Feature：多肽特征峰及面積的計算詳解
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PEAKS 中 Peptide Feature Area 的計算
使用PEAKS進行數(shù)據(jù)庫搜索，打開數(shù)據(jù)庫搜索結(jié)果后，您可能會注意到多肽列表中的“Area”列（圖1）。您可能還會在PEAKS的非標(biāo)記等定量結(jié)果中注意到此列。本文將解釋PEAKS是如何計算peptide feature area的。
PEAKS 是如何計算 Peptide Feature Area 的？
不同的定量工具會使用不同的方法來計算peptide feature area。PEAKS使用兩步法來計算：
在一個經(jīng)典的LC-MS/MS實驗中，肽會先從液相色譜柱中洗脫，然后由質(zhì)譜儀檢測。在一定的保留時間內(nèi)，肽可以被質(zhì)譜儀檢測為一系列同位素譜峰（下圖左上）。多肽從色譜柱中洗脫下來，其峰值強度隨著時間先上升隨后下降。因此在3D視圖中，單個肽段的feature將呈現(xiàn)出如圖所示的樣子，我們將這些鐘形峰稱為肽段的feature。Peptide feature包括一系列同位素峰相應(yīng)的m/z值、保留時間范圍和強度，以及離子淌度作為第四維度的信息。
PEAKS 中 Peptide Feature Area 的計算
使用PEAKS進行數(shù)據(jù)庫搜索，打開數(shù)據(jù)庫搜索結(jié)果后，您可能會注意到多肽列表中的“Area”列（圖1）。您可能還會在PEAKS的非標(biāo)記等定量結(jié)果中注意到此列。本文將解釋PEAKS是如何計算peptide feature area的。
PEAKS 是如何計算 Peptide Feature Area 的？
不同的定量工具會使用不同的方法來計算peptide feature area。PEAKS使用兩步法來計算：
- 根據(jù)洗脫下來的肽或每個同位素峰產(chǎn)生的信號繪制曲線，然后計算曲線下的面積。請注意，PEAKS在計算曲線下的面積時使用分鐘作為單位（圖3）。
- 將每種同位素峰的峰面積加起來。PEAKS用戶可以在面積計算中自定義同位素峰的最大峰數(shù)。
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