云序RNA修飾技術(shù)在華南農(nóng)大余義勛課題組植物m1A修飾調(diào)控機(jī)制的運(yùn)用
導(dǎo)讀
RNA甲基化修飾在調(diào)控生物生長(zhǎng)發(fā)育的過(guò)程中起重要作用，m6A和m5C在植物體內(nèi)的產(chǎn)生機(jī)制和生物學(xué)功能已有較多研究論文發(fā)表，然而RNA m1A（N1-甲基腺嘌呤）修飾在植物中的研究還非常少。
近日，Plant Physiology 在線發(fā)表了華南農(nóng)業(yè)大學(xué)余義勛課題組題為“The N1-methyladenosine methylome of petunia messenger RNA” 的研究論文。研究結(jié)果顯示RNA m1A修飾在植物生長(zhǎng)發(fā)育中起著重要作用。
RNA甲基化修飾在調(diào)控生物生長(zhǎng)發(fā)育的過(guò)程中起重要作用，m6A和m5C在植物體內(nèi)的產(chǎn)生機(jī)制和生物學(xué)功能已有較多研究論文發(fā)表，然而RNA m1A（N1-甲基腺嘌呤）修飾在植物中的研究還非常少。
近日，Plant Physiology 在線發(fā)表了華南農(nóng)業(yè)大學(xué)余義勛課題組題為“The N1-methyladenosine methylome of petunia messenger RNA” 的研究論文。研究結(jié)果顯示RNA m1A修飾在植物生長(zhǎng)發(fā)育中起著重要作用。
矮牽牛RNA m1A修飾促進(jìn)生長(zhǎng)發(fā)育
發(fā)表期刊：Plant Physiology
影響因子：6.305
發(fā)表時(shí)間：2020.05.27
實(shí)驗(yàn)方法: m1A-seq, RNA-seq（云序提供）
此研究由云序生物合作客戶華南農(nóng)業(yè)大學(xué)余義勛課題組完成的，該課題組利用m1A-seq & RNA-seq（本實(shí)驗(yàn)云序提供）技術(shù)對(duì)矮牽�；ò曛泻琺1A修飾的RNA進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組分析，發(fā)現(xiàn)乙烯處理降低了花瓣mRNA m1A峰的水平。另外還發(fā)現(xiàn)矮牽牛tRNA特異性甲基轉(zhuǎn)移酶61A (PhTRMT61A)的沉默降低了體內(nèi)和體外mRNA的m1A水平，定位于細(xì)胞核內(nèi)的PhTRMT61A被抑制會(huì)導(dǎo)致葉片發(fā)育異常。這些研究結(jié)果顯示RNA m1A修飾可以作為表觀轉(zhuǎn)錄組調(diào)控機(jī)制并在植物生長(zhǎng)發(fā)育中起著重要作用。
矮牽牛m1A峰的motif序列和結(jié)構(gòu)特征
云序生物熱門(mén)RNA修飾—m5C甲基化
1、NSUN2轉(zhuǎn)移酶調(diào)控HEK293細(xì)胞mRNA m5C修飾
發(fā)表期刊：Epigenomics
影響因子：4.404
發(fā)表日期：2019.02.01
實(shí)驗(yàn)方法：m5C-Seq，RNA-seq（云序提供）
云序客戶揚(yáng)州大學(xué)單位在Epigenomics 雜志利用CRISP/Cas9技術(shù)構(gòu)建NSUN2-/-HEK293細(xì)胞系，并利用m5C-Seq和RNA-seq（本實(shí)驗(yàn)云序提供）檢測(cè)mRNA中m5C的修飾水平和基因表達(dá)水平。該研究一共檢測(cè)到1185個(gè)修飾和790個(gè)表達(dá)發(fā)生改變的基因。進(jìn)一步生信分析揭示：發(fā)生m5C甲基化修飾能夠調(diào)節(jié)基因表達(dá)，并且這些差異表達(dá)基因能夠顯著富集到與細(xì)胞增殖相關(guān)的信號(hào)通路上。同時(shí)作者還發(fā)現(xiàn)，下調(diào)NSUN2能夠顯著抑制HEK293細(xì)胞的增殖和遷移，其中GRB2和CD44可能是NSUN2調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子。該研究闡述了NSUN2調(diào)控HEK293細(xì)胞增殖和遷移等生物學(xué)功能的分子機(jī)制，并揭示了m5C甲基化轉(zhuǎn)移酶NSUN2對(duì)RNA修飾和表達(dá)的調(diào)控機(jī)理。
NSUN2對(duì)mRNA的表達(dá)水平的影響
云序生物熱門(mén)RNA修飾—m6A甲基化
1. m6A 甲基化參與非酒精性脂肪肝�。∟AFLD）的發(fā)生發(fā)展
發(fā)表期刊：Hepatology
影響因子：14.971
發(fā)表日期：2020.03.09
實(shí)驗(yàn)方法：m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-PCR，RIP等（云序提供）
Hepatology雜志(IF=14.971)于2020年3月9日在線發(fā)表一重要發(fā)現(xiàn)：RNA甲基化參與非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的發(fā)生發(fā)展。該論文的第一作者為復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院內(nèi)分泌科周冰博士，主要研究?jī)?nèi)容由周冰博士在中山醫(yī)院內(nèi)分泌團(tuán)隊(duì)及華東師范大學(xué)馬欣然組的共同指導(dǎo)下完成。在本研究中，作者發(fā)現(xiàn)m6A RNA修飾在肥胖相關(guān)NAFLD進(jìn)展中的作用，通過(guò)m6A-seq和RNA-seq（本實(shí)驗(yàn)云序提供），發(fā)現(xiàn)在瘦素受體缺陷型小鼠的肝臟組織中，甘油三酯合成相關(guān)基因的m6A修飾和mRNA表達(dá)均明顯增加, 而m6A閱讀器蛋白YTHDC2的表達(dá)明顯下調(diào)。抑制正常小鼠肝臟中YTHDC2表達(dá)后，導(dǎo)致甘油三酯（TG）的沉積；而在肥胖小鼠肝臟中過(guò)表達(dá)YTHDC2基因后，則改善了肝臟甘油三酯沉積和胰島素抵抗。因此，本研究表明以m6A為代表的RNA新型修飾，在NAFLD相關(guān)肝臟疾病中發(fā)揮重要作用，從而為這類疾病的研究提供了新的方向。
m6A - seq和RNA- seq聯(lián)合分析鎖定靶分子
2. m6A甲基轉(zhuǎn)移酶METTL3的泛素化調(diào)節(jié)其功能
發(fā)表期刊：Nucleic Acids Research
影響因子：11.147
發(fā)表日期：2018.06.01
實(shí)驗(yàn)方法： m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-PCR，RIP等（云序提供）
上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院余健秀組在著名期刊《核酸研究》發(fā)表了m6A修飾酶蛋白催化修飾相關(guān)研究，首次揭示SUMO（泛素化）化修飾調(diào)控m6A RNA甲基化酶METTL3 及其催化功能的一種全新分子機(jī)制。此次余健秀課題組鑒定了METTL3的SUMO化修飾及其調(diào)控功能。他們發(fā)現(xiàn)，在細(xì)胞中敲低SUMO特異性蛋白酶SENP1可明顯降低細(xì)胞內(nèi)RNA的m6A修飾水平。這一修飾并未影響該蛋白的穩(wěn)定性及其在細(xì)胞中的定位，也未改變?cè)摰鞍缀蚆ETTL14及WTAP之間的相互作用。通過(guò)體內(nèi)及體外實(shí)驗(yàn)，他們發(fā)現(xiàn)METTL3的SUMO化修飾可顯著抑制其m6A甲基化轉(zhuǎn)移酶的活性、促進(jìn)特異癌細(xì)胞的克隆形成及腫瘤生成。穩(wěn)定敲除METTL3后，結(jié)合m6A-seq和RNA-seq（本實(shí)驗(yàn)云序提供），m6A RNA甲基化修飾圖譜及下游mRNA表達(dá)圖譜均發(fā)生顯著改變。這項(xiàng)研究表明m6A RNA甲基化修飾催化酶存在蛋白質(zhì)修飾，這也為RNA修飾調(diào)控機(jī)制探討提供更多的方向。
影響因子：11.147
發(fā)表日期：2018.06.01
實(shí)驗(yàn)方法： m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-PCR，RIP等（云序提供）
上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院余健秀組在著名期刊《核酸研究》發(fā)表了m6A修飾酶蛋白催化修飾相關(guān)研究，首次揭示SUMO（泛素化）化修飾調(diào)控m6A RNA甲基化酶METTL3 及其催化功能的一種全新分子機(jī)制。此次余健秀課題組鑒定了METTL3的SUMO化修飾及其調(diào)控功能。他們發(fā)現(xiàn)，在細(xì)胞中敲低SUMO特異性蛋白酶SENP1可明顯降低細(xì)胞內(nèi)RNA的m6A修飾水平。這一修飾并未影響該蛋白的穩(wěn)定性及其在細(xì)胞中的定位，也未改變?cè)摰鞍缀蚆ETTL14及WTAP之間的相互作用。通過(guò)體內(nèi)及體外實(shí)驗(yàn)，他們發(fā)現(xiàn)METTL3的SUMO化修飾可顯著抑制其m6A甲基化轉(zhuǎn)移酶的活性、促進(jìn)特異癌細(xì)胞的克隆形成及腫瘤生成。穩(wěn)定敲除METTL3后，結(jié)合m6A-seq和RNA-seq（本實(shí)驗(yàn)云序提供），m6A RNA甲基化修飾圖譜及下游mRNA表達(dá)圖譜均發(fā)生顯著改變。這項(xiàng)研究表明m6A RNA甲基化修飾催化酶存在蛋白質(zhì)修飾，這也為RNA修飾調(diào)控機(jī)制探討提供更多的方向。
METTL3 SUMO化對(duì)mRNA m6A修飾水平和表達(dá)水平的影響
3. m6A調(diào)控胃癌細(xì)胞EMT過(guò)程
發(fā)表期刊：Molecular Cancer
影響因子：10.679
發(fā)表日期: 2019.10.13
實(shí)驗(yàn)方法：m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-qPCR，Co-IP（云序提供）
上海交大附屬仁濟(jì)醫(yī)院胃腸外科趙剛課題組在Molecular Cancer雜志（影響因子=10.679）發(fā)表胃癌細(xì)胞的上皮細(xì)胞間充質(zhì)轉(zhuǎn)化（EMT）過(guò)程揭示RNA m6A修飾的調(diào)控意義。同樣本文利用m6A-seq和RNA-seq（本實(shí)驗(yàn)云序提供）技術(shù)檢測(cè)到METTL3敲低后發(fā)生差異甲基化和差異表達(dá)的基因，并通過(guò)聯(lián)合分析850個(gè)甲基化水平下調(diào)的甲基化基因和798個(gè)下調(diào)的靶基因確定ZMYM1作為下游靶標(biāo)，靶分子上兩個(gè)甲基化修飾位點(diǎn)都存在于終止密碼子附近，并通過(guò)MeRIP-qPCR（云序可提供此服務(wù)）證實(shí)了靶分子ZMYM1存在m6A甲基化位點(diǎn)。研究還發(fā)現(xiàn)METTL3對(duì)ZMYM1的影響是通過(guò)m6A修飾從而結(jié)合HuR蛋白來(lái)進(jìn)行的，而且免疫共沉淀Co-IP實(shí)驗(yàn)（云序可提供此服務(wù)）證實(shí)了ZYMY1與CtBP/LSD1/CoREST復(fù)合物結(jié)合的存在形式，而這種復(fù)合物的存在可以有效的靶向抑制E-cadherin的轉(zhuǎn)錄。直接對(duì)ZMYM1的過(guò)表達(dá)或者敲除實(shí)驗(yàn)也證明ZMYM1能夠改變胃癌細(xì)胞的遷移與侵襲行為，這些結(jié)果顯示METTL3正是通過(guò)調(diào)控m6A影響HuR蛋白結(jié)合的方式來(lái)改變METTL3的表達(dá)量，進(jìn)而促進(jìn)胃癌細(xì)胞的EMT過(guò)程。
差異甲基化和差異表達(dá)RNA的聯(lián)合分析
4. m6A修飾促進(jìn)肝母細(xì)胞癌的發(fā)生發(fā)展
發(fā)表期刊：Molecular Cancer
影響因子：10.679
發(fā)表日期：2019.12.23
實(shí)驗(yàn)方法：m6A-seq、mRNA-seq、MeRIP-PCR、整體m6A修飾水平等（云序提供）
云序客戶上海市第十人民醫(yī)院&上海兒童醫(yī)學(xué)中心關(guān)于m6A在肝母細(xì)胞癌中的分子機(jī)制研究發(fā)表在Molecular Cancer雜志（影響因子=10.679）上，在本研究中作者通過(guò)對(duì)肝母細(xì)胞癌（HB）組織和癌旁組織進(jìn)行m6A-seq和RNA-seq（本實(shí)驗(yàn)云序提供），發(fā)現(xiàn)m6A主要富集在終止密碼子和CDS區(qū)，且鎖定發(fā)生m6A修飾的靶分子mRNA主要富集在Wnt /β-catenin通路，該信號(hào)通路中CTNNB1的m6A豐度是最顯著的，而且MeRIP-PCR（云序可提供此項(xiàng)服務(wù)）結(jié)果顯示，下調(diào)METTL3后m6A修飾水平降低會(huì)導(dǎo)致CTNNB1表達(dá)和穩(wěn)定性下降。本篇文章表明 mRNA發(fā)生m6A修飾是HB的一種致癌機(jī)制，并鑒定CTNNB1是HB中METTL3介導(dǎo)的m6A修飾的靶點(diǎn)基因，為HB的診斷治療提供了新的方法。
影響因子：10.679
發(fā)表日期：2019.12.23
實(shí)驗(yàn)方法：m6A-seq、mRNA-seq、MeRIP-PCR、整體m6A修飾水平等（云序提供）
云序客戶上海市第十人民醫(yī)院&上海兒童醫(yī)學(xué)中心關(guān)于m6A在肝母細(xì)胞癌中的分子機(jī)制研究發(fā)表在Molecular Cancer雜志（影響因子=10.679）上，在本研究中作者通過(guò)對(duì)肝母細(xì)胞癌（HB）組織和癌旁組織進(jìn)行m6A-seq和RNA-seq（本實(shí)驗(yàn)云序提供），發(fā)現(xiàn)m6A主要富集在終止密碼子和CDS區(qū)，且鎖定發(fā)生m6A修飾的靶分子mRNA主要富集在Wnt /β-catenin通路，該信號(hào)通路中CTNNB1的m6A豐度是最顯著的，而且MeRIP-PCR（云序可提供此項(xiàng)服務(wù)）結(jié)果顯示，下調(diào)METTL3后m6A修飾水平降低會(huì)導(dǎo)致CTNNB1表達(dá)和穩(wěn)定性下降。本篇文章表明 mRNA發(fā)生m6A修飾是HB的一種致癌機(jī)制，并鑒定CTNNB1是HB中METTL3介導(dǎo)的m6A修飾的靶點(diǎn)基因，為HB的診斷治療提供了新的方法。
m6A調(diào)控CTNNB1的活化
5. m6A修飾調(diào)控新生小鼠β細(xì)胞的成熟
發(fā)表期刊：Diabetes
影響因子：7.2
發(fā)表日期：2020.05.13
影響因子：7.2
發(fā)表日期：2020.05.13
實(shí)驗(yàn)方法：m6A-seq、mRNA-seq、MeRIP-PCR、整體m6A修飾水平等（云序提供）
近期Diabetes雜志（IF=7.2）發(fā)表了m6A修飾調(diào)控新生小鼠β細(xì)胞的成熟機(jī)制相關(guān)研究，該成果是由云序客戶上海市瑞金醫(yī)院內(nèi)分泌科團(tuán)隊(duì)完成的，本實(shí)驗(yàn)通過(guò)構(gòu)建小鼠內(nèi)分泌祖細(xì)胞RNA甲基化轉(zhuǎn)移酶Mettl3/14敲除（Mettl3/Mettl14 nKO）導(dǎo)致高血糖和低胰島素血癥模型小鼠。實(shí)驗(yàn)表明Mettl3/14有調(diào)節(jié)新生小鼠β細(xì)胞的成熟和增殖的功能，進(jìn)一步通過(guò)m6A-seq和mRNA-seq（本實(shí)驗(yàn)云序提供）分析證實(shí)了m6A依賴調(diào)節(jié)新生小鼠β細(xì)胞的識(shí)別，胰島素的分泌和擴(kuò)散的機(jī)制；實(shí)驗(yàn)表明Mettl3/14不影響β細(xì)胞的分化，但是通過(guò)調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子MafA的表達(dá)從而調(diào)控mRNA的穩(wěn)定性和m6A修飾水平，進(jìn)而調(diào)控β細(xì)胞功能的成熟。而且在糖尿病db/db小鼠和2型糖尿病患者β細(xì)胞中都觀察到Mettl3/14表達(dá)明顯下調(diào)，這些研究結(jié)果表明Mettl3/14促進(jìn)了新生小鼠β細(xì)胞發(fā)展和功能的成熟，從而調(diào)控成人體重和血糖水平，為血糖相關(guān)疾病治療提供了新的治療靶點(diǎn)和理論基礎(chǔ)。
m6A-seq& mRNA-seq聯(lián)合分析
總結(jié)：
通過(guò)上面云序客戶關(guān)于RNA修飾研究成果的展示，相信這份答卷已經(jīng)很好的詮釋了何謂“您身邊的RNA修飾測(cè)序?qū)＜?/strong>”，云序從m1A，m5C，到m6A RNA修飾，我們都有著高質(zhì)量的成果產(chǎn)出，云序特色就是為您打造多種RNA修飾全覆蓋，多種分子全覆蓋一站式服務(wù)平臺(tái)，從此讓RNA修飾研究不再是難題，輕松高效完成RNA修飾譜學(xué)研究和機(jī)制探討。云序生物一直走在表觀轉(zhuǎn)錄組最前沿，多種RNA修飾研究探討迅速成為當(dāng)下研究熱點(diǎn)，相信m7G，還有ac4C乙酰化和2'-O-甲基化等研究也會(huì)成為接下來(lái)的焦點(diǎn)。我們?yōu)槟鷾?zhǔn)備了云序生物RNA修飾研究的重磅利器。
需要以上文章原文的伙伴們，可以關(guān)注云序生物課堂公眾號(hào)，后臺(tái)留言即可。
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云序生物m6A產(chǎn)品線優(yōu)惠活動(dòng)
1）m6A修飾PCR芯片 new！
云序生物提供m6A修飾PCR芯片檢測(cè)，高效一次性檢測(cè)m6A相關(guān)的Writer，Eraser，Reader的表達(dá)情況，m6A PCR 芯片基因列表（34 個(gè)基因）-human如圖：
2）RNA修飾PCR芯片 new！
云序生物提供多種RNA修飾PCR芯片檢測(cè)，高效一次性檢測(cè)6種RNA修飾相關(guān)的Writer，Eraser，Reader的表達(dá)情況，最全面的RNA修飾相關(guān)基因覆蓋，
RNA 修飾芯片基因列表（68 個(gè)基因）-human如圖：
云序生物提供多種RNA修飾PCR芯片檢測(cè)，高效一次性檢測(cè)6種RNA修飾相關(guān)的Writer，Eraser，Reader的表達(dá)情況，最全面的RNA修飾相關(guān)基因覆蓋，
RNA 修飾芯片基因列表（68 個(gè)基因）-human如圖：
3）m6A相關(guān)酶預(yù)合成的慢(腺)病毒/shRNA/siRNA庫(kù) new！
4）m6A MeRIP套餐-預(yù)備抗體的RIP服務(wù) new！
云序生物RNA修飾特色
云序生物作為國(guó)內(nèi)最早做m6A的科研平臺(tái)，至今用戶已發(fā)表15+篇m6A相關(guān)文章，其中多篇影響因子超過(guò)10分，成為國(guó)內(nèi)m6A測(cè)序最專業(yè)的服務(wù)平臺(tái)。云序生物RNA修飾高通量測(cè)序產(chǎn)品覆蓋面廣，包括編碼mRNA和非編碼lncRNA，circRNA，microRNA等分子。云序生物既提供針對(duì)單個(gè)分子的m6A測(cè)序，也提供一次檢測(cè)多種RNA分子m6A修飾的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，此外公司長(zhǎng)期致力于提供優(yōu)質(zhì)前沿表觀研究測(cè)序產(chǎn)品，結(jié)合最新科研熱點(diǎn)繼m6A、m5C、m1A之后，隆重推出多款RNA新修飾，不僅有m7G測(cè)序，還包括m3C測(cè)序、ac4C乙�；瘻y(cè)序和2'-O-甲基化測(cè)序，打造了全修飾和全分子覆蓋的研究平臺(tái)。如今云序用戶m6A，m5C、m1A文章接連發(fā)表，期待云序用戶其他RNA修飾研究的發(fā)表！
云序生物國(guó)內(nèi)獨(dú)家提供RNA修飾測(cè)序一站式服務(wù)
云序生物提供比色法檢測(cè)整體m6A修飾水平、RNA修飾測(cè)序、MeRIP-qPCR驗(yàn)證、RIP和RNA pull-down機(jī)制等研究服務(wù)。2016年至今，檢測(cè)樣本數(shù)量累積超過(guò)5000+，MeRIP富集成功率高達(dá)98%以上。為解決客戶樣本量少的問(wèn)題，云序早已經(jīng)推出超微量MeRIP測(cè)序技術(shù)，500ng總RNA即可完成測(cè)序。特殊樣本如血清，血漿，外泌體和石蠟等也可進(jìn)行RNA修飾測(cè)序。
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