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如何提高PCR的擴增特異性

瀏覽次數(shù):2080 發(fā)布日期:2020-5-11  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
      疫情當(dāng)下,最熱頻的詞匯莫過于核酸檢測了。而核酸檢測最核心的技術(shù)也越來越被大眾所熟知,就是我們高中就學(xué)過的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),又稱為PCR。
 
       自從1983年,Kary Mullis才發(fā)明出這個用于擴增目標(biāo)DNA的研究工具—PCR技術(shù)后,其逐漸成為分子生物學(xué)研究必不可少的一部分,被廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、疾病診斷、農(nóng)業(yè)檢測和法醫(yī)調(diào)查等領(lǐng)域。而Kary Mullis也因這一發(fā)明獲得了1993年的諾貝爾化學(xué)獎。
 
       而熟悉PCR的同學(xué)們都知道,PCR之所以能夠在短時間內(nèi)將單個DNA分子擴增數(shù)百萬倍以便于下游實驗檢測,主要依靠這三個步驟連續(xù)多次循環(huán)而實現(xiàn):
 
      (1) DNA變性:首先對雙鏈DNA模板進行高溫加熱,使DNA雙鏈變性解離成單鏈;
 
      (2) 引物退火:被稱為引物的短DNA分子與目標(biāo)DNA的側(cè)翼區(qū)域結(jié)合;
 
      (3) 延伸擴增:DNA聚合酶沿著模板鏈將引物3’端進行延伸。將這些步驟重復(fù)(“循環(huán)”)25-35次,即可按指數(shù)方式獲得精確的目標(biāo)DNA拷貝。
 
 
       而PCR這項核心技術(shù)的核心是強大的DNA聚合酶,其在新DNA鏈合成中扮演著重要的角色,是PCR反應(yīng)不可或缺的組成部分,是保證PCR擴增產(chǎn)物特異性、熱穩(wěn)定性、保真度等方便的重要因素。
 
       而對目的基因進行PCR擴增的過程中,延伸錯配的非特異產(chǎn)物和引物二聚體的產(chǎn)生是PCR實驗中常遇到的問題,這些都與DNA聚合酶有關(guān)。因為這種非特異擴增會顯著降低目的基因擴增的產(chǎn)率和靈敏度,從而影響擴增結(jié)果的合理解釋和下游實驗應(yīng)用的成功。
 
       那么,問題來了,如何減少非特異性擴增?
 
       方案之一:在冰上配制PCR反應(yīng),這是我們經(jīng)常的操作。因為這樣有助于將DNA聚合酶的活性保持在低水平。
 
       但在PCR開始之前,依然可能會合成不需要的產(chǎn)物。
 
       另一個辦法是將DNA聚合酶的加入時間推遲到第一個循環(huán)的退火步驟。因為只有在90℃以上的初始變性步驟之后才能開始擴增,所以該技術(shù)被稱為“熱啟動”。所以后來為了避免非特異性擴增,科學(xué)家們開始進行手動熱啟動PCR反應(yīng),但是這個過程不僅費時費力,而且會增加樣品污染和降低實驗可重復(fù)性的風(fēng)險。
 
       后來,人們發(fā)明了具有熱啟動特性的DNA聚合酶,既抗體修飾的DNA聚合酶。
 
       這種DNA聚合酶通過對酶活性位點抗體修飾,抑制其在室溫下的活性,在初始高溫變性步驟(如,>90℃)階段,結(jié)合的抗體失活,從而激活DNA聚合酶。
 
    
 
       由于DNA聚合酶在室溫下的活性被抑制,所以,熱啟動技術(shù)為在室溫下配制多個PCR反應(yīng)體系提供了極大的便利,且不會影響特異性和擴增能力
 
       而BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0系列PCR試劑盒既是基于抗體修飾法的qPCR定量檢測試劑盒。
 
       BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0系列試劑盒采用了新型抗體修飾的BlazeTaq™熱啟動DNA聚合酶,室溫時酶的活性被抗體完全封閉,更有效地抑制非特異性擴增;反應(yīng)時只需95°C預(yù)變性30 s即可使酶完全被激活,可明顯地縮短qPCR反應(yīng)時間。此外,優(yōu)化的Buffer體系顯著提高Real Time PCR反應(yīng)的靈敏度和重復(fù)性,同時具有擴增效率高、特異性強、檢測范圍廣的特點,并能有效抑制引物二聚體的產(chǎn)生,使實驗結(jié)果更加可靠。
 
       本產(chǎn)品提供了一種通用的反應(yīng)條件及實驗操作流程,且推出帶有、或不帶有ROX參比染料的兩個版本供用戶選擇,適用于大多數(shù)熒光定量 PCR 儀。
 
       產(chǎn)品優(yōu)勢
 
       靈敏度高:可檢測低至5個拷貝數(shù)的DNA模板
       特異性強:抗體修飾熱啟動DNA聚合酶,更有效抑制引物二聚體以及非特異性擴增的產(chǎn)生
       擴增效率高:在寬廣的GC含量范圍內(nèi)能維持高擴增效率
       操作簡單:預(yù)先配好的5×預(yù)混液,反應(yīng)前只需加入模板、引物、滅菌水
       適用性廣:提供帶有或不帶有ROX的兩個版本可選,適用于大多數(shù)熒光定量PCR儀
 
   
     
        圖1. 使用BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0擴增8個10倍梯度稀釋的雙鏈DNA片段,DNA拷貝數(shù)范圍為5×107~5個拷貝。如圖所示,試劑盒顯示出高靈敏度的特性,在寬廣的定量范圍內(nèi)具有優(yōu)異的線性相關(guān)性。

競品產(chǎn)品性能對比:
 

 
       圖2.使用Hela細(xì)胞系的梯度稀釋的cDNA擴增B2M基因。BlazeTaq™(紅色)與BioRad SsoAdvanced™ Universal SYBR® Green Supermix(藍(lán)色)的性能對比顯示在相似擴增性能下,前者具有更強的信號。
 

 
       圖3. BlazeTaq™(紅色)與Powerup™ SYBR Green Master Mix(綠色)和Promega(藍(lán)色)GoTaq® QPCR Master Mix(綠色)的性能對比顯示,其靈敏度、擴增效率和特異性更高。
 
 
       圖4. Ct值比較。 使用BlazeTaq™(藍(lán)色),Applied Biosystems的PowerUp™ SYBR Green Master Mix(橙色)和來自Promega的GoTaq® qPCR Master Mix(灰色)擴增來自10 ng HeLa cDNA的41個基因。
 
 
       圖5.使用BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0分別擴增50個和5個拷貝數(shù)的同一個DNA模板,并設(shè)無模板對照(NTC組),每組qPCR反應(yīng)重復(fù)24次。結(jié)果顯示,試劑盒對低濃度模板的擴增實驗重復(fù)性好。cDNA的41個基因。
 
BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0擴增
 
圖6. 使用BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0分別擴增不同GC含量(GC含量范圍在39.3~61.2%之間)的DNA模板。結(jié)果顯示,各模板的擴增效率仍能維持在90%~110%之間,表明試劑盒對GC含量在一定范圍內(nèi)的DNA模板適用性廣。
 
產(chǎn)品名稱 描述 貨號 規(guī)格
BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix2.0 新型real-time PCR專用試劑,包含已優(yōu)化濃度的抗體修飾Hot-start DNA聚合酶、Buffer、dNTP、Mg2+和SYBR Green的混合試劑,以及ROX參比染料 QP031 20ul體系×200次qPCR反應(yīng)
QP032 20ul體系×600次qPCR反應(yīng)
QP033 20ul體系×1200次qPCR反應(yīng)
BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix2.0 (without ROX) 新型real-time PCR專用試劑,包含已優(yōu)化濃度的抗體修飾Hot-start DNA聚合酶、Buffer、dNTP、Mg2+和SYBR Green的混合試劑 QP041 20ul體系×200次qPCR反應(yīng)
QP042 20ul體系×600次qPCR反應(yīng)
QP043 20ul體系×1200次qPCR反應(yīng)
 
       艾美捷科技有限公司,通過提供完整的產(chǎn)品和服務(wù)體系、便利的客戶關(guān)系和供應(yīng)鏈管理,為生命科學(xué)研究工作者提供整體打包方案。我們的企業(yè)的核心價值觀:“激情、敬業(yè)、學(xué)習(xí)、創(chuàng)新、合作、卓越”。激發(fā)我們內(nèi)在的創(chuàng)造力,提供有競爭力的生物醫(yī)學(xué)產(chǎn)品和服務(wù),持續(xù)為客戶創(chuàng)造最大價值是我們的企業(yè)使命。我們的企業(yè)愿景是成為受人尊重、世界一流的生物醫(yī)學(xué)產(chǎn)品及服務(wù)供應(yīng)商。
 
       作為一家具有尖端的技術(shù)實力、一流的經(jīng)營管理水平和完善的市場銷售體系的生物高科技企業(yè),總部位于武漢光谷國家級高新技術(shù)開發(fā)區(qū),服務(wù)面向全國。艾美捷科技是集進口試劑、實驗室耗材銷售、技術(shù)服務(wù)與合約開發(fā)為一體的專業(yè)化高科技公司,為用戶提供最前沿的專業(yè)資訊、完備的產(chǎn)品、整合的解決方案,及優(yōu)質(zhì)的物流服務(wù)。
 
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        三點:
       企業(yè)使命:激發(fā)我們內(nèi)在的創(chuàng)造力,提供有競爭力的生物醫(yī)學(xué)產(chǎn)品和服務(wù),持續(xù)為客戶創(chuàng)造最大價值。
       企業(yè)愿景:成為受人尊重、世界一流的生物醫(yī)學(xué)產(chǎn)品及服務(wù)供應(yīng)商。
       艾美捷定位:通過提供完整的產(chǎn)品和服務(wù)體系、便利的客戶關(guān)系和供應(yīng)鏈,為生命科學(xué)研究工作者提供整體打包方案。
        六觀
        價值觀激情、敬業(yè)、學(xué)習(xí)、創(chuàng)新、合作、卓越。

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