期刊：Journal of Neurology
影響因子：6
伯豪技術(shù)服務(wù)：甲基化捕獲測(cè)序MCseq
樣本設(shè)置：41個(gè)ALS患者和27個(gè)健康對(duì)照的外周血樣本

文章概要
肌萎縮側(cè)索硬化（amyotrophic lateral sclerosis, ALS）是一種累及上下運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元系統(tǒng)的致殘性致死性神經(jīng)系統(tǒng)變性疾病。ALS發(fā)病機(jī)制與表觀遺傳學(xué)有關(guān)。本研究是由四川大學(xué)華西醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科/神經(jīng)退行性疾病研究室商慧芳教授團(tuán)隊(duì)解析與患者疾病進(jìn)展和生存的臨床異質(zhì)性相關(guān)的DNA甲基化譜。研究中納入了41例散發(fā)性ALS患者，中位隨訪時(shí)間為86.9個(gè)月，27例嚴(yán)格匹配的健康對(duì)照。進(jìn)行基于血液的全基因組DNA甲基化分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)共有948個(gè)與進(jìn)展率相關(guān)的差異甲基化位點(diǎn)，298個(gè)與進(jìn)展率相關(guān)的差異甲基化位點(diǎn)。采用互補(bǔ)分組策略，共鑒定出948個(gè)與進(jìn)展率相關(guān)的差異甲基化位點(diǎn)，298個(gè)與進(jìn)展率相關(guān)的差異甲基化區(qū)域(R-DMRs)，590個(gè)與生存時(shí)間相關(guān)的DMP和197個(gè)與生存時(shí)間相關(guān)的DMRs (S-DMRs)。差異甲基化基因的富集分析強(qiáng)調(diào)突觸和軸突參與ALS的進(jìn)展和生存。臨床分析顯示，PRDM8中R-DMR的平均甲基化水平與疾病進(jìn)展率呈正相關(guān)(r = 0.479, p = 0.002)。DNA甲基化有望成為追蹤疾病進(jìn)展和預(yù)測(cè)生存結(jié)果的潛在生物標(biāo)志物，也為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)提供了靶標(biāo)。

圖1 與進(jìn)展及生存相關(guān)的差異甲基化基因富集于突觸和軸突組分和功能。A Gene-concept網(wǎng)絡(luò)圖（cnetplot）。B蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖（PPI）。


圖2 ALS患者的DNA甲基化、進(jìn)展率和生存時(shí)間。A PRDM8 R-DMR平均甲基化水平與進(jìn)展率之間的相關(guān)性。B ANKRD33 R-DMR平均甲基化水平與進(jìn)展率的相關(guān)性。C ZNF696 S-DMR的Kaplan-Meier曲線。D RAI1 S-DMR的Kaplan-Meier曲線。

小編以為這篇文章采用的思路屬于經(jīng)典的G1 VS G2（患者VS 健康；亞組1 VS亞組2）的組間比較差異分析，在經(jīng)典思路基礎(chǔ)上又有亮點(diǎn)：1.完善的臨床生存信息，在樣本選取時(shí)就考慮收集全面的樣本信息，之后可用于進(jìn)一步分析差異甲基化位點(diǎn)與生存的關(guān)聯(lián)。2. 嚴(yán)格匹配了健康個(gè)體，ALS患者存在DNA甲基化改變與代謝、炎癥和膽固醇途徑有關(guān)。在該項(xiàng)研究分析中，研究人員也考慮了環(huán)境因素對(duì)DNA甲基化的影響，因此嚴(yán)格匹配了HC個(gè)體，減少環(huán)境因素的影響為研究結(jié)果奠定了可靠基礎(chǔ)。

伯豪生物的甲基化捕獲測(cè)序服務(wù)可提供基于亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化原理的MC-seq和基于酶學(xué)轉(zhuǎn)化的EM-seq兩個(gè)檢測(cè)平臺(tái)。伯豪生物已累計(jì)為客戶完成千余例表觀科研服務(wù)項(xiàng)目，涉及組織、細(xì)胞、全血、FFPE、唾液、ctDNA等各種實(shí)驗(yàn)樣本數(shù)萬例，涵蓋腫瘤、胚胎發(fā)育、復(fù)雜疾病等各個(gè)領(lǐng)域，伯豪客戶使用甲基化芯片、甲基化捕獲測(cè)序（MC-seq）、全基因組甲基化測(cè)序（WGBS）焦磷酸測(cè)序等甲基化研究技術(shù)分別在Theranostics、ACS Nano、Front Cell Dev Biol.、PNAS、Ann Rheum Di等期刊發(fā)表論文。伯豪生物科研服務(wù)合作客戶發(fā)文影響因子平均達(dá)到7分以上。歡迎各位老師咨詢駐地銷售。