測序技術(shù)的引入促使miRNA研究領(lǐng)域進(jìn)入快速發(fā)展階段，然而qPCR仍是驗證測序數(shù)據(jù)的重要標(biāo)準(zhǔn)。本文將為您介紹使用qPCR進(jìn)行miRNA分析的基本要點，希望能幫助新人快速入門。

什么是miRNA？

miRNA是一類小的非編碼RNA，能夠與RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物（RISC）結(jié)合，通過作用于mRNA，進(jìn)而介導(dǎo)轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)。通常情況下，miRNA-RICS復(fù)合物能夠通過阻斷靶標(biāo)miRNA的翻譯或促使其降解，從而起到抑制mRNA表達(dá)的作用。多數(shù)miRNA長度約為18‒22個核苷酸，在樣本中的總RNA量中僅占很小的一部分。通常認(rèn)為總RNA中miRNA的量大約為0.01%(1)。

經(jīng)過多年研究，一些mRNA與其相應(yīng)miRNA之間的調(diào)控作用已經(jīng)取得了較多的數(shù)據(jù)積累。miRNA參與的生物過程包括分化、發(fā)育、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和宿主感染應(yīng)答。此外，多項研究結(jié)果表明，miRNA表達(dá)失調(diào)是癌癥等疾病的病因，或是某些疾病的指標(biāo)。循環(huán)miRNA表達(dá)與疾病有關(guān)，并且血清和血漿中能作為檢測樣本來源，因此循環(huán)miRNA極有潛力成為疾病相關(guān)生物標(biāo)志物。

目前的miRNA檢測技術(shù)

探究miRNA在細(xì)胞水平的功能和轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控機制，必須采用適宜的檢測方法。目前常用的方法包括定量real-time PCR、深度測序和微芯片。每種方法都有其各自的優(yōu)缺點，下文會為您詳細(xì)說明。

定量逆轉(zhuǎn)錄PCR（RT-qPCR）

在《Annual Review of Analytical Chemistry》的一篇文章中提到，“如果選擇一種方法作為miRNA檢測的金標(biāo)準(zhǔn)，則非RT-qPCR莫屬。(1)”之所以這樣說，是因為qPCR的多項特性都滿足miRNA檢測的關(guān)鍵要求：該方法準(zhǔn)確且經(jīng)濟(jì)，無需大量的樣本，并且檢測范圍靈活。使用qPCR檢測RNA時，需要留意若干重要因素，包括RNA的純度與質(zhì)控、cDNA合成、引物設(shè)計、檢測和數(shù)據(jù)均一化。檢測血液中的miRNA時，數(shù)據(jù)均一化較為挑戰(zhàn)，需要特別考量以進(jìn)行有效的均一化化并獲得有意義的數(shù)據(jù)結(jié)果。

1 第一步：cDNA合成

RT-qPCR的第一步是將樣本中提取的RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA。這一步通常面臨的問題包括：(1)模板僅有大約22個核苷酸，(2)成熟體miRNA、前體miRNA和初級轉(zhuǎn)錄物并存。

目前逆轉(zhuǎn)錄miRNA主要有兩種方法：

• -使用不同miRNA的特異性引物進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄

• -使用樣本中所有miRNA的通用引物進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄

每種方法都有各自的優(yōu)勢和缺點。miRNA特異性逆轉(zhuǎn)錄引物能夠有效降低背景噪音，而通用引物則適合于同時研究多種不同miRNA的情況。通用引物通常需要加入poly(A)尾巴和oligo-dT引物，為后續(xù)所有miRNA的cDNA同時合成提供基礎(chǔ)。QIAGEN的miScript II RT Kit能夠進(jìn)行簡便的一步法cDNA合成，實現(xiàn)對樣本中所有miRNA的檢測。該試劑盒含有兩種緩沖液miScript HiSpec Buffer和miScript HiFlex Buffer，能夠特異性的只逆轉(zhuǎn)錄成熟體miRNA或?qū)⑷�部RNA轉(zhuǎn)化為cDNA，以滿足不同的研究需求。

2 第二步：miRNA特異性引物設(shè)計

cDNA合成后，即可開始qPCR。在qPCR中需要使用合適的引物。目前常用的兩種miRNA qPCR熒光染料為SYBR Green和雙標(biāo)記水解探針。

SYBR Green為嵌入型染料，結(jié)合在DNA的堿基之間。結(jié)合到dsDNA上之后，熒光強度增強約100倍，實現(xiàn)PCR過程中對擴增產(chǎn)物的檢測。SYBR Green方法的顯著優(yōu)勢是無需為不同miRNA設(shè)計特異性探針。然而由于SYBR Green法會檢測到非特異性PCR產(chǎn)物和引物二聚體，需要通過熔點或熔解曲線分析驗證反應(yīng)特異性。在溫度從65⁰C到95⁰C的逐漸升溫過程中，記錄熒光強度，當(dāng)DNA鏈開始解離時，熒光強度降低(2)。如果熔解曲線只有一個峰，則表示反應(yīng)中未生成非特異性擴增產(chǎn)物。

與SYBR Green法不同，雙標(biāo)記水解探針不會檢測非特異性PCR產(chǎn)物，但使用序列特異性探針時PCR特異性仍然不容忽視——人工產(chǎn)物會致使真正的PCR產(chǎn)物產(chǎn)量降低。特異性產(chǎn)物和人工產(chǎn)物對于反應(yīng)成分的競爭，可能會影響分析靈敏度和效率。

3 第三步：內(nèi)參RNA的選擇與數(shù)據(jù)均一化

為通過real-time PCR達(dá)到準(zhǔn)確、可重復(fù)的miRNA定量結(jié)果，需要采用合適的內(nèi)源性參比miRNA對被測miRNA的量進(jìn)行均一化。這一方法被稱為相對定量。均一化能夠避免不準(zhǔn)確的定量結(jié)果，并且可實現(xiàn)不同實驗和不同樣本檢測結(jié)果之間的直接比較。用于real-time PCR miRNA檢測數(shù)據(jù)均一化化的理想內(nèi)參RNA應(yīng)滿足以下要求：

• -研究所涉及的所有樣本具有穩(wěn)定的表達(dá)水平

• -大小與被測miRNA相似

• -表達(dá)水平與被測miRNA相似

• -在實驗條件下表達(dá)水平不會被調(diào)控

• -內(nèi)源性參比RNA和miRNA的引物應(yīng)具有相似的擴增效率（接近100%）

QIAGEN的miScript PCR Controls滿足以上各項要求，能夠通過ΔΔCT方法對人類、大鼠、小鼠和狗等多物種的miRNA進(jìn)行準(zhǔn)確、可靠的相對定量。

QIAGEN在miRNA等非編碼RNA的定量及功能研究領(lǐng)域均有十分全面的解決方案，適用于單細(xì)胞、循環(huán)體液、FFPE、exosomes等多種疑難樣本中miRNA的全面研究，檢測體系操作簡單并完全經(jīng)過實驗驗證，確保結(jié)果的準(zhǔn)確獲得。

二代測序/RNA-seq