植物樣本細(xì)胞核分離試劑盒應(yīng)用案例:楊樹(shù)莖抽核及單細(xì)胞數(shù)據(jù)實(shí)測(cè)
瀏覽次數(shù):188 發(fā)布日期:2024-12-20
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楊樹(shù)莖抽核及單細(xì)胞數(shù)據(jù)實(shí)測(cè)
植物作為一種固基生物,需要通過(guò)其自身的轉(zhuǎn)錄程序來(lái)應(yīng)對(duì)日常環(huán)境暴露和面臨的挑戰(zhàn)。不同的細(xì)胞類型在植物發(fā)育和應(yīng)對(duì)環(huán)境挑戰(zhàn)中具有不同的生物學(xué)作用。精準(zhǔn)解析植物不同組織器官的細(xì)胞圖譜及功能有助于更好的理解其生物學(xué)作用機(jī)制。但是,由于植物細(xì)胞存在細(xì)胞壁,液泡且細(xì)胞大小不均一。導(dǎo)致植物的單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)不能被廣泛的推廣應(yīng)用。盡管通過(guò)分離原生質(zhì)體可以實(shí)現(xiàn)scRNA-seq。但是原生質(zhì)體的分離也有很大挑戰(zhàn)。例如,不同物種和組織之間細(xì)胞壁中有機(jī)大分子的復(fù)雜成分需要特定的酶成分和濃度來(lái)水解細(xì)胞壁。同時(shí),樣品與酶的接觸面積也會(huì)影響分離效率,并且原生質(zhì)體的大尺寸降低了細(xì)胞的捕獲效率。其次,植物細(xì)胞大小的差異很大,再加上滲透壓對(duì)細(xì)胞大小的影響,可能導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)偏差。因此,單細(xì)胞核RNA測(cè)序(snRNA-seq)是目前可以解決以上問(wèn)題的最有效的方法。
為響應(yīng)客戶對(duì)植物細(xì)胞核分離的需求,伯豪生物自主研發(fā)上市的伯優(yōu)®植物樣本細(xì)胞核分離試劑盒,在裂解細(xì)胞的同時(shí),保持了細(xì)胞核膜的穩(wěn)定,并可以有效減少碎片、次生代謝產(chǎn)物的殘留及細(xì)胞核結(jié)團(tuán)或聚集等現(xiàn)象。目前,我們已經(jīng)針對(duì)禾本科,十字花科,楊柳科,百合科,豆科等9個(gè)科的11個(gè)物種進(jìn)行了細(xì)胞核分離方法建立,包括的小麥、玉米,油菜,番茄、枸杞,楊樹(shù),洋蔥,菜豆等。下面給大家分享?xiàng)顦?shù)莖的細(xì)胞核分離數(shù)據(jù):
楊樹(shù)莖RNA質(zhì)檢結(jié)果:RIN:9.2
楊樹(shù)莖抽核結(jié)果:
(1) 細(xì)胞核數(shù):26萬(wàn)左右
(2) 碎片率:25%
(3) 結(jié)團(tuán)率:3%
楊樹(shù)莖單細(xì)胞核測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控
(Cell Ranger)
捕獲細(xì)胞核數(shù)13594個(gè),單個(gè)細(xì)胞中位基因達(dá)1559,數(shù)據(jù)符合質(zhì)控要求。
植物樣本單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的成功不僅來(lái)源于試劑的穩(wěn)定性,更源自于經(jīng)驗(yàn)的累積。不同植物樣本的嘗試,成百上千次的植物細(xì)胞核抽提,都會(huì)使成功概率一點(diǎn)點(diǎn)提升。我們不僅只成功了這一例,后續(xù)會(huì)有更多植物樣本類型的數(shù)據(jù)結(jié)果也會(huì)依次放出,大家敬請(qǐng)期待!
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