植物樣本細胞核分離試劑盒應用案例：楊樹莖抽核及單細胞數(shù)據(jù)實測
楊樹莖抽核及單細胞數(shù)據(jù)實測
植物作為一種固基生物，需要通過其自身的轉(zhuǎn)錄程序來應對日常環(huán)境暴露和面臨的挑戰(zhàn)。不同的細胞類型在植物發(fā)育和應對環(huán)境挑戰(zhàn)中具有不同的生物學作用。精準解析植物不同組織器官的細胞圖譜及功能有助于更好的理解其生物學作用機制。但是，由于植物細胞存在細胞壁，液泡且細胞大小不均一。導致植物的單細胞RNA測序（scRNA-seq）不能被廣泛的推廣應用。盡管通過分離原生質(zhì)體可以實現(xiàn)scRNA-seq。但是原生質(zhì)體的分離也有很大挑戰(zhàn)。例如，不同物種和組織之間細胞壁中有機大分子的復雜成分需要特定的酶成分和濃度來水解細胞壁。同時，樣品與酶的接觸面積也會影響分離效率，并且原生質(zhì)體的大尺寸降低了細胞的捕獲效率。其次，植物細胞大小的差異很大，再加上滲透壓對細胞大小的影響，可能導致實驗偏差。因此，單細胞核RNA測序（snRNA-seq）是目前可以解決以上問題的最有效的方法。
楊樹莖單細胞核測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
（Cell Ranger）
捕獲細胞核數(shù)13594個，單個細胞中位基因達1559，數(shù)據(jù)符合質(zhì)控要求。
植物作為一種固基生物，需要通過其自身的轉(zhuǎn)錄程序來應對日常環(huán)境暴露和面臨的挑戰(zhàn)。不同的細胞類型在植物發(fā)育和應對環(huán)境挑戰(zhàn)中具有不同的生物學作用。精準解析植物不同組織器官的細胞圖譜及功能有助于更好的理解其生物學作用機制。但是，由于植物細胞存在細胞壁，液泡且細胞大小不均一。導致植物的單細胞RNA測序（scRNA-seq）不能被廣泛的推廣應用。盡管通過分離原生質(zhì)體可以實現(xiàn)scRNA-seq。但是原生質(zhì)體的分離也有很大挑戰(zhàn)。例如，不同物種和組織之間細胞壁中有機大分子的復雜成分需要特定的酶成分和濃度來水解細胞壁。同時，樣品與酶的接觸面積也會影響分離效率，并且原生質(zhì)體的大尺寸降低了細胞的捕獲效率。其次，植物細胞大小的差異很大，再加上滲透壓對細胞大小的影響，可能導致實驗偏差。因此，單細胞核RNA測序（snRNA-seq）是目前可以解決以上問題的最有效的方法。
為響應客戶對植物細胞核分離的需求，伯豪生物自主研發(fā)上市的伯優(yōu)®植物樣本細胞核分離試劑盒，在裂解細胞的同時，保持了細胞核膜的穩(wěn)定，并可以有效減少碎片、次生代謝產(chǎn)物的殘留及細胞核結(jié)團或聚集等現(xiàn)象。目前，我們已經(jīng)針對禾本科，十字花科，楊柳科，百合科，豆科等9個科的11個物種進行了細胞核分離方法建立，包括的小麥、玉米，油菜，番茄、枸杞，楊樹，洋蔥，菜豆等。下面給大家分享楊樹莖的細胞核分離數(shù)據(jù)：
楊樹莖RNA質(zhì)檢結(jié)果：RIN:9.2
楊樹莖抽核結(jié)果：
(1) 細胞核數(shù)：26萬左右
(2) 碎片率：25%
(3) 結(jié)團率：3%
楊樹莖單細胞核測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
（Cell Ranger）
捕獲細胞核數(shù)13594個，單個細胞中位基因達1559，數(shù)據(jù)符合質(zhì)控要求。
植物樣本單細胞實驗的成功不僅來源于試劑的穩(wěn)定性，更源自于經(jīng)驗的累積。不同植物樣本的嘗試，成百上千次的植物細胞核抽提，都會使成功概率一點點提升。我們不僅只成功了這一例，后續(xù)會有更多植物樣本類型的數(shù)據(jù)結(jié)果也會依次放出，大家敬請期待！
做植物單細胞抽核選擇伯豪生物指定行！
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