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長片段DNA回收全系列解決方案

瀏覽次數(shù):724 發(fā)布日期:2023-9-22  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
長片段DNA回收全系列解決方案
——基于脈沖場(chǎng)電泳技術(shù),從百bp到百kb

長片段DNA,即高分子量DNA(high molecular weight DNA,HMW DNA),目前在測(cè)序領(lǐng)域的應(yīng)用備受關(guān)注。然而,提取后的長片段DNA容易斷裂,現(xiàn)有的常規(guī)方法很難獲得高純度、高質(zhì)量的HMW DNA。因此,長讀長測(cè)序用戶迫切需要找到一種有效回收HMW DNA的方法。

針對(duì)長片段DNA的特殊性,美國Sage Science公司推出了一系列基于脈沖場(chǎng)電泳技術(shù)的全自動(dòng)DNA片段回收設(shè)備,涵蓋了從數(shù)十個(gè)bp到2MB堿基范圍內(nèi)各種DNA片段的全自動(dòng)回收,用戶可以根據(jù)自己的需要選擇最適合自己研究的設(shè)備。
 
  • 1、幾百bp-kb:全長轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫
型號(hào): Blue Pippin、Pippin HT

“Blue Pippin的片段選擇顯著增加了神經(jīng)元轉(zhuǎn)錄組的讀取長度”

引自2023年《Cell》期刊文章:Alfonso-Gonzalez, Carlos, et al. "Sites of transcription initiation drive mRNA isoform selection." Cell 186.11 (2023): 2438-2455.
 
  • 2、10-25kb:PacBio HiFi測(cè)序文庫
型號(hào): Blue Pippin 、Pippin HT、Sage ELF

PacBio HiFi測(cè)序?qū)NA文庫的長度均一性要求較高,最佳片段范圍為10-25kb。Sage Science產(chǎn)品中的Pippin HT、Blue Pippin、Sage ELF皆滿足該測(cè)序要求,而且Sage ELF還可將一樣本中不同長度的片段同時(shí)回收,最大限度利用樣本。

Sage ELF同時(shí)精準(zhǔn)回收一個(gè)樣本中不同長度的片段

今年,Sage Science產(chǎn)品在原有功能基礎(chǔ)上升級(jí)了全新“Range+T”回收模式,此模式的優(yōu)點(diǎn)包括:(1)有效去除設(shè)置起點(diǎn)外的小片段DNA;(2)更精準(zhǔn)控制回收片段的上限;(3)更細(xì)化調(diào)整文庫分布的寬度。

Blue Pippin/Pippin HT全新“Range + T”模式,對(duì)HiFi文庫的精細(xì)條件優(yōu)化
不同樣本的回收起點(diǎn)均設(shè)置為15kb,回收時(shí)間分別設(shè)置為13/15/17/20/30min,得到不同的文庫分布寬度
 
  • 3、10+kb:Nanopore常規(guī)測(cè)序文庫
型號(hào): Blue Pippin 、Pippin HT

Blue Pippin 、Pippin HT程序中自帶的High Pass模式,即設(shè)定好回收的起點(diǎn),系統(tǒng)可以自動(dòng)回收起點(diǎn)以上的所有片段,干凈徹底的去除小片段DNA,有效提高Nanopore測(cè)序效率和質(zhì)量。


 
  • 4、 50+kb以上 Nanopore超長(Ultra-long)測(cè)序文庫
型號(hào): HLS系列

Ultra-long DNA片段回收的一個(gè)重要應(yīng)用是在ONT三代測(cè)序,可以最大發(fā)揮ONT測(cè)序長度長的優(yōu)勢(shì)。Sage Science公司針對(duì)超大片段文庫的制備,推出了Sage HLS型號(hào),最大可回收2Mb的DNA片段。下圖所示PromethION同Sage HLS聯(lián)用,N50最大可到143.3kb。

Sage HLS片段篩選后Nanopore測(cè)序,N50 高達(dá) 143.3 kb
 
  • 5、長片段DNA樣本質(zhì)控
型號(hào): Pippin Pulse脈沖場(chǎng)電泳儀

對(duì)于長片段DNA樣本質(zhì)控,Sage Science公司的Pippin Pulse脈沖場(chǎng)電泳儀使用簡(jiǎn)單,無特殊耗材,使用成本低,是實(shí)驗(yàn)室長片段DNA樣本質(zhì)控高性價(jià)比之選。


Sage Science是全球領(lǐng)先的研發(fā)制造Pippin系列全自動(dòng)核酸電泳片段回收儀的生產(chǎn)廠家,擁有美國技術(shù)專利,各個(gè)型號(hào)產(chǎn)品可以高效完成不同長度范圍的DNA片段的精準(zhǔn)回收,廣泛用于二代測(cè)序、三代測(cè)序以及多種分子生物學(xué)相關(guān)領(lǐng)域。

環(huán)亞生物科技有限公司作為美國Sage Science公司在中國區(qū)的獨(dú)家代理商,自2011年以來將Sage Science的產(chǎn)品線引入國內(nèi),一直為國內(nèi)用戶提供專業(yè)的全自動(dòng)核酸片段回收系統(tǒng)的安裝測(cè)試、應(yīng)用培訓(xùn),技術(shù)支持與售后維護(hù)工作,贏得客戶的一致好評(píng)與信任。環(huán)亞生物科技有限公司將一如既往的支持越來越多的Sage Science用戶。

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