各有關(guān)單位：
蛋白質(zhì)通常被稱為生命的基石，它們幾乎參與了細(xì)胞內(nèi)的每一個(gè)過程，包括生長、分裂和修復(fù)。蛋白質(zhì)是生命活動(dòng)的體現(xiàn)者，其結(jié)構(gòu)決定著功能。由線性氨基酸組成的蛋白質(zhì)需要折疊成特定的空間結(jié)構(gòu)才具有相應(yīng)的生理活性和生物學(xué)功能。解析蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)可以更準(zhǔn)確地認(rèn)識(shí)蛋白質(zhì)的功能、功能的執(zhí)行、及生物大分子間的相互作用。然而，隨著人工智能及大數(shù)據(jù)的快速發(fā)展，蛋白質(zhì)可以通過人工智能設(shè)計(jì)從而解鎖更多的功能，這在食品學(xué)、醫(yī)學(xué)和藥學(xué)的發(fā)展(如多肽、酶、藥物靶點(diǎn)的設(shè)計(jì)等）具有重要意義。因此，為了進(jìn)一步挖掘蛋白質(zhì)新功能與充分發(fā)揮人工智能在醫(yī)藥及生物領(lǐng)域的快速發(fā)展，協(xié)會(huì)決定于2024年12月27-29日在線上（小鵝通平臺(tái)）舉辦“第二期基于AI的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析與智能設(shè)計(jì)專題培訓(xùn)班。”屆時(shí)將邀請(qǐng)行業(yè)內(nèi)知名專家針對(duì)相關(guān)內(nèi)容進(jìn)行講解與探討。參會(huì)名額有限，望各有關(guān)單位積極轉(zhuǎn)發(fā)或組織相關(guān)人員盡快報(bào)名參加�，F(xiàn)將有關(guān)事項(xiàng)通知如下：

一、會(huì)議安排：
直播平臺(tái)：小鵝通在線直播平臺(tái)
12月27日：下午15：00-15：30平臺(tái)網(wǎng)絡(luò)及設(shè)備測(cè)試
12月28日-29日：上午9：00-12：00，下午14：00-17：00培訓(xùn)課程（詳情參考附件一）
二、培訓(xùn)形式
理論講解，實(shí)例分析，專題講授，互動(dòng)答疑
三、組織機(jī)構(gòu)
主辦單位：中國化工企業(yè)管理協(xié)會(huì)醫(yī)藥化工專業(yè)委員會(huì)
承辦單位：中科凱晟化工技術(shù)研究院/藥成材在線直播平臺(tái)
四、培訓(xùn)課程及專家情況（詳情參考附件一）
五、培訓(xùn)對(duì)象
1.蛋白質(zhì)工程領(lǐng)域科研單位專家及學(xué)者；
2.醫(yī)學(xué)、藥學(xué)及食品學(xué)院校及企業(yè)蛋白質(zhì)功能開發(fā)負(fù)責(zé)人；
3.生物及化工工程領(lǐng)域從業(yè)工作者。
六、會(huì)議費(fèi)用
4000元/單位，可投屏全員觀看（含5個(gè)直播鏈接、2本資料、1個(gè)月有效期回放）
七、問題及報(bào)告征集（截止到12月20日）：
請(qǐng)?jiān)诨貓?zhí)表問題征集欄填寫您所關(guān)注及遇到的問題，我們會(huì)及時(shí)與講師溝通，以便講師在備課時(shí)更具備針對(duì)性。
八、聯(lián)系方式：
電    話：13001080157（同微信）         
聯(lián) 系 人：趙老師               
電子郵箱：zghg2012@126.com
 
附件一：會(huì)議課程安排表
附件二：參會(huì)報(bào)名表    

12月27日下午15：00-15：30線上測(cè)試

（第一天）12月28日，  上午9:00-12:00;  下午14:00-17:00

《結(jié)合AI的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析與預(yù)測(cè)》 1、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的重要性、結(jié)合AI的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析方法與實(shí)踐（3h）； 1.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)AI預(yù)測(cè)軟件介紹，優(yōu)缺點(diǎn)、精度、適用條件(陳榮昌 30min)。 1.2 AI時(shí)代的結(jié)構(gòu)解析特點(diǎn)和流程( SPA、結(jié)晶、NMR技術(shù)方案選擇依據(jù)，AI帶來的便利性,基本流程介紹)--楊銀龍 60min 1.3  AI時(shí)代服務(wù)于結(jié)構(gòu)解析的蛋白樣品制備(程洪金 60min) 1.3.1表達(dá)方案制定依據(jù)、表達(dá)體系選擇、質(zhì)粒標(biāo)簽選擇。 1.3.2經(jīng)典案例。 2、結(jié)合AI的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、優(yōu)化途徑與實(shí)踐（3h）。 2.1 AI模型對(duì)于結(jié)構(gòu)解析的幫助，帶來的好處。AI蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)軟件使用 alphafold2 ,alphafold3使用。 2.2 AI模型用于結(jié)構(gòu)解析案例實(shí)際操作（晶體 prfaH） 2.3 AI模型用于結(jié)構(gòu)解析案例實(shí)際操作（SPA 煙草花葉病毒） 2.4晶體結(jié)構(gòu)質(zhì)量的評(píng)價(jià)指標(biāo)、PDB數(shù)據(jù)提交等數(shù)據(jù)發(fā)表 楊老師，山東第一醫(yī)科大學(xué)碩士研究生，在蛋白表達(dá)純化，晶體培養(yǎng)和結(jié)構(gòu)解析方面擁有豐富科研經(jīng)驗(yàn)，目前在青云瑞晶擔(dān)任項(xiàng)目經(jīng)理一職。曾參與多個(gè)國家基金項(xiàng)目的申請(qǐng)和開展，學(xué)習(xí)期間主要從事細(xì)菌和病毒致病蛋白的結(jié)構(gòu)和功能研究，后續(xù)在清華大學(xué)藥學(xué)院學(xué)習(xí)藥物功能研究和真核蛋白表達(dá)純化。先后參與發(fā)表Cell Reprot論文2篇，Cancer Immunology Research論文1篇，Nucleic Acids Research論文1篇。 程老師，碩士畢業(yè)于天津科技大學(xué)制藥工程專業(yè)。曾就職于濰坊制藥廠、青島漢唐生物科技有限公司。全面負(fù)責(zé)蘇州青云瑞晶表達(dá)純化部門工作，主要從事重組蛋白的表達(dá)與純化工作，掌握大腸桿菌、昆蟲細(xì)胞、哺乳動(dòng)物細(xì)胞、酵母細(xì)胞等多種表達(dá)系統(tǒng)蛋白的表達(dá)，熟練掌握各種純化方式(親和純化、離子柱及分子篩純化)。熟悉整個(gè)靶標(biāo)蛋白的獲得及制備流程，從基因到蛋白表達(dá)純化，再到晶體結(jié)構(gòu)功能研究，整個(gè)領(lǐng)域不僅掌握了相關(guān)的致病機(jī)理，還從微觀原子結(jié)構(gòu)進(jìn)行解釋。累計(jì)完成150余個(gè)靶點(diǎn)蛋白的評(píng)估方案制定及制備，為下游結(jié)構(gòu)解析提供支持。累計(jì)交付蛋白CRO客戶100+以上。熟 練 使 用 SnapGene ，Geneious，Pymol 等分子結(jié)構(gòu)相關(guān)軟件。 熟練使用Origin，office，PS，Ai 等作圖辦公軟件。 傅老師，畢業(yè)于美國東北大學(xué)。曾就職于默克集團(tuán)，上海維亞生物公司�，F(xiàn)于青云瑞晶全面負(fù)責(zé)X-ray晶體學(xué)結(jié)構(gòu)解析工作，有豐富的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析經(jīng)驗(yàn),每年處理大分子晶體數(shù)據(jù)2000+，交付精修大分子晶體結(jié)構(gòu)500+，精通用計(jì)算機(jī)腳本搭建結(jié)構(gòu)解析管線，精通結(jié)構(gòu)解析相關(guān)軟件phenix、coot、 CCP4、XDS、 CrysAlisPro、DIALS及pymol。精通aphlafold2、aphlafold3、schrodinger、MOE等軟件的使用。在處理多晶、孿晶、tNCS等數(shù)據(jù)積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)。精通特殊模型搭建(共價(jià)修飾)及PDB數(shù)據(jù)提交，成功幫助客戶提交PDB結(jié)晶50+。精通Cryosparc、relion軟件。 陳老師，博士，蘇州青云瑞晶生物科技有限公司，結(jié)構(gòu)生物學(xué)負(fù)責(zé)人。畢業(yè)于中國科學(xué)院生物物理研究所結(jié)構(gòu)生物學(xué)專業(yè)，師從葉克窮教授從事RNA蛋白質(zhì)復(fù)合物的結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究。從2009年開始蛋白質(zhì)RNA復(fù)合物的結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究，有10年以上的蛋白質(zhì)表達(dá)純化及結(jié)構(gòu)解析經(jīng)驗(yàn)。在Elife、Nature Communication、Angewandte、Nucleic Acids Research等雜志發(fā)表多篇文章。在北京大學(xué)深圳研究生院、北京生命科學(xué)研究所和北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院均進(jìn)行過研究工作。在北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院博士后工作期間，解析了重要疾病靶點(diǎn)和小分子的結(jié)構(gòu)，積累了豐富經(jīng)驗(yàn)。

（第二天）12月29日，  上午9:00-12:00;   下午14:00-15:30

《數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的功能蛋白挖掘與工程化》1.3h 9：00-10：10 1.數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的合成生物學(xué)技術(shù)。 2.基因編輯工具的介紹。 3.工具酶的挖掘與改造。 4.蛋白材料的設(shè)計(jì)與改造。 姚老師，浙江大學(xué)杭州國際科創(chuàng)中心“百人計(jì)劃”研究員，合成生物學(xué)研究所副所長。聚焦數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的基因編輯技術(shù)、蛋白設(shè)計(jì)與進(jìn)化技術(shù)，基于遺傳多樣性的暗物質(zhì)挖掘與進(jìn)化技術(shù)，并應(yīng)用于生物醫(yī)藥和化學(xué)工程等領(lǐng)域。共主持科研項(xiàng)目13項(xiàng)（包括國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃課題，國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目等6項(xiàng)國家級(jí)項(xiàng)目），共發(fā)表SCI論文50篇。近5年，以通訊作者在Nature Chemical Biology, Advanced Functional Materials等期刊發(fā)表SCI論文30篇。申請(qǐng)國家發(fā)明專利10件。聯(lián)合國內(nèi)醫(yī)藥上市公司和領(lǐng)軍企業(yè)實(shí)現(xiàn)技術(shù)產(chǎn)業(yè)化1項(xiàng)。擔(dān)任Science合作期刊BioDesign Research編委等學(xué)術(shù)職務(wù)。 《人工智能在酶蛋白設(shè)計(jì)中的應(yīng)用》1.7h 10：20-12：00 1.開場(chǎng) (10分鐘)：概述課程涵蓋的工具及其在蛋白質(zhì)工程中的重要性 2.工具概覽及安裝 (15分鐘) （1）介紹將使用的工具：簡要介紹ESM模型、ProteinMPNN、MutCompute、MLDE、CLADE等 （2）工具的獲取與安裝：如何下載和安裝這些工具、基本的系統(tǒng)要求和配置注意事項(xiàng) 3.使用蛋白質(zhì)語言模型 (20分鐘) （1）ESM模型使用基礎(chǔ)：如何配置和啟動(dòng)ESM模型、輸入數(shù)據(jù)的格式和準(zhǔn)備 （2）實(shí)作演示：演示如何用ESM預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 4.基于結(jié)構(gòu)優(yōu)化算法的設(shè)計(jì) (20分鐘) （1）ProteinMPNN和MutCompute：基本工作流程和使用場(chǎng)景 （2）實(shí)作演示：通過案例展示如何用ProteinMPNN進(jìn)行蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)、運(yùn)用MutCompute優(yōu)化酶的活性和穩(wěn)定性 5.監(jiān)督學(xué)習(xí)算法在酶工程中的應(yīng)用 (20分鐘) （1）MLDE和CLADE概述：講解核心原理、應(yīng)用范圍、基本工作流程 （2）實(shí)作演示：演示如何通過MLDE進(jìn)行酶功能優(yōu)化、CLADE的實(shí)際使用案例 6.結(jié)尾與問答環(huán)節(jié) (15分鐘) （1）總結(jié)工具使用技巧 歸納不同工具的最佳使用場(chǎng)景和優(yōu)劣勢(shì) （2）互動(dòng)問答 解答學(xué)員在工具使用過程中的常見問題。 于老師，男，浙江大學(xué)“百人計(jì)劃”研究員，博士生導(dǎo)師，浙大杭州國際科創(chuàng)中心合成生物學(xué)研究所副所長。本科、碩士畢業(yè)于天津大學(xué)，博士畢業(yè)于英國倫敦大學(xué)學(xué)院。主要研究方向包括蛋白質(zhì)工程、酶分子智能設(shè)計(jì)等，在PNAS，Angew Chem Int Edit等期刊發(fā)表40余篇論文，授權(quán)發(fā)明專利5項(xiàng)，主持及承擔(dān)國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目、國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃“合成生物學(xué)”重點(diǎn)專項(xiàng)、浙江省尖兵領(lǐng)雁項(xiàng)目等。擔(dān)任英國皇家化學(xué)學(xué)會(huì)會(huì)員，中國生物工程學(xué)會(huì)合成生物學(xué)分會(huì)青年工作組委員等，兼任BioDesign Research期刊青年編委，Science Advances, Nature Communications, ACS Catalysis等雜志審稿人。

《基于AI的酶蛋白元件之改造與設(shè)計(jì)》1.5h 14:00-15:30 1.無監(jiān)督蛋白改造及案例解析； 2.基于小樣本的蛋白改造及案例解析； 3.蛋白從頭設(shè)計(jì)及案例解析； 廖老師，中國科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所研究員。主要圍繞工業(yè)生物大數(shù)據(jù)智能分析展開研究，開發(fā)核心的數(shù)據(jù)庫、算法和工具。構(gòu)建糖基轉(zhuǎn)移酶數(shù)據(jù)庫pUGTdb、大腸桿菌代謝調(diào)控圖譜ERMer等系列數(shù)據(jù)庫；發(fā)展新一代蛋白功能預(yù)測(cè)算法HDMLF、酶挖掘與評(píng)估工具REME等系列AI算法。近年來在Nucleic Acids Research、Science Advances、Molecular Plant、Research等國內(nèi)外高水平期刊發(fā)表文章50余篇，引用2000余次。主持基金委交叉重點(diǎn)專項(xiàng)、中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)專項(xiàng)課題等多項(xiàng)國家級(jí)、省部級(jí)項(xiàng)目.