云序生物客戶發(fā)表的首篇吉西他濱耐藥胰腺導管癌環(huán)狀RNA文章導讀
本篇文章主要研究的藥物是吉西他濱，其主要應用于晚期胰腺癌病人的治療，可是若病人對此類藥物產(chǎn)生了耐藥反應，那勢必會影響患者的生活質(zhì)量，甚至生命。目前，對于吉西他濱對胰腺癌耐藥機制研究尚不明朗。作者首先構(gòu)建了對吉西他濱耐藥細胞系，并通過全轉(zhuǎn)錄組測序比較了耐藥與正常細胞系之間環(huán)狀RNA的表達譜。通過生信分析，快速找到10條感興趣且差異表達的環(huán)狀RNA，驗證結(jié)果與測序結(jié)果一致。選取兩條在吉西他濱耐藥患者中顯著高表達的環(huán)狀RNA，在40例臨床血漿樣本中進行驗證，發(fā)現(xiàn)兩者表達模式不變。環(huán)狀RNA和miRNA網(wǎng)絡圖顯示兩者可能結(jié)合的miRNA。沉默及過表達實驗證實這些環(huán)狀RNA可能影響吉西他濱耐藥細胞系的功能。總的來說，本篇文章提供了一種研究吉西他濱耐藥新的分子標志物。
期刊：frontiers in Pharmacology
影響因子：3.8
服務內(nèi)容：全轉(zhuǎn)錄組測序（云序生物提供）
樣本：1. 吉西他濱耐藥胰腺癌細胞系和未做處理胰腺癌細胞系，樣本量：3 vs 3
2. 耐藥病人血漿和健康人血漿，樣本量：20 vs 20
發(fā)表時間：2018年6月
文章內(nèi)容：
首先，作者通過MTT法檢測不同濃度吉西他濱處理細胞株細胞的活性，確定了半抑制濃度后，借助增殖曲線證實此種藥物能夠抑制細胞增殖。此外，作者還檢測了在大多耐藥細胞株中普遍高表達的標志物MDR1基因的表達量，發(fā)現(xiàn)其的確在耐藥PANC-1細胞系中高表達。以上結(jié)果都證實，耐藥細胞株構(gòu)建成功。
作者通過高通量測序技術(shù)，分別檢測了耐藥細胞株和正常細胞株中環(huán)狀RNA的差異，共檢測到126個環(huán)狀RNA（差異倍數(shù)≥2倍，P值≤0.05），其中68個環(huán)狀RNA差異上調(diào)，58個環(huán)狀RNA差異下調(diào)。對差異環(huán)狀RNA的來源基因進行GO和KEGG通路預測，發(fā)現(xiàn)了與免疫相關(guān)的GO條目和信號通路。
作者選取差異表達前10的環(huán)狀RNA進行環(huán)狀RNA定量PCR（云序生物提供），驗證結(jié)果為7個在耐藥細胞株中高表達，3個低表達與測序結(jié)果一致，準確性高達100%，說明測序結(jié)果是真實可靠的。
作者選取了其中差異高表達的2條環(huán)狀RNA（上圖標*的），以一條差異不顯著的環(huán)狀RNA為對照組，臨床樣本擴大至20例臨床耐藥和20例不耐藥進行定量PCR，發(fā)現(xiàn)與測序結(jié)果一致。
作者通過TargetScan軟件對這兩個環(huán)狀可能吸附的miRNA進行預測，挑選結(jié)合力最強的miRNA進行miRNA定量PCR（云序生物提供）實驗，發(fā)現(xiàn)miR19a-3p，miR138-5p和miR145-5p在臨床樣本耐藥組中低表達。
6. 環(huán)狀RNA抑制耐藥胰腺癌細胞對藥物的敏感性和促進對照組胰腺癌細胞的耐藥性
為研究前面篩選到的環(huán)狀，作者分別構(gòu)建siRNA，在耐藥細胞系中進行干擾實驗，發(fā)現(xiàn)環(huán)狀能夠促進耐藥細胞系對藥物的敏感性，并影響凋亡的能力。過表達實驗證實兩個環(huán)狀在對照組癌細胞中影響了細胞的耐藥性。
總結(jié)：
總的來說，本篇文章首先驗證了吉西他濱在胰腺癌細胞中的功能，接著構(gòu)建耐藥與正常胰腺癌細胞株進行全轉(zhuǎn)錄組測序，從測序結(jié)果中篩選到10條差異表達最明顯的環(huán)狀RNA。通過對臨床樣本的低通量驗證，得到2條在耐藥細胞系中高表達的環(huán)狀RNA，預測其結(jié)合的miRNA。最后，分別敲降和過表達這兩個環(huán)狀，證實兩者都參與了細胞耐藥的過程。
全文鏈接：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5996282/
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