0.0002 pM) QP101 80 μL/管
 
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       作為一家具有尖端的技術(shù)實(shí)力、一流的經(jīng)營(yíng)管理水平和完善的市場(chǎng)銷售體系的生物高科技企業(yè),總部位于武漢光谷國(guó)家級(jí)高新技術(shù)開發(fā)區(qū),服務(wù)面向全國(guó)。艾美捷科技是集進(jìn)口試劑、實(shí)驗(yàn)室耗材銷售、技術(shù)服務(wù)與合約開發(fā)為一體的專業(yè)化高科技公司,為用戶提供最前沿的專業(yè)資訊、完備的產(chǎn)品、整合的解決方案,及優(yōu)質(zhì)的物流服務(wù)。為了更好的服務(wù)客戶,公司組建了一支經(jīng)驗(yàn)豐富的研發(fā)團(tuán)隊(duì)-艾美捷生物技術(shù)中心,進(jìn)入研發(fā)生產(chǎn)階段,將更優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品推薦給國(guó)內(nèi)生物領(lǐng)域的同仁們!
 
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       六觀:
價(jià)值觀:激情、敬業(yè)、學(xué)習(xí)、創(chuàng)新、合作、卓越。
 
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