全基因組DNA甲基化和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定調(diào)控骨骼肌發(fā)育潛在基因
DNA甲基化是骨骼肌發(fā)育中關(guān)鍵的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制。但胚胎鴨骨骼肌發(fā)育中負(fù)責(zé)DNA甲基化的調(diào)控因子仍然未知。
2023年10月23日，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院于敏莉副教授團(tuán)隊在《Int J Mol Sci》雜志發(fā)表題為“The Integration of Genome-Wide DNA Methylation and Transcriptomics Identifies the Potential Genes That Regulate the Development of Skeletal Muscles in Ducks”的研究論文，該研究旨在研究鴨骨骼肌DNA甲基化的調(diào)控作用，采用WGBS和RNA-seq方法揭示了鴨骨骼肌DNA甲基化組和轉(zhuǎn)錄組圖譜，通過DNA甲基化與基因表達(dá)的綜合關(guān)聯(lián)分析，篩選出與DNA甲基化相關(guān)的關(guān)鍵基因和信號通路，為探索DNA甲基化和鴨骨骼肌發(fā)育的潛在調(diào)控機(jī)制提供有價值的信息。
標(biāo)題：The Integration of Genome-Wide DNA Methylation and Transcriptomics Identifies the Potential Genes That Regulate the Development of Skeletal Muscles in Ducks（全基因組DNA甲基化和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的整合確定了調(diào)節(jié)鴨骨骼肌發(fā)育的潛在基因）
時間：2023-10-23
期刊：International Journal of Molecular Sciences
影響因子：5.6
技術(shù)平臺：WGBS、RNA-seq等
研究摘要：
DNA甲基化是骨骼肌發(fā)育過程中重要的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制。然而，在胚胎鴨骨骼肌發(fā)育過程中負(fù)責(zé)DNA甲基化的調(diào)控因子仍不清楚。本研究對胚胎第21天(E21)和第28天(E28)的骨骼肌進(jìn)行了全基因組重亞硫酸鹽測序(WGBS)和轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）。結(jié)果表明DNA甲基化模式主要位于胞嘧啶-鳥嘌呤(CG)區(qū)域，內(nèi)含子、外顯子和啟動子區(qū)域的甲基化水平較高。研究共鑒定出7902個差異甲基化區(qū)域(DMRs)，對應(yīng)3174個差異甲基化基因(DMG)。通過對WGBS和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的綜合分析，鑒定出1072個與差異表達(dá)基因(DEGs)負(fù)相關(guān)的DMG基因。GO分析顯示磷酸化、激酶活性、磷酸轉(zhuǎn)移酶活性、醇基受體以及與細(xì)胞骨架蛋白的結(jié)合顯著富集。KEGG分析顯示MAPK信號、Wnt信號、apelin信號、胰島素信號和FoxO信號顯著富集。富集基因篩選顯示，高甲基化抑制Idh3a、Got1、Bcl2、Mylk2、Klf2、Erbin、Klhl38表達(dá)，低甲基化促進(jìn)Col22a1、Dnmt3b、Fn1、E2f1、Rprm、Wfikkn1表達(dá)。進(jìn)一步預(yù)測表明，Klhl38、Klf2、Erbin、Mylk2和Got1啟動子中的CpG島可能在調(diào)控骨骼肌發(fā)育中發(fā)揮重要作用。本研究為鴨骨骼肌發(fā)育的表觀遺傳調(diào)控提供了新的見解。
研究結(jié)果：
（1）鴨骨骼肌中的DNA甲基化模式
圖1：胚胎鴨DNA甲基化表征
（2）差異甲基化區(qū)域 （DMR） 的鑒定
圖2：胚胎鴨不同甲基化區(qū)域(DMRs)和不同甲基化基因(DMG)的鑒定。
（3）甲基化基因的功能富集
圖3：DMG的功能富集分析。
（4）DNA甲基化與基因表達(dá)的關(guān)聯(lián)分析
圖4：DNA甲基化與基因表達(dá)的關(guān)聯(lián)分析。
（5）富集與DEG負(fù)相關(guān)DMG的關(guān)鍵通路
圖5：DMGs和DEGs負(fù)相關(guān)基因的功能富集分析。
表1：從全基因組DNA甲基化和轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析中選擇的基因
（6）骨骼肌發(fā)育相關(guān)基因的鑒定
圖6：關(guān)鍵基因的定量驗證。通過RT-qPCR檢測候選基因在骨骼肌不同發(fā)育階段的相對表達(dá)。
A-B. DEGs在PM中上調(diào)和(B)下調(diào)。
C-D. DEGs在LM中上調(diào)和(D)下調(diào)。
Β-actin作為內(nèi)部參照。數(shù)值表示為3次重復(fù)的平均值±SEM;* p < 0.05， ** p < 0.01。
（7）啟動子CpG島預(yù)測
圖7：啟動子CpG島預(yù)測。Erbin (A)、Klf2 (B)、Got1 (C)、Klhl38 (D)和Mylk2 €啟動子區(qū)域的CpG島。
研究小結(jié)：
通過整合全基因組DNA甲基化和轉(zhuǎn)錄組分析，系統(tǒng)地鑒定了參與胚胎鴨骨骼肌發(fā)育的DMRs，共鑒定出13個可能與鴨骨骼肌發(fā)育相關(guān)的基因。富集基因的篩選表明，高甲基化抑制Idh3a、Got1、Bcl2、Mylk2、Klf2、Erbin和Klhl38表達(dá)，低甲基化促進(jìn)Col22a1、Dnmt3b、Fn1、E2f1、Rprm和Wfikkn1表達(dá)。預(yù)測了Erbin、Klf2、Got1、Klhl38和Mylk2五個關(guān)鍵基因啟動子區(qū)的CpG島。對啟動子區(qū)DNA甲基化與基因表達(dá)之間的復(fù)雜關(guān)系有了新的見解。本文還假設(shè)DMRs促進(jìn)表達(dá)水平變化，從而影響了隨后的轉(zhuǎn)錄和翻譯。這些結(jié)果為進(jìn)一步研究調(diào)控鴨骨骼肌發(fā)育的表觀遺傳學(xué)機(jī)制提供了有價值的信息。
參考文獻(xiàn)：
Lu Y, Zhou J, Li F, Cao H, Zhang X, Yu D, He Z, Ji H, Lv K, Wu G, Yu M. The Integration of Genome-Wide DNA Methylation and Transcriptomics Identifies the Potential Genes That Regulate the Development of Skeletal Muscles in Ducks. Int J Mol Sci. 2023 Oct 23;24(20) pii: ijms242015476.
2023年10月23日，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院于敏莉副教授團(tuán)隊在《Int J Mol Sci》雜志發(fā)表題為“The Integration of Genome-Wide DNA Methylation and Transcriptomics Identifies the Potential Genes That Regulate the Development of Skeletal Muscles in Ducks”的研究論文，該研究旨在研究鴨骨骼肌DNA甲基化的調(diào)控作用，采用WGBS和RNA-seq方法揭示了鴨骨骼肌DNA甲基化組和轉(zhuǎn)錄組圖譜，通過DNA甲基化與基因表達(dá)的綜合關(guān)聯(lián)分析，篩選出與DNA甲基化相關(guān)的關(guān)鍵基因和信號通路，為探索DNA甲基化和鴨骨骼肌發(fā)育的潛在調(diào)控機(jī)制提供有價值的信息。
標(biāo)題：The Integration of Genome-Wide DNA Methylation and Transcriptomics Identifies the Potential Genes That Regulate the Development of Skeletal Muscles in Ducks（全基因組DNA甲基化和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的整合確定了調(diào)節(jié)鴨骨骼肌發(fā)育的潛在基因）
時間：2023-10-23
期刊：International Journal of Molecular Sciences
影響因子：5.6
技術(shù)平臺：WGBS、RNA-seq等
研究摘要：
DNA甲基化是骨骼肌發(fā)育過程中重要的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制。然而，在胚胎鴨骨骼肌發(fā)育過程中負(fù)責(zé)DNA甲基化的調(diào)控因子仍不清楚。本研究對胚胎第21天(E21)和第28天(E28)的骨骼肌進(jìn)行了全基因組重亞硫酸鹽測序(WGBS)和轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）。結(jié)果表明DNA甲基化模式主要位于胞嘧啶-鳥嘌呤(CG)區(qū)域，內(nèi)含子、外顯子和啟動子區(qū)域的甲基化水平較高。研究共鑒定出7902個差異甲基化區(qū)域(DMRs)，對應(yīng)3174個差異甲基化基因(DMG)。通過對WGBS和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的綜合分析，鑒定出1072個與差異表達(dá)基因(DEGs)負(fù)相關(guān)的DMG基因。GO分析顯示磷酸化、激酶活性、磷酸轉(zhuǎn)移酶活性、醇基受體以及與細(xì)胞骨架蛋白的結(jié)合顯著富集。KEGG分析顯示MAPK信號、Wnt信號、apelin信號、胰島素信號和FoxO信號顯著富集。富集基因篩選顯示，高甲基化抑制Idh3a、Got1、Bcl2、Mylk2、Klf2、Erbin、Klhl38表達(dá)，低甲基化促進(jìn)Col22a1、Dnmt3b、Fn1、E2f1、Rprm、Wfikkn1表達(dá)。進(jìn)一步預(yù)測表明，Klhl38、Klf2、Erbin、Mylk2和Got1啟動子中的CpG島可能在調(diào)控骨骼肌發(fā)育中發(fā)揮重要作用。本研究為鴨骨骼肌發(fā)育的表觀遺傳調(diào)控提供了新的見解。
研究結(jié)果：
（1）鴨骨骼肌中的DNA甲基化模式
圖1：胚胎鴨DNA甲基化表征
- 實驗設(shè)計。
- 鴨胚胎骨骼肌發(fā)育過程中不同甲基化類型的平均比例。甲基化mCG、mCHG和mCHH分別用藍(lán)色、橙色和灰色表示。
- 不同甲基化類型甲基化水平總體分布的小提琴圖。右坐標(biāo)代表不同的序列環(huán)境，包括CG、CHG和CHH, H = A、C或t；左坐標(biāo)代表甲基化水平，橫坐標(biāo)代表10 kb為一個bin的不同樣本。
- 不同甲基化類型甲基化密度總體分布的小提琴圖。右邊的坐標(biāo)代表不同的序列環(huán)境。左側(cè)縱坐標(biāo)表示甲基化水平，橫坐標(biāo)表示以10kb為一個bin的不同樣本。
- 不同基因組元件的甲基化水平分布。橫坐標(biāo)為基因組元素，縱坐標(biāo)為甲基化水平。對所有基因功能區(qū)的C位點水平進(jìn)行平均，并以不同顏色區(qū)分不同背景。
- 上游/下游2K區(qū)域甲基化水平的分布。橫坐標(biāo)顯示不同區(qū)域，縱坐標(biāo)表示甲基化水平。不同環(huán)境被賦予不同的顏色。
（2）差異甲基化區(qū)域 （DMR） 的鑒定
圖2：胚胎鴨不同甲基化區(qū)域(DMRs)和不同甲基化基因(DMG)的鑒定。
- DMRs的維恩圖。
- CG背景下DMRs的長度分布。DMR長度在橫坐標(biāo)上表示；每個長度處的密度在縱坐標(biāo)上表示，擬合曲線分布用黑色表示。
- 甲基化水平分布小提琴圖。顯示DMR甲基化水平在CG背景下分布。橫軸表示比較組合組，縱坐標(biāo)表示甲基化水平值。
- CG背景下的DMR錨定區(qū)。橫坐標(biāo)表示每個區(qū)域DMR類型，縱坐標(biāo)表示每個區(qū)域高/低DMR數(shù)量。
（3）甲基化基因的功能富集
圖3：DMG的功能富集分析。
- CG背景下富集基因GO分析條形圖。富集GO相關(guān)基因分類統(tǒng)計：y軸為富集GO項，x軸為DMR相關(guān)基因數(shù)量。生物過程和分子功能用不同的顏色來區(qū)分。
- CG背景下富集的KEGG代謝通路散點圖。通路名稱表示在縱軸上，富集因子表示在橫軸上。每個通路中DMR相關(guān)基因的數(shù)量由點的大小表示，點的顏色對應(yīng)不同的q值。
（4）DNA甲基化與基因表達(dá)的關(guān)聯(lián)分析
圖4：DNA甲基化與基因表達(dá)的關(guān)聯(lián)分析。
- DMG與DEGs比較分析維恩圖。CG、CHG和CHH不同序列環(huán)境下的DMG。
- CG環(huán)境下DMG和DEGs比較分析韋恩圖。Hyper代表錨定在高甲基化區(qū)域基因，hypo代表錨定在低甲基化區(qū)域的基因；up為高表達(dá)基因，down為低表達(dá)基因。
（5）富集與DEG負(fù)相關(guān)DMG的關(guān)鍵通路
圖5：DMGs和DEGs負(fù)相關(guān)基因的功能富集分析。
- 交叉基因富集的GO條形圖。富集GO相關(guān)基因分類：富集GO項表示在縱坐標(biāo)上，DMR相關(guān)基因的數(shù)量顯示在橫坐標(biāo)上。使用不同顏色來區(qū)分生物過程、細(xì)胞成分和分子功能。
- 交叉基因富集的KEGGs信號通路散點圖。通路名稱顯示在縱軸上，富集因子顯示在橫軸上。每個通路中DMR相關(guān)基因的數(shù)量由點大小表示，并且點的顏色對應(yīng)于不同q值。
表1：從全基因組DNA甲基化和轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析中選擇的基因（6）骨骼肌發(fā)育相關(guān)基因的鑒定
圖6：關(guān)鍵基因的定量驗證。通過RT-qPCR檢測候選基因在骨骼肌不同發(fā)育階段的相對表達(dá)。
A-B. DEGs在PM中上調(diào)和(B)下調(diào)。
C-D. DEGs在LM中上調(diào)和(D)下調(diào)。
Β-actin作為內(nèi)部參照。數(shù)值表示為3次重復(fù)的平均值±SEM;* p < 0.05， ** p < 0.01。
（7）啟動子CpG島預(yù)測
圖7：啟動子CpG島預(yù)測。Erbin (A)、Klf2 (B)、Got1 (C)、Klhl38 (D)和Mylk2 €啟動子區(qū)域的CpG島。研究小結(jié)：
通過整合全基因組DNA甲基化和轉(zhuǎn)錄組分析，系統(tǒng)地鑒定了參與胚胎鴨骨骼肌發(fā)育的DMRs，共鑒定出13個可能與鴨骨骼肌發(fā)育相關(guān)的基因。富集基因的篩選表明，高甲基化抑制Idh3a、Got1、Bcl2、Mylk2、Klf2、Erbin和Klhl38表達(dá)，低甲基化促進(jìn)Col22a1、Dnmt3b、Fn1、E2f1、Rprm和Wfikkn1表達(dá)。預(yù)測了Erbin、Klf2、Got1、Klhl38和Mylk2五個關(guān)鍵基因啟動子區(qū)的CpG島。對啟動子區(qū)DNA甲基化與基因表達(dá)之間的復(fù)雜關(guān)系有了新的見解。本文還假設(shè)DMRs促進(jìn)表達(dá)水平變化，從而影響了隨后的轉(zhuǎn)錄和翻譯。這些結(jié)果為進(jìn)一步研究調(diào)控鴨骨骼肌發(fā)育的表觀遺傳學(xué)機(jī)制提供了有價值的信息。
參考文獻(xiàn)：
Lu Y, Zhou J, Li F, Cao H, Zhang X, Yu D, He Z, Ji H, Lv K, Wu G, Yu M. The Integration of Genome-Wide DNA Methylation and Transcriptomics Identifies the Potential Genes That Regulate the Development of Skeletal Muscles in Ducks. Int J Mol Sci. 2023 Oct 23;24(20) pii: ijms242015476.
標(biāo)簽：
DNA甲基化
- 空間和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)綜合分析揭示與不良預(yù)后相關(guān)的中間癌細(xì)胞群
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- BS+ChIP-seq在揭示DNA甲基化調(diào)控非編碼RNA抑制腫瘤侵襲性中的應(yīng)用
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- DNA甲基化詳解
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