蛋白質(zhì)組定量方法之Q定量方法詳解

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SILAC特征峰對(duì)檢測(cè)&質(zhì)量評(píng)分

PEAKS Q檢測(cè)并且關(guān)聯(lián)2標(biāo)或3標(biāo)，在一定保留時(shí)間內(nèi)具有相同電荷，相似的MS1特征峰型、在預(yù)期內(nèi)的由標(biāo)記所引起的質(zhì)量偏移，且處在一定質(zhì)量誤差范圍內(nèi)的SILAC特征峰對(duì)。為每個(gè)SILAC特征對(duì)分配一個(gè)質(zhì)量打分（Qulity score），這個(gè)打分考慮一系列因素，如特征峰強(qiáng)度，提取離子色譜圖是否具有相似的峰型，以及質(zhì)量誤差。質(zhì)量打分越高表明對(duì)SILAC對(duì)的定量越具有高可信度。

SILAC特征峰對(duì)齊& ID-Transfer
SILAC定量的理想情況是從MS/MS譜中能夠獲得足夠的信息得到肽段序列。然而，有時(shí)MS/MS信息不足以鑒定肽段，甚至無(wú)法獲得。為了對(duì)這些特征峰進(jìn)行鑒定，需要在較為狹窄的質(zhì)量范圍和保持時(shí)間內(nèi)，通過(guò)對(duì)齊特征峰的方式從另一次MS run中匹配。因此，首先對(duì)齊不同LC-MS的保留時(shí)間，然后將ID結(jié)果從包含ID信息的Mass run轉(zhuǎn)移到ID信息不足的Mass run。

單組分析的配對(duì)T- 檢驗(yàn)
配對(duì)t-檢驗(yàn)是集成在PEAKS中的統(tǒng)計(jì)工具，用于單組SILAC數(shù)據(jù)分析。當(dāng)用戶嘗試評(píng)估不同標(biāo)記狀態(tài)之間的蛋白質(zhì)表達(dá)水平是否在重復(fù)重復(fù)中變化一致時(shí)，可以設(shè)置單組SILAC實(shí)驗(yàn)。例如，藥物治療的細(xì)胞在SILAC重標(biāo)培養(yǎng)基中生長(zhǎng)（條件1），而對(duì)照細(xì)胞在正常培養(yǎng)基中生長(zhǎng)（條件2）。通過(guò)LC-MS/MS組合分析條件1的重標(biāo)蛋白和條件2的輕蛋白，配對(duì)t-檢驗(yàn)可用于分析條件1和2之間的蛋白質(zhì)水平是否存在顯著差異。一個(gè)樣本中的重標(biāo)特征峰和輕標(biāo)特征峰在配對(duì)t檢驗(yàn)中被視為一對(duì)。

用于多組比較的Welch’s ANOVA分析
ANOVA分析是集成在PEAKS中的統(tǒng)計(jì)工具，用于多組間SILAC數(shù)據(jù)分析。當(dāng)用戶嘗試評(píng)估不同標(biāo)記狀態(tài)之間的蛋白質(zhì)表達(dá)水平是否在多個(gè)組中發(fā)生變化時(shí)，可以設(shè)置多組SILAC實(shí)驗(yàn)。例如，藥物治療的細(xì)胞在SILAC重標(biāo)培養(yǎng)基中生長(zhǎng)（條件1），而對(duì)照細(xì)胞在正常培養(yǎng)基中生長(zhǎng)（條件2）。在不同的時(shí)間點(diǎn)，例如10、15、20天，通過(guò)LC-MS/MS組合和分析來(lái)自條件1的重標(biāo)蛋白和來(lái)自條件2的輕標(biāo)蛋白。不同的時(shí)間被認(rèn)為是不同的組，每組應(yīng)包括至少兩個(gè)重復(fù)。

如果實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)具有不等方差，則經(jīng)典方差分析非常不穩(wěn)定。在這種情況下，Welch’s ANOVA分析是經(jīng)典方差分析的替代品。對(duì)于正態(tài)、異方差和平衡數(shù)據(jù)（即每組具有相同數(shù)量的樣本），Welch’s ANOVA分析最為有效，并且第一類錯(cuò)誤率最低。因此，PEAKS SILAC Q采用Welch’s ANOVA分析進(jìn)行多組比較。