看MRC的科學(xué)家如何快速、直接進行大分子結(jié)晶條件優(yōu)化
瀏覽次數(shù):6271 發(fā)布日期:2015-8-18
來源:騰泉生命科技
簡介
X-ray晶體學(xué)方法是目前獲得生物大分子結(jié)構(gòu)的最有效手段。但是想要從純化的蛋白、核酸或是大分子復(fù)合物獲得晶體需要面臨巨大的挑戰(zhàn)。與繁復(fù)冗長的實驗設(shè)置和過程相伴的往往是極低的實驗成功率。首先,研究者會用購買商品化的試劑盒,在一個廣泛的范圍內(nèi)對純化的樣品進行一輪結(jié)晶條件的初步篩選。然后,再根據(jù)具體的實驗情況進行一輪優(yōu)化篩選,以便重復(fù)和改善初步篩選時獲得的結(jié)果。通過優(yōu)化的條件,得到高質(zhì)量的晶體,就可以獲得可靠的X-ray衍射數(shù)據(jù),從何解析出高分辨率的結(jié)構(gòu)。
通常,優(yōu)化篩選使用傳統(tǒng)的液體加樣器,由手工來完成。整個過程會非常地耗時。另外,常用的儲液含有低表面張力或是高粘度的組份,如PEGs。這些因素經(jīng)常會導(dǎo)致加樣不準確和交叉污染的發(fā)生。
MRC分子生物學(xué)實驗室的科學(xué)家使用英國TTP Labtech全新研發(fā)的全自動液體處理工作站—dragonfly,輕松克服了上述阻礙,全自動優(yōu)化得到了三種不同蛋白質(zhì)樣本的結(jié)晶。這臺創(chuàng)新型的儀器使用固相置換技術(shù)和非接觸式加樣原理,不僅可以杜絕交叉污染的發(fā)生,對所有類型的液體(包括極其粘稠的甘油)當加樣精度達到1 μL級別時,CV值都控制在5%以內(nèi),確保準確加樣。研究人員可以在任意一種SBS加樣板中,快速簡便地制備自己需要的篩選條件。一塊包含96種篩選條件的加樣板,可以在3-6分鐘的時間內(nèi)制備完成。
實驗材料和方法
Lysosyme、Concanavalin A以及Catalase的蛋白樣品按照報道的方法進行準備,并完成了初步篩選。
按照不同蛋白得到的初步篩選條件,沉淀劑(PEG)和添加劑(如:propanediol)的濃度以對角線梯度的方式升高或是降低,從而進一步優(yōu)化篩選條件。這樣的加樣方式可以在結(jié)晶板內(nèi)產(chǎn)生兩種不同試劑的濃度梯度,每個孔內(nèi)所需要添加的不同儲液量都會自動依次分配。每種蛋白都會嘗試3種不同的pH條件,用dragonfly準備9塊含有不同篩選條件的加樣板。
將這9塊篩選板放在水平搖床上混勻,用mosquito直接進行蛋白溶液和篩選液的混合加樣(100 nL + 100 nL)。每天進行培養(yǎng)觀察,三周后獲得了生長出的晶體照片。
結(jié)果
每塊優(yōu)化篩選板的準備時間都不超過4.5分鐘。經(jīng)過7天得培養(yǎng),每塊板中都可以觀察到3到15個孔內(nèi)有晶體生長。
晶體成核和生長的條件都通過調(diào)節(jié)溶液的濃度和pH值的方法進行優(yōu)化。通過這種方式,獲得了大量的單個大體積的晶體。結(jié)構(gòu)解析和配體結(jié)合的研究過程中,往往會發(fā)生嚴重的晶體丟失的現(xiàn)象。大量晶體的獲得可以克服這個研究的瓶頸。
小結(jié)
dragonfly已被證明可以快速有效地在96孔內(nèi)完成結(jié)晶條件的制備工作。與傳統(tǒng)的手工加樣相比,dragonfly制備優(yōu)化篩選條件的速度提高了至少3倍。
dragonfly采用的固相置換和非接觸式加樣技術(shù)確保了任意黏度液體的加樣準確性,同時還杜絕了交叉污染的發(fā)生。儀器的設(shè)置和運行十分簡單便捷,不需要復(fù)雜的培訓(xùn)就可以讓不同的使用者獨立進行實驗操作。伴隨著實驗的成功,用dragonfly配制優(yōu)化篩選條件已經(jīng)成為了MRC分子生物學(xué)實驗室進行進行篩選的日常實驗手段。使MRC的科學(xué)家可以快速、直接進行大分子結(jié)晶條件優(yōu)化。
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